11-叠氮基-3,6,9-三氧杂十一烷酸叔丁酯 | 172531-36-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机1,3-偶极化合物 - 烯丙基型1,3-偶极有机化合物
• 中文名称: 11-叠氮基-3,6,9-三氧杂十一烷酸叔丁酯
• 英文名称: tert-butyl 2-(2-(2-(2-azidoethoxy)ethoxy)ethoxy)acetate
• 英文别名: tert-butyl 11-azido-3,6,9-trioxaundecanoate；Azido-PEG3-CH2CO2-t-Bu；tert-butyl 2-[2-[2-(2-azidoethoxy)ethoxy]ethoxy]acetate
• CAS: 172531-36-1
• 化学式: C₁₂H₂₃N₃O₅
• 分子量: 289.332
• InChiKey: HMWOUJOCAQZURC-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 溶解度：
  溶于DMSO、DCM、DMF

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.6
• 重原子数：
  20
• 可旋转键数：
  13
• 环数：
  0.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.92
• 拓扑面积：
  68.4
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  7

安全信息

• 储存条件：
  存放在2-8°C的环境中，需密封并保持干燥。

制备方法与用途

Azido-PEG3-C-Boc是一种PROTAC连接子，属于PEG类化合物，可用于合成PROTAC分子。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  11-叠氮基-3,6,9-三氧杂十一烷酸叔丁酯 在 三苯基膦 、 水 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 6.0h， 生成 2-(2-(2-(2-氨基乙氧基)乙氧基)乙氧基)乙酸叔丁酯
  参考文献：
  名称：

  10000 Da †以上含酰胺键的单分散聚乙二醇

  摘要：

  尽管大于4000 Da的单分散聚乙二醇（M-PEG）在生物医学应用中特别有价值，但其合成仍然是一项长期的挑战。为此，开发了用于这种M-PEG的基于肽的策略。以大环硫酸盐为主要中间体，高效制备了一组含有ω-氨基酸的低聚乙二醇（OEG）。通过固相肽合成（SPPS），这些氨基酸可以方便地组装成一系列具有酰胺键的M-PEG，在分子量和酰胺密度选择方面具有很高的灵活性。通过这种策略，以克为单位制备了10 262 Da的M-PEG，并在小鼠模型中评估了其生物相容性。

  DOI：

  10.1039/c6ob01286h
• 作为产物：
  描述：

  三乙二醇 在 4-二甲氨基吡啶 、 potassium fluoride 、 叠氮基三甲基硅烷 、 potassium tert-butylate 、 三乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 叔丁醇 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 11-叠氮基-3,6,9-三氧杂十一烷酸叔丁酯
  参考文献：
  名称：

  基于RSL3的GPX4降解剂的构效关系研究及其潜在的非共价优化

  摘要：

  铁死亡是一种铁依赖性、非凋亡形式的细胞死亡，涉及多种疾病过程。从机制上讲，属于氧化还原酶的谷胱甘肽过氧化物酶4（GPX4）可以将脂质氢过氧化物转化为无害的脂质醇，从而保护细胞免于铁死亡。因此，GPX4 的靶向操作可能是调节细胞氧化还原稳态和铁死亡的一种有前途的策略。在这项工作中，我们使用 PROTAC 策略设计、合成和评估了一系列基于 RSL3 的 GPX4 降解剂。系统研究了这些化合物与不同E3连接酶配体、接头长度和化学组成的构效关系。具有碳链接头和来那度胺 E3 配体的化合物R17被选为最有效的 GPX4 降解剂，用于在野生肿瘤细胞或耐药肿瘤细胞中以纳摩尔水平降解 GPX4 蛋白。我们还优化了R17的POI配体，将氯乙酰胺替换为丙酰胺，构建非共价GPX4降解剂NC-R17 。这种非共价修饰导致了适度的 GPX4 降解活性，代表了开发非共价 GPX4 PROTAC 的一种有前途的策略。总

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2023.115393

文献信息

• Nanofibers and morphology shifting micelles
  申请人：Chien Miao-Ping

  公开号：US09040626B2

  公开（公告）日：2015-05-26

  The invention discloses novel morphology shifting micelles and amphiphilic coated metal nanofibers. Methods of using and making the same are also disclosed.

  该发明公开了新型形态转变胶束和疏水润湿金属纳米纤维。同时还公开了使用和制备这些物质的方法。
• Covalent Protein Labeling by Enzymatic Phosphocholination
  作者：Katharina Heller、Philipp Ochtrop、Michael F. Albers、Florian B. Zauner、Aymelt Itzen、Christian Hedberg

  DOI：10.1002/anie.201502618

  日期：2015.8.24

  present a new protein labeling method based on the covalent enzymatic phosphocholination of a specific octapeptide amino acid sequence in intact proteins. The bacterial enzyme AnkX from Legionella pneumophila has been established to transfer functional phosphocholine moieties from synthetically produced CDP‐choline derivatives to N‐termini, C‐termini, and internal loop regions in proteins of interest

