(S)-2-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)-3-(3-methyl-3H-diazirin-3-yl)propanoic acid | 1360651-24-6

• 物质功能分类: 生物化工 - 多肽
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 芴
• 英文名称: (S)-2-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)-3-(3-methyl-3H-diazirin-3-yl)propanoic acid
• 英文别名: L-PhotoLeu-OH；Fmoc-photo-Leu-OH；Fmoc-photo-leucine；Fmoc-L-Photo-Leucine；(2S)-2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)-3-(3-methyldiazirin-3-yl)propanoic acid
• CAS: 1360651-24-6
• 化学式: C₂₀H₁₉N₃O₄
• 分子量: 365.389
• InChiKey: GDWMJFRPAHGSDU-KRWDZBQOSA-N

物化性质

• 密度：
  1.41±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.3
• 重原子数：
  27
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.3
• 拓扑面积：
  100
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

安全信息

• WGK Germany：
  3
• 包装等级：
  II
• 危险类别：
  4.1
• 危险性防范说明：
  P240,P210,P241,P264,P280,P302+P352,P370+P378,P337+P313,P305+P351+P338,P362+P364,P332+P313
• 危险品运输编号：
  1325
• 危险性描述：
  H315,H319,H228

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  异戊酸 、 Fmoc-L-缬氨酸 、 Fmoc-L-丙氨酸 、 (S)-2-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)-3-(3-methyl-3H-diazirin-3-yl)propanoic acid 、 丙炔胺盐酸盐 、 (3S,4S)-4-[(芴甲氧羰基)氨基]-3-羟基-6-甲基庚酸 在 N-甲基吡咯烷酮 、 sodium cyanoborohydride 、 溶剂黄146 、 O-(1H-benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成
  参考文献：
  名称：

  用于天冬氨酸蛋白酶光亲和标记的基于胃酶抑素的探针及其在目标识别中的应用

  摘要：

  天冬氨酸蛋白酶是一小类与多种人类疾病有关的蛋白酶。用于这些蛋白酶的光亲和标记 (PAL) 的共价化学探针尚未开发。我们在这里报告了基于天然产物抑制剂胃酶抑素的可点击 PAL 探针的完整树脂合成，并结合了最小的二氮杂环反应基团。该基团在抑制剂中的位置决定了标记效率。最有效的探针可灵敏地检测细胞裂解物中的组织蛋白酶 D，这是乳腺癌的生物标志物。此外，通过化学蛋白质组学实验和深度学习算法，我们确定了 sequestosome-1（自噬的重要参与者）作为组织蛋白酶 D 的直接相互作用伙伴和底物。

  DOI：

  10.1021/acschembio.2c00946
• 作为产物：
  描述：

  (S)-Boc-photo-leucine 在 碳酸氢钠 、 三氟乙酸 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 二氯甲烷 、 水 为溶剂， 生成 (S)-2-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)-3-(3-methyl-3H-diazirin-3-yl)propanoic acid
  参考文献：
  名称：

  开发基于二嗪啉的化学探针，以识别组蛋白修饰的“阅读者”和“清除者” †

  摘要：

  翻译后修改（PTM，例如组蛋白的磷酸化，乙酰化和甲基化）在调节许多基本细胞过程（例如基因转录，DNA复制和损伤修复）中起着重要作用。“书写器”和“橡皮擦”酶通过催化组蛋白PTM的添加和去除来修饰组蛋白，而“阅读器”蛋白则通过执行不同的细胞程序识别这些修饰的组蛋白并“翻译” PTM。因此，鉴定组蛋白PTM的调节酶和结合伴侣对于理解其调节机制和细胞功能至关重要。在这里，我们报道了基于二嗪嗪的光亲和探针的发展，该探针可用于鉴定组蛋白PTM的“阅读者”和“清除者”。与先前描述的基于二苯甲酮的光亲和探针相比，3）。此外，我们表明，基于二嗪嗪的探针还可用于鉴定催化去除组蛋白赖氨酸乙酰化和丙二酰化的酶。这项研究为检查PTM介导的蛋白质间相互作用提供了新的化学工具，并拓宽了我们的光交联策略的范围，从发现组蛋白PTM“阅读器”到鉴定PTM及其“橡皮擦”之间的动态和瞬时相互作用。

  DOI：

  10.1039/c4sc02328e

文献信息

• Photo Cross‐Linking Probes Containing ϵ‐ <i>N</i> ‐Thioacyllysine and ϵ‐ <i>N</i> ‐Acyl‐(δ‐aza)lysine Residues
  作者：Michael Bæk、Pablo Martín‐Gago、Jonas S. Laursen、Julie L. H. Madsen、Saswati Chakladar、Christian A. Olsen

  DOI：10.1002/chem.201905338

  日期：2020.3.23

  functionalization of the covalent adducts were systematically optimized by applying fluorophore labeling and gel electrophoresis (in-gel fluorescence measurements). Finally, selected probes, containing the ϵ-N-glutaryllysine and ϵ-N-myristoyllysine analogues, were successfully applied for the enrichment of native, endogenous proteins from cell lysate, recapitulating the expected interactions of SIRT5 and SIRT2,

