3-(4-carboxybutyl)-N'-(4-sulfobutyl)-3,3',3'-trimethyl-N-ethylindodicarbocyanine | 1072070-09-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吲哚及其衍生物
• 英文名称: 3-(4-carboxybutyl)-N'-(4-sulfobutyl)-3,3',3'-trimethyl-N-ethylindodicarbocyanine
• 英文别名: 4-[2-[(1E,3E,5E)-5-[3-(4-carboxybutyl)-1-ethyl-3-methylindol-2-ylidene]penta-1,3-dienyl]-3,3-dimethylindol-1-ium-1-yl]butane-1-sulfonate
• CAS: 1072070-09-7
• 化学式: C₃₅H₄₄N₂O₅S
• 分子量: 604.811
• InChiKey: KNUFAQOAHIDIHY-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.3
• 重原子数：
  43
• 可旋转键数：
  13
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.43
• 拓扑面积：
  109
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3-(4-carboxybutyl)-N'-(4-sulfobutyl)-3,3',3'-trimethyl-N-ethylindodicarbocyanine 在 碳酸氢钠 、 sodium carbonate 作用下， 以 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 12.0h， 生成 5-{9-[1-ethyl-3,3',3'-trimethyl-1'-(4-sulfonatobutyl)indodicarbocyanin-3-yl]-5-oxo-4-azanon-1-en-1-yl}-2'-deoxyuridine-5'-triphosphate sodium salt
  参考文献：
  名称：

  新型荧光标记核苷酸：合成，光谱性质及其在聚合酶链反应中的应用

  摘要：

  已经合成了新的C5修饰的核苷酸，其包含在吲哚烯3-位带有羧基的茚二碳菁花青染料，并通过市售的热稳定Taq DNA聚合酶掺入到DNA中。在TB-biochip和THROMBO-Biochip测试系统中研究了聚合酶链反应过程中标记核苷酸掺入的效率。

  DOI：

  10.1016/j.mencom.2016.03.002
• 作为产物：
  描述：

  、 在 乙酸酐 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 生成 3-(4-carboxybutyl)-N'-(4-sulfobutyl)-3,3',3'-trimethyl-N-ethylindodicarbocyanine 、 4-[(2E)-2-[(2E,4E)-5-[3,3-dimethyl-1-(4-sulfonatobutyl)indol-1-ium-2-yl]penta-2,4-dienylidene]-3,3-dimethylindol-1-yl]butane-1-sulfonate 、
  参考文献：
  名称：

  Synthesis, properties and bioconjugation of water-soluble asymmetric indodicarbocyanine dyes

  摘要：

  New indodicarbocyanine dyes have been synthesised and converted into succinimidyl active esters for the fluorescent labeling of proteins and oligonucleotides.

  DOI：

  10.1016/j.mencom.2008.05.009