  我们提出了一种基于完整蛋白质中特定八肽氨基酸序列的共价酶促磷酸胆碱化的新蛋白质标记方法。已建立了嗜肺军团菌的细菌酶AnkX，以将功能性磷酸胆碱部分从合成生产的CDP-胆碱衍生物转移至目标蛋白质的N-末端，C-末端和内部环区域。此外，可以通过军团菌酶Lem3的作用水解去除共价修饰。仅需短肽序列（八个氨基酸）即可进行有效的蛋白质标记，并且引入了一个小的连接基团（PEG-磷酸胆碱）来连接缀合的货物。
• 一种GPX4蛋白降解剂及其制备方法和应用、一种抗肿瘤细胞药物
  申请人：北京大学

  公开号：CN113336748B

  公开（公告）日：2022-03-25

  本发明提供了一种GPX4蛋白降解剂及其制备方法和一种抗肿瘤细胞药物，属于药物应用技术领域。本发明提供的GPX4蛋白降解剂具有蛋白降解靶向嵌合体(PROTAC)分子结构，其母核结构作为结合靶蛋白的小分子配体，A2取代基作为结合E3泛素连接酶复合物的小分子配体，A1取代基作为将两个配体连接起来连接基，此结构的GPX4蛋白降解剂能够特异性识别GPX4蛋白，并将GPX4蛋白有效泛素化并降解，从而诱导肿瘤细胞铁死亡。
• Development of small-molecule BRD4 degraders based on pyrrolopyridone derivative
  作者：Jian Zhang、Pan Chen、Peiyu Zhu、Peiyuan Zheng、Tao Wang、Lixun Wang、Changliang Xu、Jinpei Zhou、Huibin Zhang

  DOI：10.1016/j.bioorg.2020.103817

  日期：2020.6

  of traditional small-molecule drugs. Based on PROTACs approaches, several BRD4 degraders were developed and have been proved to degrade BRD4 protein and inhibit tumor growth. Herein, we present the design, synthesis, and biological evaluation of pyrrolopyridone derivative-based BRD4 degraders. Four synthesized compounds displayed comparative potence against BRD4 BD1 with IC50 at low nanomolar concentrations

  含溴结构域的蛋白质4（BRD4）在基因转录的表观遗传调控中起着至关重要的作用，一些BRD4抑制剂已被推进临床试验。但是，BRD4抑制剂的临床应用可能会受到耐药性的限制。作为一种替代策略，新兴的靶向靶向嵌合体蛋白水解（PROTAC）技术具有克服传统小分子药物耐药性的潜力。基于PROTACs方法，开发了几种BRD4降解物，并已证明它们可降解BRD4蛋白并抑制肿瘤生长。本文中，我们介绍了基于吡咯并吡啶酮衍生物的BRD4降解物的设计，合成和生物学评估。四种合成的化合物在低纳摩尔浓度下对IC50的BRD4 BD1表现出相对的效力。与BRD4抑制剂ABBV-075相比，32a对BxPC3细胞系（IC50 = 0.165μM）的抗增殖活性提高了约7倍。此外，降解物32a以时间依赖性方式有效诱导BRD4的降解并抑制BxPC3细胞系中c-Myc的表达。对细胞内抗肿瘤机制的探索显示了32a诱导的细胞周期阻滞和
• Discovery of a new class of PROTAC BRD4 degraders based on a dihydroquinazolinone derivative and lenalidomide/pomalidomide
  作者：Fangqing Zhang、Zhenwei Wu、Pan Chen、Jian Zhang、Tao Wang、Jinpei Zhou、Huibin Zhang

  DOI：10.1016/j.bmc.2019.115228

  日期：2020.1

  target BRD4 recently. Herein, we present our design, synthesis and biological evaluation of a new class of PROTAC BRD4 degraders, which were based on a potent dihydroquinazolinone-based BRD4 inhibitor compound 6 and lenalidomide/pomalidomide as ligand for E3 ligase cereblon. Gratifyingly, several compounds showed excellent inhibitory activity against BRD4, and high anti-proliferative potency against human

  BRD4已成为抗癌治疗的诱人靶标。但是，BRD4抑制剂的治疗会导致BRD4蛋白质积聚，以及抑制剂与BRD4结合的可逆性，这可能会限制BRD4抑制剂的功效。为了解决这些问题，最近已经开发了基于蛋白水解靶向嵌合体（PROTAC）技术的蛋白质降解策略来靶向BRD4。本文中，我们介绍了新型PROTAC BRD4降解剂的设计，合成和生物学评估，该降解剂基于有效的基于二氢喹唑啉酮的BRD4抑制剂化合物6和来那度胺/泊马来度胺作为E3连接酶脑的配体。令人欣慰的是，几种化合物对BRD4表现出优异的抑制活性，并且对人单核细胞淋巴瘤细胞系THP-1具有很高的抗增殖能力。尤其，化合物21（BRD4 BD1，IC50 = 41.8 nM）在抑制THP-1细胞系生长方面实现了亚微摩尔IC50值为0.81μM，并且是化合物6的4倍。诱导BRD4蛋白降解并抑制c-Myc。所有这些结果表明21是有效的BRD4降解物，需要进一步研究。