  翻译后修饰 (PTM) 对于蛋白质功能、运输、定位和降解标记的调节非常重要。这项工作描述了基于肽活性/亲和力的探针的开发，用于发现识别蛋白质组中赖氨酸残基上新型基于酰基的 PTM 的蛋白质。通过引入酰肼或硫代酰胺官能团，探针含有ε-N-酰基赖氨酸的替代物，以避免实验过程中修饰的水解。除了修饰的 PTM 之外，还分析了开发的化学型对肽序列的影响。通过应用荧光团标记和凝胶电泳（凝胶内荧光测量）系统地优化光交联条件和随后的共价加合物的官能化。最后，选定的含有 ϵ-N-戊二酰赖氨酸和 ε-N-肉豆蔻酰赖氨酸类似物的探针，成功应用于从细胞裂解物中富集天然内源蛋白，分别概括了 SIRT5 和 SIRT2 的预期相互作用。有趣的是，提到的后者能够拉下 SIRT2 的两种不同的剪接变体，这是以前用共价探针无法实现的。基于这项精心设计的概念验证研究，我们预计该技术将在未来将新型 PTM 与细胞中靶向它们的蛋白质配对方面具有广泛的应用。
• Pepstatin-Based Probes for Photoaffinity Labeling of Aspartic Proteases and Application to Target Identification
  作者：Suyuan Chen、Chunguang Liang、Hongli Li、Weimeng Yu、Michaela Prothiwa、Dominik Kopczynski、Stefan Loroch、Marc Fransen、Steven H. L. Verhelst

  DOI：10.1021/acschembio.2c00946

  日期：——

  diseases. Covalent chemical probes for photoaffinity labeling (PAL) of these proteases are underdeveloped. We here report a full on-resin synthesis of clickable PAL probes based on the natural product inhibitor pepstatin incorporating a minimal diazirine reactive group. The position of this group in the inhibitor determines the labeling efficiency. The most effective probes sensitively detect cathepsin

  天冬氨酸蛋白酶是一小类与多种人类疾病有关的蛋白酶。用于这些蛋白酶的光亲和标记 (PAL) 的共价化学探针尚未开发。我们在这里报告了基于天然产物抑制剂胃酶抑素的可点击 PAL 探针的完整树脂合成，并结合了最小的二氮杂环反应基团。该基团在抑制剂中的位置决定了标记效率。最有效的探针可灵敏地检测细胞裂解物中的组织蛋白酶 D，这是乳腺癌的生物标志物。此外，通过化学蛋白质组学实验和深度学习算法，我们确定了 sequestosome-1（自噬的重要参与者）作为组织蛋白酶 D 的直接相互作用伙伴和底物。
• Structural Basis for the Recognition of Peptide RJPXD33 by Acyltransferases in Lipid A Biosynthesis
  作者：Ronald J. Jenkins、Kyle A. Heslip、Jennifer L. Meagher、Jeanne A. Stuckey、Garry D. Dotson

  DOI：10.1074/jbc.m114.564278

  日期：2014.5

  UDP-N-acetylglucosamine acyltransferase (LpxA) and UDP-3-O-(acyl)-glucosamine acyltransferase (LpxD) constitute the essential, early acyltransferases of lipid A biosynthesis. Recently, an antimicrobial peptide inhibitor, RJPXD33, was identified with dual affinity for LpxA and LpxD. To gain a fundamental understanding of the molecular basis of inhibitor binding, we determined the crystal structure of LpxA from Escherichia coli in complex with RJPXD33 at 1.9 resolutions. Our results suggest that the peptide binds in a unique modality that mimics (R)--hydroxyacyl pantetheine binding to LpxA and displays how the peptide binds exclusive of the native substrate, acyl-acyl carrier protein. Acyltransferase binding studies with photo-labile RJPXD33 probes and truncations of RJPXD33 validated the structure and provided fundamental insights for future design of small molecule inhibitors. Overlay of the LpxA-RJPXD33 structure with E. coli LpxD identified a complementary peptide binding pocket within LpxD and serves as a model for further biochemical characterization of RJPXD33 binding to LpxD.
• TOTAL CHEMICAL SYNTHESIS OF UBIQUITIN, UBIQUITIN MUTANTS AND DERIVATIVES THEREOF
  申请人：Ovaa Huib

  公开号：US20130267680A1

  公开（公告）日：2013-10-10

  The present invention relates to the field of total chemical synthesis of ubiquitin and related peptides. More in particular, a method is provided of solid phase synthesis of ubiquitin, ubiquitin mutants and derivatives thereof. It was the object of the present invention to provide an approach for the total chemical synthesis of ubuiqitin, which allows for the chemical synthesis of virtually any Ub mutant and giving high overall efficiency and purity. The present inventors have surprisingly found that this object can be realized with a method relying on incorporation of special amino acid building blocks. This approach was found to allow for exceptionally high yields of up to 14% and to provide an synthetic entry into virtually any ubiquitin derivative.
• [EN] TOTAL CHEMICAL SYNTHESIS OF UBIQUITIN, UBIQUITIN MUTANTS AND DERIVATIVES THEREOF<br/>[FR] SYNTHÈSE CHIMIQUE TOTALE DE L'UBIQUITINE, MUTANTS D'UBIQUITINE ET LEURS DÉRIVÉS
  申请人：STICHTING HET NL KANKERINST

  公开号：WO2012036551A1

  公开（公告）日：2012-03-22

  The present invention relates to the field of total chemical synthesis of ubiquitin and related peptides. More in particular, a method is provided of solid phase synthesis of ubiquitin, ubiquitin mutants and derivatives thereof. It was the object of the present invention to provide an approach for the total chemical synthesis of ubiquitin, which allows for the chemical synthesis of virtually any Ub mutant and giving high overall efficiency and purity. The present inventors have surprisingly found that this object can be realized with a method relying on incorporation of special amino acid building blocks. This approach was found to allow for exceptionally high yields of up to 14% and to provide an synthetic entry into virtually any ubiquitin derivative.