8-phenyl-2'-deoxyguanosine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: 8-phenyl-2'-deoxyguanosine
• 英文别名: C8-phenyl-2'-deoxyguanosine；8-phenyl-dG；PhG；Ph-dG；2-amino-9-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-8-phenyl-1H-purin-6-one
• 化学式: C₁₆H₁₇N₅O₄
• 分子量: 343.342
• InChiKey: UHFXDXGTRWKQIR-HBNTYKKESA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.1
• 重原子数：
  25
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.31
• 拓扑面积：
  135
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  8-phenyl-2'-deoxyguanosine 在 盐酸 作用下， 以 水 为溶剂， 生成 8-phenylguanine
  参考文献：
  名称：

  关于8芳基-2'-脱氧鸟苷核苷加合物的水解稳定性：生理pH下无碱基位点形成的意义。

  摘要：

  将芳基自由基种直接加到2'-脱氧鸟苷（dG）的C 8位上可得到C 8-芳基-dG加合物，其由致癌的芳基肼，多环芳烃（PAH）和某些酚类毒素产生。C 8-芳基嘌呤加合的共同性质是无碱基位点形成的伴随。为了确定C 8-芳基部分如何导致糖损失，已使用紫外可见光谱法确定N 7 p K a1值和水解动力学，同时利用密度泛函理论（DFT）计算来探究结构特征和C 8的稳定性带有不同对和邻取代基的-芳基-dG加合物。在所有情况下，将C 8 -芳基-dG加合物采取顺含有强ø构象5 '-H···Ñ 3氢与相对于所述核碱基扭曲芳环键。该加合物经历Ñ 7 -protonation与电离常数和n计算7质子亲和力（PA）值类似于用于dG的测量。水解动力学表明，C 8-芳基-dG核苷加合物比dG更易于酸催化水解，其中带有对位取代基的k 1值为ca。比k 1大90至200倍对于dG，对原加合物的作用仅约。大9至60倍。通

  DOI：

  10.1021/jo901080w
• 作为产物：
  描述：

  2'-脱氧鸟苷 在 N-溴代丁二酰亚胺(NBS) 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 生成 8-phenyl-2'-deoxyguanosine
  参考文献：
  名称：

  [EN] GUANINE NUCLEOTIDE DERIVATIVES FOR TREATING BACTERIAL INFECTIONS
  [FR] COMPOSÉS DESTINÉS AU TRAITEMENT D'INFECTIONS BACTÉRIENNES

  摘要：

  公开号：

  WO2012017434A3

文献信息

• Pd(0)/Cu(I)-Mediated Direct Arylation of 2′-Deoxyadenosines: Mechanistic Role of Cu(I) and Reactivity Comparisons with Related Purine Nucleosides
  作者：Thomas E. Storr、Christoph G. Baumann、Robert J. Thatcher、Sara De Ornellas、Adrian C. Whitwood、Ian J. S. Fairlamb

  DOI：10.1021/jo9012282

  日期：2009.8.21

  8-arylated-2′-deoxyadenosines. Copper(I) appears to have a high binding affinity for 2′-deoxyadenosine, which explains the mandatory requirement for stoichiometric amounts of this key component. The conditions are compared with more general direct arylation protocols, e.g., catalytic Pd, ligand, acid additives, which do not employ copper(I). In each case, no detectable arylation of 2′-deoxyadenosine was noted

