1,5-脱水-2-脱氧-2-(3,4-二氢-2,4-二氧代-1(2H)-嘧啶基)-4,6-O-[(R)-苯基亚甲基]-D-阿卓糖醇 | 401906-98-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吡喃二恶英
• 中文名称: 1,5-脱水-2-脱氧-2-(3,4-二氢-2,4-二氧代-1(2H)-嘧啶基)-4,6-O-[(R)-苯基亚甲基]-D-阿卓糖醇
• 中文别名: 2-(2-氨基-1,6-二氢-6-氧代-9H-嘌呤-9-基)-1,5-脱水-2-脱氧-4,6-O-[(R)-苯基亚甲基]-D-阿卓糖醇
• 英文名称: 1,5-anhydro-4,6-O-benzylidene-2-deoxy-2-(uracil-1-yl)-D-altro-hexitol
• 英文别名: 1-((2R,4aR,7R,8S,8aS)-8-hydroxy-2-phenylhexahydropyrano[3,2-d][1,3]dioxin-7-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione；1-[(2R,4aR,7R,8S,8aS)-8-hydroxy-2-phenyl-4,4a,6,7,8,8a-hexahydropyrano[3,2-d][1,3]dioxin-7-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 401906-98-7
• 化学式: C₁₇H₁₈N₂O₆
• 分子量: 346.34
• InChiKey: IDFUKFNBRGKODO-HUHANWACSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.5
• 重原子数：
  25
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.41
• 拓扑面积：
  97.3
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1,5-脱水-2-脱氧-2-(3,4-二氢-2,4-二氧代-1(2H)-嘧啶基)-4,6-O-[(R)-苯基亚甲基]-D-阿卓糖醇 在 溶剂黄146 作用下， 反应 2.0h， 以82%的产率得到1,5-anhydro-2-deoxy-2-(uracil-1-yl)-D-altro-hexitol
  参考文献：
  名称：

  受保护的D-麦芽糖醇核苷的合成作为寡核苷酸合成的基础

  摘要：

  与腺嘌呤和尿嘧啶碱基部分d-阿卓糖醇核苷由1,5-环氧化物环的亲核开得到：2,3-二脱水-4,6- ø -亚苄基- d-蒜糖醇使用上述提到的钠盐基地。将2-三甲基甲硅烷基乙基保护基用于鸟嘌呤碱基的O 6-官能团在鸟嘌呤碱基的稳定性和N 9-位置可接受的烷基化产率之间提供了有用的折衷方案。从尿嘧啶同源物开始合成胞嘧啶核苷。3'-羟基官能团被苯甲酰基保护。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(99)00287-2
• 作为产物：
  描述：

  尿嘧啶 、 1,5:2,3-二脱水-4,6-O-[(R)-苯基亚甲基]-D-蒜糖醇 在 sodium hydride 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 24.0h， 以86%的产率得到1,5-脱水-2-脱氧-2-(3,4-二氢-2,4-二氧代-1(2H)-嘧啶基)-4,6-O-[(R)-苯基亚甲基]-D-阿卓糖醇
  参考文献：
  名称：

  通过在C-1或C-3位置引入烷氧基取代基可提高HNA类似物的RNA亲和力。

  摘要：

  制备了具有烷氧基取代基的1，5-脱水己糖醇核苷同源物，从而进一步改善了它们的RNA亲和力和反义潜力。

  DOI：

  10.1081/ncn-100002429

文献信息

• Synthesis of D‐Altritol Nucleosides with a 3′‐<i>O‐Tert</i>‐Butyldimethylsilyl Protecting Group
  作者：Michael Abramov、Arnaud Marchand、Agnes Calleja‐Marchand、Piet Herdewijn

  DOI：10.1081/ncn-120028338

  日期：2004.1.1

  Four D‐altritol nucleosides with a 3′‐O‐tert‐butyldimethylsilyl protecting group are synthesized (base moieties are adenine, guanine, thymine and 5‐methylcytosine). The nucleosides are obtained by ring opening reaction of 1,5:2,3‐dianhydro‐4,6‐O‐benzylidene‐D‐allitol. Optimal reaction circumstances (NaH, LiH, DBU, phase transfer, microwave irridation) for the introduction of the heterocycles are base‐specific

  合成了四个带有 3'-O-叔丁基二甲基甲硅烷基保护基团的 D-altriitol 核苷（碱基部分是腺嘌呤、鸟嘌呤、胸腺嘧啶和 5-甲基胞嘧啶）。核苷是通过 1,5:2,3-二脱水-4,6-O-亚苄基-D-阿糖醇的开环反应获得的。引入杂环的最佳反应环境（NaH、LiH、DBU、相转移、微波辐照）是碱特异性的。为了引入 3'-O-甲硅烷基保护基团，需要较长的反应时间和几当量的叔丁基二甲基甲硅烷基氯。†为了纪念和庆祝 Leroy B. Townsend 教授 70 岁生日。
• TETRAHYDROPYRAN NUCLEIC ACID ANALOGS
  申请人：Swayze Eric E.

