摘要:
氨基糖苷类抗生素参与涉及 RNA 和蛋白质的多种结合过程。近年来,对几种临床相关的氨基糖苷类/受体复合物的描述极大地刺激了新的生物活性衍生物的基于结构的设计。不幸的是,设计工作经常取得有限的成功,这反映了我们对抗生素识别的分子决定因素的不完全理解。有趣的是,蛋白质/RNA 受体的芳环似乎是这个过程中的关键参与者。事实上,仔细检查可用的结构信息表明它们经常参与 CH/pi 与抗生素的糖/氨基环醇环的堆积相互作用。虽然在过去十年中已经详细研究了中性碳水化合物和芳环之间的相互作用,但当它们涉及带高电荷的糖苷时,对这些接触知之甚少。在此,我们报告了对 CH/pi 堆积相互作用在氨基糖苷类分子识别中所起作用的详细实验和理论分析。我们的研究旨在确定抗生素聚阳离子特性对这些特定接触的稳定性、首选几何形状和动力学的影响。为此,选择了不同的氨基糖苷类/芳香族复合物作为模型系统。它们从简单的双分子相互作用到设计衍生物中存在的更稳定的分子内