Ac-pYEEI-NH2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: Ac-pYEEI-NH2
• 英文别名: (S)-4-{(S)-2-[(S)-2-Acetylamino-3-(4-phosphonooxy-phenyl)-propionylamino]-4-carboxy-butyrylamino}-4-((1S,2S)-1-carbamoyl-2-methyl-butylcarbamoyl)-butyric acid；(4S)-4-[[(2S)-2-[[(2S)-2-acetamido-3-(4-phosphonooxyphenyl)propanoyl]amino]-4-carboxybutanoyl]amino]-5-[[(2S,3S)-1-amino-3-methyl-1-oxopentan-2-yl]amino]-5-oxopentanoic acid
• 化学式: C₂₇H₄₀N₅O₁₃P
• 分子量: 673.614
• InChiKey: AXCUYEJNXUJBEN-ZHAMKKIJSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2
• 重原子数：
  46
• 可旋转键数：
  20
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.52
• 拓扑面积：
  301
• 氢给体数：
  9
• 氢受体数：
  13

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  Fmoc-O-叔丁基-L-谷氨酸 、 乙酸酐 、 Fmoc-L-异亮氨酸 、 N-芴甲氧羰基-O-苄基-L-磷酸酪氨酸 生成 Ac-pYEEI-NH2
  参考文献：
  名称：

  溶液构象的作用和与p56（lck）SH2结构域结合的短肽配体的柔性。

  摘要：

  药物设计中的一种通用方法是使配体更具刚性，以避免受体结合后构象熵（deltaS（conf））的损失。我们假设在pYEEI肽配体与p56（lck）SH2结构域的高亲和力结合中，由于结合，延伸的构象中四重带负电荷的pYEEI肽的预组织，这种deltaS（conf）的损失可能会减少。使用表面等离振子共振（SPR）竞争实验对肽Ac-pYEEI-NH（2），Ac-pYAAI-NH（2）和Ac-pYGGI-NH（2）进行热力学分析以测定不同温度下的亲和常数。为了研究溶液构象和柔韧性的影响，进行了计算构象分析，从中计算出溶液中的低能构象，并估计了S（conf）。已经发现，特别是溶液中的pYE部分的计算出的低能构象类似于结合态的低能构象。在计算出的溶液中，异亮氨酸的最小能量构象向pY芳环弯曲，这种构象的发生通过NMR实验证实。EE和AA肽的S（conf）的估计值相似，表明由于静电排斥，溶液构象的预组织没有

  DOI：

  10.1016/s0968-0896(02)00536-9

文献信息

• Role of solution conformation and flexibility of short peptide ligands that bind to the p56lck SH2 domain
  作者：Frank J Dekker、Nico J de Mol、Patrick Bultinck、Johan Kemmink、Hans W Hilbers、Rob M.J Liskamp

  DOI：10.1016/s0968-0896(02)00536-9

  日期：2003.3

  more rigid in order to avoid loss in conformational entropy (deltaS(conf)) upon receptor binding. We hypothesized that in the high affinity binding of pYEEI peptide ligands to the p56(lck) SH2 domain this loss in deltaS(conf) might be diminished due to preorganization of the fourfold negatively charged pYEEI peptide in the bound, extended, conformation. A thermodynamic analysis was performed on the peptides

  药物设计中的一种通用方法是使配体更具刚性，以避免受体结合后构象熵（deltaS（conf））的损失。我们假设在pYEEI肽配体与p56（lck）SH2结构域的高亲和力结合中，由于结合，延伸的构象中四重带负电荷的pYEEI肽的预组织，这种deltaS（conf）的损失可能会减少。使用表面等离振子共振（SPR）竞争实验对肽Ac-pYEEI-NH（2），Ac-pYAAI-NH（2）和Ac-pYGGI-NH（2）进行热力学分析以测定不同温度下的亲和常数。为了研究溶液构象和柔韧性的影响，进行了计算构象分析，从中计算出溶液中的低能构象，并估计了S（conf）。已经发现，特别是溶液中的pYE部分的计算出的低能构象类似于结合态的低能构象。在计算出的溶液中，异亮氨酸的最小能量构象向pY芳环弯曲，这种构象的发生通过NMR实验证实。EE和AA肽的S（conf）的估计值相似，表明由于静电排斥，溶液构象的预组织没有