  Pd/Cu 介导的 2'-脱氧腺苷与各种芳基碘化物的直接芳基化以良好的产率提供了 8-芳基化的 2'-脱氧腺苷衍生物。在显着的反应优化之后，已经确定亚化学计量的哌啶（仲胺）与碳酸铯的组合对于有效的直接芳基化是必要的。一般合成方案允许较低温度的直接芳基化，从而最大限度地减少去糖基化。哌啶效应的起源主要来自原位生成 Pd(OAc) 2 [(CH 2 ) 5 NH] 2. 已经评估了各种铜（I）盐；只有 CuI 能提供良好的 8-芳基化-2'-脱氧腺苷产率。铜 (I) 似乎对 2'-脱氧腺苷具有高结合亲和力，这解释了对这一关键成分的化学计量数量的强制性要求。这些条件与更一般的直接芳基化方案进行比较，例如催化 Pd、配体、酸添加剂，它们不使用铜 (I)。在每种情况下，均未发现可检测到的 2'-脱氧腺苷芳基化。8-芳基-2'-脱氧腺苷产物的构象偏好已通过详细的光谱 (NMR) 和单晶 X 射线衍射研
• Utility of 5′-<i>O</i>-2,7-Dimethylpixyl for Solid-Phase Synthesis of Oligonucleotides Containing Acid-Sensitive 8-Aryl-Guanine Adducts
  作者：Michael Sproviero、Katherine M. Rankin、Aaron A. Witham、Richard A. Manderville

  DOI：10.1021/jo4024842

  日期：2014.1.17

  To study the structural and biological impact of 8-aryl-2′-deoxyguanosine adducts, an efficient protocol is required to incorporate them site-specifically into oligonucleotide substrates. Traditional phosphoramidite chemistry using 5′-O-DMT protection can be limiting because 8-aryl-dG adducts suffer from greater rates of acid-catalyzed depurination than dG and are sensitive to the acidic deblock conditions

  为了研究8-芳基-2'-脱氧鸟苷加合物的结构和生物学影响，需要有效的方案以将其位点特异性地掺入寡核苷酸底物中。使用5'- O - DMT保护的传统亚磷酰胺化学方法可能会受到限制，因为与dG相比，8-芳基-dG加合物的酸催化脱嘌呤速率更高，并且对去除DMT基团所需的酸性解封闭条件敏感。在本文中，我们显示5'- O -2,7-二甲基pixyl（DMPx）保护基可用于限制酸暴露并提高DNA合成效率，以用于包含8-芳基-dG加合物的DNA底物。我们的研究集中在具有由呋喃基（Fur dG），苯基（PhdG），4-氰基苯基（CNPh dG）和喹啉基（Q dG）。这些加合物的环大小和对酸促进的去糖基化的敏感性不同。在0.1 M HCl水溶液中进行加合物水解的动力学研究表明，Fur dG对酸最敏感（55.2倍> dG），而Q dG最耐酸（5.6倍> dG）。选择了对酸最敏感的Fur dG来优化固相DNA合成。我们的研究表明，与5'-
• Efficient One-Step Suzuki Arylation of Unprotected Halonucleosides, Using Water-Soluble Palladium Catalysts
  作者：Elizabeth C. Western、Jonathan R. Daft、Edward M. Johnson、Peter M. Gannett、Kevin H. Shaughnessy

  DOI：10.1021/jo034289p

  日期：2003.8.1

  modification of unprotected halonucleosides is reported herein. Using a catalyst derived from tris(3-sulfonatophenyl)phosphine (TPPTS) and palladium acetate, 8-bromo-2'-deoxyguanosine (8-BrdG) is coupled with arylboronic acids to give 8-aryl-2'-deoxyguanosine adducts (8-ArdG) in excellent yield in a 2:1 water:acetonitrile solvent mixture. The TPPTS ligand was found to be superior to water-soluble alkylphosphines

