contributions evaluated using molecular mechanics force fields. This procedure was used to design new inhibitor molecules for three serine/threonine protein kinases (p38 MAP kinase, p42 MAP kinase (ERK2), and c-Jun N-terminal kinase 3 (JNK3)). For each enzyme, the calculations produce a set of potential inhibitors whose scores are in agreement with IC50 data and Ki values. Furthermore, the native ligands for
这项工作提出了一种基于结构的先导生成和优化的计算程序,它依赖于蛋白质-
配体相互作用的互补性。该过程将蛋白质-
配体复合物的已知结构作为输入。保留
配体重原子在蛋白质结合位点中的位置,考虑到原子种类(N、C、O、
CH3、NH 等)的所有可能组合,它设计了结构相似的化合物。化合物的排名基于一个分数,该分数结合了使用分子力学力场评估的能量贡献。该程序用于设计三种
丝氨酸/苏
氨酸蛋白激酶(p38
MAP 激酶、p42
MAP 激酶 (ERK2) 和 c-Jun N 端激酶 3 (JNK3))的新
抑制剂分子。对于每种酶,计算产生了一组潜在的
抑制剂,其得分与 IC50 数据和 Ki 值一致。此外,每个蛋白质靶标的天然
配体,在我们的方法预测的五种顶级化合物中得分,合成了一种预测抑制 JNK3 的顶级化合物,并且他的抑制活性证实了对
ATP 水解的抑制作用。因此,我们的计算程序被认为是一种有用的工具,可用于生成对已知靶蛋白具有活性的
化学多样化分子。