  公开号：US20090092981A1

  公开（公告）日：2009-04-09

  The present disclosure describes tetrahydropyran nucleoside analogs, oligomeric compounds prepared therefrom and methods of using the oligomeric compounds. More particularly, tetrahydropyran nucleoside analogs are provided, having one or more chiral substituents, that are useful for enhancing properties of oligomeric compounds including nuclease resistance and binding affinity. In some embodiments, the oligomeric compounds provided herein hybridize to a portion of a target RNA resulting in loss of normal function of the target RNA.

  本公开描述了四氢吡喃核苷类似物，以及由此制备的寡聚合物化合物和使用这些寡聚合物化合物的方法。更具体地说，提供了具有一个或多个手性取代基的四氢吡喃核苷类似物，这些类似物可用于增强包括核酸酶抗性和结合亲和性在内的寡聚合物化合物的性质。在某些实施例中，本文提供的寡聚合物可以与目标RNA的部分杂交，导致目标RNA失去正常功能。
• Synthesis of Protected Amino Hexitol Nucleosides as Building Blocks for Oligonucleotide Synthesis
  作者：Swarup De、Amit M. Jabgunde、Rahul S. Patil、Steven De Jonghe、Leonid Beigelman、Piet Herdewijn

  DOI：10.1021/acs.joc.8b02444

  日期：2018.12.21

  A new synthesis protocol for the preparation of hitherto unknown 1′,5′-anhydro-4′-amino-trityl/MMTr hexitol nucleosides has been developed. Key steps in the synthesis of the pyrimidine analogues (U and C) include the regioselective d-allo-hexitol oxirane and 2′,4′-anhydronucleoside ring opening by uracil and azide, respectively. A different strategy using a regioselective epoxide ring opening of d-gulo-oxirane

  已经开发出一种新的合成方案，用于制备迄今未知的1'，5'-脱水-4'-氨基三苯甲基/ MMTr己糖醇核苷。在嘧啶类似物（U和C）的合成中的关键步骤包括区域选择性d -同种异体-hexitol环氧乙烷和2'，4'-脱水核苷环由分别尿嘧啶和叠氮化物，开口。使用的区域选择性环氧化物开环不同的策略d -庚-环氧乙烷，其次是A S Ñ 2型的叠氮化反应的，已经通过了嘌呤类似物（A和G）。这些化合物可以容易地转化为6'-亚磷酰胺，用于固相合成氨基己糖醇核酸（AHNA）的N4'→P6'氨基磷酸酯。
• Fmoc-Protected Altritol Phosphoramidite Building Blocks and Their Application in the Synthesis of Altritol Nucleic Acids (ANAs)
  作者：Mikhail Abramov、Guy Schepers、Arthur Van Aerschot、Piet Herdewijn

  DOI：10.1002/ejoc.200600868

  日期：2007.3

  Fmoc-protected altritol nucleoside phosphoramidite building blocks with adenine, guanine, thymine, uracil, cytosine and 5-methylcytosine as bases have been synthesized. These building blocks were used for the synthesis of altritol nucleic acid (ANA) and chimeric ANA-RNA oligonucleotides. Whilst the yields of oligonucleotides were lower than those obtained with 3′-O-benzoyl-protected altritol building

  已经合成了以腺嘌呤、鸟嘌呤、胸腺嘧啶、尿嘧啶、胞嘧啶和 5-甲基胞嘧啶为碱基的 Fmoc 保护的阿曲糖醇核苷亚磷酰胺结构单元。这些构件用于合成阿曲糖醇核酸 (ANA) 和嵌合 ANA-RNA 寡核苷酸。虽然寡核苷酸的产率低于使用 3'-O-苯甲酰基保护的 atriitol 构建块获得的产率，但与 Pac-RNA 化学在嵌合寡核苷酸合成方面的出色兼容性使 Fmoc 成为了用于仲醇功能的有价值的保护基团用于寡核苷酸合成的核苷糖部分。（© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451 Weinheim, Germany, 2007）
• INCREASED RNA AFFINITY OF HNA ANALOGUES BY INTRODUCING ALKOXY SUBSTITUENTS AT THE C-1 OR C-3 POSITION
  作者：A. Van Aerschot、M. Meldgaard、F. Volders、G. Schepers、J. Rozenski、P. Herdewijn

  DOI：10.1081/ncn-100002429

  日期：2001.3.31

  1,5-Anhydrohexitol nucleoside congeners with alkoxy substituents, were prepared, resulting in a further improvement of their RNA affinity and antisense potential.

  制备了具有烷氧基取代基的1，5-脱水己糖醇核苷同源物，从而进一步改善了它们的RNA亲和力和反义潜力。