N-cyclohexylaminothiocarbonyl-N’-2-(pyrimidine-2-carbonyl)hydrazine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: N-cyclohexylaminothiocarbonyl-N’-2-(pyrimidine-2-carbonyl)hydrazine
• 英文别名: 1-Cyclohexyl-3-(pyrimidine-2-carbonylamino)thiourea
• 化学式: C₁₂H₁₇N₅OS
• 分子量: 279.366
• InChiKey: JTYOWEJLUPXELY-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.6
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  111
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-cyclohexylaminothiocarbonyl-N’-2-(pyrimidine-2-carbonyl)hydrazine 在 sodium hydroxide 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 16.0h， 以50%的产率得到4-cyclohexyl-5-(pyrimidin-2-yl)-4H-1,2,4-triazole-3-thiol
  参考文献：
  名称：

  Approaches to design non-covalent inhibitors for human granzyme B (hGrB)

  摘要：

  针对人类颗粒酶B的非共价小分子抑制剂进行了一项基于结构的设计活动，采用了一种虚拟筛选策略，结合三个约束条件和FTMAP探针位点映射，以识别配体“热点”。此外，随后利用ROCS基于形状的叠加方法探索了多样结构的新骨架，接着进行了Glide SP对接、诱导适合对接及QikProp分子性质分析。识别出来自商业可获取库的新型中等活性小分子拮抗剂（IC50值≥25 μM），并通过多步骤合成了三种新骨架。此外，我们提供了一个全面的结构基础药物发现方法的例子，用于非共价抑制剂，该方法依赖于共价结合配体的X射线结构，并指出设计路径可能会因替代和未知的结合姿势而受到影响。

  DOI：

  10.1039/c4ob01874e
• 作为产物：
  描述：

  Cyclohexyl-dithiocarbamic acid; compound with triethyl-amine 在 对甲苯磺酰氯 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙醇 为溶剂， 反应 6.0h， 生成 N-cyclohexylaminothiocarbonyl-N’-2-(pyrimidine-2-carbonyl)hydrazine
  参考文献：
  名称：

  Approaches to design non-covalent inhibitors for human granzyme B (hGrB)

  摘要：

  针对人类颗粒酶B的非共价小分子抑制剂进行了一项基于结构的设计活动，采用了一种虚拟筛选策略，结合三个约束条件和FTMAP探针位点映射，以识别配体“热点”。此外，随后利用ROCS基于形状的叠加方法探索了多样结构的新骨架，接着进行了Glide SP对接、诱导适合对接及QikProp分子性质分析。识别出来自商业可获取库的新型中等活性小分子拮抗剂（IC50值≥25 μM），并通过多步骤合成了三种新骨架。此外，我们提供了一个全面的结构基础药物发现方法的例子，用于非共价抑制剂，该方法依赖于共价结合配体的X射线结构，并指出设计路径可能会因替代和未知的结合姿势而受到影响。

  DOI：

  10.1039/c4ob01874e

文献信息

• Approaches to design non-covalent inhibitors for human granzyme B (hGrB)
  作者：Mi-Sun Kim、Lauriane A. Buisson、Dean A. Heathcote、Haipeng Hu、D. Christopher Braddock、Anthony G. M. Barrett、Philip G. Ashton-Rickardt、James P. Snyder

  DOI：10.1039/c4ob01874e

  日期：——

  A structure-based design campaign for non-covalent small molecule inhibitors of human granzyme B was carried out by means of a virtual screening strategy employing three constraints and probe site-mapping with FTMAP to identify ligand “hot spots”. In addition, new scaffolds of diverse structures were subsequently explored with ROCS shape-based superposition methods, following by Glide SP docking, induced fit docking and analysis of QikProp molecular properties. Novel classes of moderately active small molecule blockers (≥25 μM IC50 values) from commercially available libraries were identified, and three novel scaffolds have been synthesized by multi-step procedures. Furthermore, we provide an example of a comprehensive structure-based drug discovery approach to non-covalent inhibitors that relies on the X-ray structure of a covalently bound ligand and suggest that the design path may be compromised by alternative and unknown binding poses.

  针对人类颗粒酶B的非共价小分子抑制剂进行了一项基于结构的设计活动，采用了一种虚拟筛选策略，结合三个约束条件和FTMAP探针位点映射，以识别配体“热点”。此外，随后利用ROCS基于形状的叠加方法探索了多样结构的新骨架，接着进行了Glide SP对接、诱导适合对接及QikProp分子性质分析。识别出来自商业可获取库的新型中等活性小分子拮抗剂（IC50值≥25 μM），并通过多步骤合成了三种新骨架。此外，我们提供了一个全面的结构基础药物发现方法的例子，用于非共价抑制剂，该方法依赖于共价结合配体的X射线结构，并指出设计路径可能会因替代和未知的结合姿势而受到影响。