A versatile approach for site-directed spin labeling and structural EPR studies of RNAs
作者:Elena S. Babaylova、Anton V. Ivanov、Alexey A. Malygin、Maria A. Vorobjeva、Alia G. Venyaminova、Yuliya F. Polienko、Igor A. Kirilyuk、Olesya A. Krumkacheva、Matvey V. Fedin、Galina G. Karpova、Elena G. Bagryanskaya
DOI:10.1039/c3ob42154f
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followed by selective coupling of a spin label to this amino group. Such a linker can be attached to the desired RNA residue via a sequence-specific reaction with the derivatives of oligodeoxyribonucleotides. To verify this approach, we applied it to model RNA duplex with known structure and expected distance between corresponding residues. A new 2,5-bis(spirocyclohexane)-substituted spin label with advanced
定点自旋标记(SDSL)已广泛用于通过电子顺磁共振(EPR)对生物聚合物进行结构研究。但是,长RNA序列的SDSL仍然是一项艰巨的任务。在这里,我们提出了一种潜在的适用于长天然RNA的新型SDSL方法,该方法基于将含有脂肪族氨基的连接基连接至目标核苷酸残基,然后将自旋标记选择性偶联至该氨基。此类接头可通过以下方式连接到所需的RNA残基上与寡脱氧核糖核苷酸衍生物的序列特异性反应。为了验证此方法,我们将其应用于具有已知结构和相应残基之间的预期距离的RNA双链体模型。使用了具有先进稳定性和弛豫特性的新的2,5-双(螺环己烷)取代的自旋标记,使用Q波段(34 GHz)脉冲双电子-电子共振测量的距离分布与预期的良好。我们还通过研究类似的RNA双链体验证了获得的结果,其中带有脂肪族氨基的接头是通过固相合成。尽管这种新颖的SDSL方法没有在分子距离测量的精度方面提供优势,但我们认为其对长RNA的适用性对