(R)-3-((S)-1-(甲氨基)-1-氧代-3-苯基丙烷-2-基氨基甲酰基)-5-(4-(吡啶-3-基)苯基)戊酸 | 1032400-91-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 中文名称: (R)-3-((S)-1-(甲氨基)-1-氧代-3-苯基丙烷-2-基氨基甲酰基)-5-(4-(吡啶-3-基)苯基)戊酸
• 英文名称: (R)-3-((S)-1-(methylamino)-1-oxo-3-phenylpropan-2-ylcarbamoyl)-5-(4-(pyridin-3-yl)phenyl)pentanoic acid
• 英文别名: (3R)-3-[[(2S)-1-(methylamino)-1-oxo-3-phenylpropan-2-yl]carbamoyl]-5-(4-pyridin-3-ylphenyl)pentanoic acid
• CAS: 1032400-91-1
• 化学式: C₂₇H₂₉N₃O₄
• 分子量: 459.545
• InChiKey: WQFCYJUKPPJLAC-VWNXMTODSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.2
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.26
• 拓扑面积：
  108
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (R)-3-((S)-1-(甲氨基)-1-氧代-3-苯基丙烷-2-基氨基甲酰基)-5-(4-(吡啶-3-基)苯基)戊酸 在 N-甲基吗啉 、 (benzotriazo-1-yloxy)tris(dimethylamino)phosphonium hexafluorophosphate 、 盐酸羟胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 0.5h， 以68%的产率得到(R)-N⁴-hydroxy-N¹-((S)-1-(methylamino)-1-oxo-3-phenylpropan-2-yl)-2-(4-(pyridin-3-yl)phenethyl)succinamide
  参考文献：
  名称：

  The advantage of biosensor analysis over enzyme inhibition studies for slow dissociating inhibitors – characterization of hydroxamate-based matrix metalloproteinase-12 inhibitors

  摘要：

  使用基于SPR生物传感器的测定法和酶抑制分析法，对羟肟酸基基质金属蛋白酶（MMP）-12抑制剂的动力学特性进行了研究。结果表明，这些高亲和力抑制剂与酶-抑制剂复合物的解离速度非常缓慢，而羧酸盐类似物的解离速度则快得多，这证实了羟肟酸基团对于缓慢解离的重要性。酶抑制分析的进展曲线证实，羟肟酸化合物（而非羧酸盐化合物）是时间依赖性抑制剂。缓慢解离排除了对IC50值和Ki值的稳态估计，也使进展曲线分析的Ki值变得不可靠。尽管使用生物传感器分析对抑制剂进行全面表征受到缓慢解离的限制，但它提供了与MMP药物发现相关的动力学和机理信息，并避免了传统酶抑制分析的一些缺陷。

  DOI：

  10.1039/c2md20268a
• 作为产物：
  描述：

  (S)-(+)-2-氨基-N-甲基-3-苯基丙酰胺盐酸盐 在 四(三苯基膦)钯 、 水 、 sodium carbonate 、 1-羟基苯并三唑 、 三氟乙酸 作用下， 以 乙醇 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 甲苯 为溶剂， 反应 5.5h， 生成 (R)-3-((S)-1-(甲氨基)-1-氧代-3-苯基丙烷-2-基氨基甲酰基)-5-(4-(吡啶-3-基)苯基)戊酸
  参考文献：
  名称：

  The advantage of biosensor analysis over enzyme inhibition studies for slow dissociating inhibitors – characterization of hydroxamate-based matrix metalloproteinase-12 inhibitors

  摘要：

  使用基于SPR生物传感器的测定法和酶抑制分析法，对羟肟酸基基质金属蛋白酶（MMP）-12抑制剂的动力学特性进行了研究。结果表明，这些高亲和力抑制剂与酶-抑制剂复合物的解离速度非常缓慢，而羧酸盐类似物的解离速度则快得多，这证实了羟肟酸基团对于缓慢解离的重要性。酶抑制分析的进展曲线证实，羟肟酸化合物（而非羧酸盐化合物）是时间依赖性抑制剂。缓慢解离排除了对IC50值和Ki值的稳态估计，也使进展曲线分析的Ki值变得不可靠。尽管使用生物传感器分析对抑制剂进行全面表征受到缓慢解离的限制，但它提供了与MMP药物发现相关的动力学和机理信息，并避免了传统酶抑制分析的一些缺陷。

  DOI：

  10.1039/c2md20268a

文献信息

• The advantage of biosensor analysis over enzyme inhibition studies for slow dissociating inhibitors – characterization of hydroxamate-based matrix metalloproteinase-12 inhibitors
  作者：Thomas Gossas、Helena Nordström、Ming-Hua Xu、Zhi-Hua Sun、Guo-Qiang Lin、Hans Wallberg、U. Helena Danielson

  DOI：10.1039/c2md20268a

  日期：——

  The kinetic characteristics of hydroxamate-based inhibitors of matrix metalloproteinase (MMP)-12 were explored using an SPR biosensor-based assay and enzyme inhibition analysis. These high-affinity inhibitors were shown to dissociate very slowly from the enzyme–inhibitor complex while a carboxylate analogue had a much faster dissociation rate, verifying the importance of the hydroxamate group for the slow dissociation. Progress curve enzyme inhibition analysis confirmed that the hydroxamate compounds but not the carboxylate compound acted as time-dependent inhibitors. The slow dissociation excluded steady-state estimation of IC50-values and Ki values but also made Ki values from progress curve analysis unreliable. Although a full characterization of the inhibitors using biosensor analysis was limited by slow dissociation, it provided kinetic and mechanistic information of relevance for MMP drug discovery and avoided some pitfalls of conventional enzyme inhibition assays.

  使用基于SPR生物传感器的测定法和酶抑制分析法，对羟肟酸基基质金属蛋白酶（MMP）-12抑制剂的动力学特性进行了研究。结果表明，这些高亲和力抑制剂与酶-抑制剂复合物的解离速度非常缓慢，而羧酸盐类似物的解离速度则快得多，这证实了羟肟酸基团对于缓慢解离的重要性。酶抑制分析的进展曲线证实，羟肟酸化合物（而非羧酸盐化合物）是时间依赖性抑制剂。缓慢解离排除了对IC50值和Ki值的稳态估计，也使进展曲线分析的Ki值变得不可靠。尽管使用生物传感器分析对抑制剂进行全面表征受到缓慢解离的限制，但它提供了与MMP药物发现相关的动力学和机理信息，并避免了传统酶抑制分析的一些缺陷。