N2-isobutyryl-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2'-methylseleno-2'-deoxyguanosine | 1206198-28-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: N2-isobutyryl-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2'-methylseleno-2'-deoxyguanosine
• 英文别名: N-[9-[(6aR,8R,9R,9aR)-9-methylselanyl-2,2,4,4-tetra(propan-2-yl)-6a,8,9,9a-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-8-yl]-6-oxo-1H-purin-2-yl]-2-methylpropanamide
• CAS: 1206198-28-8
• 化学式: C₂₇H₄₇N₅O₆SeSi₂
• 分子量: 672.831
• InChiKey: HOTJJUIBGLBZJI-RKCWLVDCSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.11
• 重原子数：
  41
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.78
• 拓扑面积：
  125
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N2-isobutyryl-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2'-methylseleno-2'-deoxyguanosine 在 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 0.08h， 以1.2 g的产率得到N₂-isobutyryl-2'-methylseleno-2'-deoxyguanosine
  参考文献：
  名称：

  2'-Se修饰的鸟苷DNA的合成与晶体结构

  摘要：

  核酸的硒修饰在X射线晶体结构确定和核酸功能研究中非常重要。在这里，我们描述了一种新型合成单元2'-SeMe修饰的鸟苷（G Se）亚磷酰胺的简便合成方法，并报道了2'-Se-G部分首次掺入DNA。以1.20的分辨率测定了2'-Se-修饰的八聚体DNA（5'-GT G S e TACAC-3'）的X射线晶体结构。我们还发现2'-Se修饰指向小沟，修饰的和天然的结构实际上是相同的。此外，我们观察到2'-Se-G修饰相对于相应的天然DNA可以显着促进晶体生长。

  DOI：

  10.1021/jo902190c
• 作为产物：
  描述：

  二甲基二硒醚 、 2-N-isobutyryl-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2'-O-(trifluoromethanesulfonyl) (β-D-arabinofuranosyl)guanine 在 sodium tetrahydroborate 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙醇 为溶剂， 反应 1.33h， 生成 N2-isobutyryl-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2'-methylseleno-2'-deoxyguanosine
  参考文献：
  名称：

  2'-Se修饰的鸟苷DNA的合成与晶体结构

  摘要：

  核酸的硒修饰在X射线晶体结构确定和核酸功能研究中非常重要。在这里，我们描述了一种新型合成单元2'-SeMe修饰的鸟苷（G Se）亚磷酰胺的简便合成方法，并报道了2'-Se-G部分首次掺入DNA。以1.20的分辨率测定了2'-Se-修饰的八聚体DNA（5'-GT G S e TACAC-3'）的X射线晶体结构。我们还发现2'-Se修饰指向小沟，修饰的和天然的结构实际上是相同的。此外，我们观察到2'-Se-G修饰相对于相应的天然DNA可以显着促进晶体生长。

  DOI：

  10.1021/jo902190c

文献信息

• Synthesis and Crystal Structure of 2′-Se-Modified Guanosine Containing DNA
  作者：Jozef Salon、Jia Sheng、Jianhua Gan、Zhen Huang

  DOI：10.1021/jo902190c

  日期：2010.2.5

  describe a convenient synthesis of a new building block, the 2′-SeMe-modified guanosine (GSe) phosphoramidite, and report the first incorporation of the 2′-Se-G moiety into DNA. The X-ray crystal structure of the 2′-Se-modified octamer DNA (5′-GTGSeTACAC-3′) was determined at a resolution of 1.20 Å. We also found that the 2′-Se modification points to the minor groove and that the modified and native structures

  核酸的硒修饰在X射线晶体结构确定和核酸功能研究中非常重要。在这里，我们描述了一种新型合成单元2'-SeMe修饰的鸟苷（G Se）亚磷酰胺的简便合成方法，并报道了2'-Se-G部分首次掺入DNA。以1.20的分辨率测定了2'-Se-修饰的八聚体DNA（5'-GT G S e TACAC-3'）的X射线晶体结构。我们还发现2'-Se修饰指向小沟，修饰的和天然的结构实际上是相同的。此外，我们观察到2'-Se-G修饰相对于相应的天然DNA可以显着促进晶体生长。