  修饰核苷以产生药物活性化合物，诱变模型和寡核苷酸结构探针仍然是令人非常感兴趣的。本文报道了未保护的卤代核苷的水相修饰。使用衍生自三（3-磺酰基苯基）膦（TPPTS）和乙酸钯的催化剂，将8-溴2'-脱氧鸟苷（8-BrdG）与芳基硼酸偶合，得到8-芳基-2'-脱氧鸟苷加合物（8 -ArdG）在2：1的水：乙腈溶剂混合物中以优异的收率。对于该偶联反应，发现TPPTS配体优于水溶性烷基膦。偶联化学已扩展到8-溴-2'-脱氧腺苷（8-BrdA）和5-碘-2'-脱氧尿苷（5-IdU），以及核糖核苷8-溴鸟苷和8-溴腺苷。在所有情况下均获得芳基化加合物的良好至优异的收率。使用三（4,6-二甲基-3-磺酰基苯基）膦（TXPTS），可以在室温下不到1小时的时间内完成8-BrdA和5-IdU的Suzuki偶联。该方法学代表了不需要预先保护核苷的卤代核苷芳基化的有效且通用的方法。
• Efficient Syntheses of <i>C</i>⁸-Aryl Adducts of Adenine and Guanine Formed by Reaction of Radical Cation Metabolites of Carcinogenic Polycyclic Aromatic Hydrocarbons with DNA
  作者：Qing Dai、Daiwang Xu、Keunpoong Lim、Ronald G. Harvey

  DOI：10.1021/jo070518m

  日期：2007.6.1

  The synthesis of the C8-aryl adducts of adenine and guanine formed by reaction of the radical cation metabolites of carcinogenic polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs), such as benzo[a]pyrene (BP) and dibenzo[def,p]chrysene (DBC), with DNA is reported. The synthetic approach involves in the key step direct reaction of a PAH aldehyde with a di- or triamine precursor of a purine. The method is operationally

  所述的合成Ç 8腺嘌呤和鸟嘌呤的芳基的加合物通过致癌的多环芳香烃（PAHs），如苯并[的自由基阳离子的代谢物的反应而形成一个]芘（BP）和二苯并[ DEF，p ]屈（chrysene）（DBC ），带有DNA的报道。合成方法的关键步骤是将PAH醛与嘌呤的二胺或三胺前体直接反应。该方法操作简单，提供良好的加合物收率，并且范围广泛。衍生自BP（6-BP-8-Ade和6-BP-8-Gua）和DBC（10-DBC-8-Ade和10-DBC-8-Gua）的腺嘌呤和鸟嘌呤的C 8芳基加合物为通过这种方法以高收率合成。类似的C 8其他多环芳烃（蒽，苯并[ a ]蒽和）的芳基腺嘌呤和鸟嘌呤衍生物也很容易通过这种方法制备。这种合成方法优于目前可用的唯一方法。它需要短寿命的PAH自由基阳离子（通过电化学或化学方法生成）与2'-脱氧核糖核苷或相应的嘌呤碱基直接反应。它以低收率提供加合物，并伴随有复杂的副产物混合
• Synthesis and characterization of fluorescence active G4-quartet and direct evaluation of self-assembly impact on emission
  作者：Ying He、Mengjia Liu、Shun Teng、Lukasz Wojtas、Guangxin Gu、Xiaodong Shi

  DOI：10.1016/j.cclet.2022.03.007

  日期：2022.9

  active 8-aryl guanosine derivatives were prepared and applied for cation mediated self-assembly to form the H-bonded G8-quadruplexes. The p-cyano (p-CN) and 8-anthracene (8-An) substituted guanosines were identified to give the strongest fluorescence with the formation of G8-octamers (G8) both in solution (NMR) and solid state (X-ray). This well-defined G8-octamer system has provided the first direct evidence

  制备了荧光（FL）活性8-芳基鸟苷衍生物，并将其用于阳离子介导的自组装以形成H键合的G 8 -四链体。对氰基 ( p -CN) 和 8-蒽 (8-An) 取代的鸟苷经鉴定可发出最强的荧光，并在溶液 (NMR) 和固态 (X) 中形成 G 8 -八聚体 (G 8 ) -射线）。这种明确的G 8 八聚体系统为自组装​​G四链体荧光发射和聚集诱导发射（AIE）提供了第一个直接证据，可作为G四链体FL分子探针设计的基础认出。