Cy3-NHS | 1032815-92-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吲哚及其衍生物
• 英文名称: Cy3-NHS
• 英文别名: (2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 6-[(2Z)-3,3-dimethyl-2-[(Z)-3-(1,3,3-trimethylindol-1-ium-2-yl)prop-2-enylidene]indol-1-yl]hexanoate
• CAS: 1032815-92-1
• 化学式: C₃₄H₄₀N₃O₄
• 分子量: 554.709
• InChiKey: NURVVZIGRBBQCB-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.6
• 重原子数：
  41
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.41
• 拓扑面积：
  69.9
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  Cy3-NHS 在 三乙基硅烷 、 3,3,3-膦三基三丙酸 、 1-羟基苯并三唑 、 1,2-二氯乙烷 、 三乙胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 aq. phosphate buffer 、 二氯甲烷 、 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 0.16h， 生成
  参考文献：
  名称：

  基于FRET的花青探针，用于监测连接反应及其在机理研究和催化剂筛选中的应用†

  摘要：

  越来越需要设计更好的方法来在温和的水性条件下以小规模选择性地连接两个分子。寻找此类方法的过程很大程度上取决于采用适当的测定方法。我们在此报告基于模块FRET的测定法，以监测此类反应，并说明该测定法如何用于监测两个特定反应：天然化学连接（NCL）和肟连接。对于这两种反应，我们都表明，通过使用适当设计的探针，FRET测量可用于监控反应进程。我们另外证明了开发的探针系统对研究连接反应机理的有用性，例如，用于监测NCL反应中三聚体中间体的形成。最后，

  DOI：

  10.1039/c5ob02127h
• 作为产物：
  描述：

  N-羟基丁二酰亚胺 、 6-[(2Z)-3,3-dimethyl-2-[(E)-3-(1,3,3-trimethylindol-1-ium-2-yl)prop-2-enylidene]indol-1-yl]hexanoic acid 在 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 0.75h， 生成 Cy3-NHS
  参考文献：
  名称：

  基于FRET的花青探针，用于监测连接反应及其在机理研究和催化剂筛选中的应用†

  摘要：

  越来越需要设计更好的方法来在温和的水性条件下以小规模选择性地连接两个分子。寻找此类方法的过程很大程度上取决于采用适当的测定方法。我们在此报告基于模块FRET的测定法，以监测此类反应，并说明该测定法如何用于监测两个特定反应：天然化学连接（NCL）和肟连接。对于这两种反应，我们都表明，通过使用适当设计的探针，FRET测量可用于监控反应进程。我们另外证明了开发的探针系统对研究连接反应机理的有用性，例如，用于监测NCL反应中三聚体中间体的形成。最后，

  DOI：

  10.1039/c5ob02127h

文献信息

• Synthesis and fluorescence characteristics of ATP-based FRET probes
  作者：Norman Hardt、Stephan M. Hacker、Andreas Marx

  DOI：10.1039/c3ob41751d

  日期：——

  Adenosine triphosphate (ATP) analogues labelled with two dyes suitable for undergoing Förster Resonance Energy Transfer (FRET) have the potential to be valuable tools to continuously study the enzymatic activity of ATP consuming enzymes. Here, we present a synthesis strategy that allows obtaining these ATP analogues in a straight-forward manner. Earlier studies indicate that modifying ATP at the O2′-

  用两种染料标记的三磷酸腺苷（ATP）类似物适合进行福斯特共振能量转移（FRET），具有成为继续研究消耗ATP的酶的酶活性的有价值的工具的潜力。在这里，我们提出了一种合成策略，可以直接获得这些ATP类似物。较早的研究表明，在O处修饰ATP2'和γ位置是设计这些探针的非常有前途的起点。我们合成了探针，该探针用附着在这些位置的五种不同的染料组合修饰，并研究了未切割状态以及酶水解后的荧光特性。所有提供的探针在切割后都会大大改变其荧光特性。它们包括比例FRET探针以及暗淬灭的类似物。对于典型的体外应用，磺化聚次甲基染料Sulfo-Cy3和Sulfo-Cy5的组合似乎是最有前途的，因为它们在水性缓冲液中的出色溶解性和裂解后的荧光特性发生了很大的变化。对于这种染料组合，我们还合成了在γ-和C处修饰的类似物分别是2或O 3'位置，因为这些连接位点也被某些消耗ATP的酶很好地接受。这些类似物显示出相当大的荧
• Two-Dimensional Electronic Spectroscopy Reveals the Spectral Dynamics of Förster Resonance Energy Transfer
  作者：Brian K. Petkov、Tobias A. Gellen、Camille A. Farfan、William P. Carbery、Belinda E. Hetzler、Dirk Trauner、Xingpin Li、William J. Glover、Darin J. Ulness、Daniel B. Turner

  DOI：10.1016/j.chempr.2019.05.005

  日期：2019.8

  (2D ES) probes the energies of chromophores and their coupling, and therefore, the technique is now widely used for studying excitation-energy-transfer mechanisms. The ubiquity and importance of Förster resonance energy transfer (FRET) demand a thorough study of its signatures in 2D ES. Here, using principles from noisy-light spectroscopy to account for the spontaneous transfer event, we describe a model

  二维电子光谱（2D ES）探测发色团的能量及其耦合，因此，该技术现已广泛用于研究激发能转移机理。Förster共振能量转移（FRET）的普遍性和重要性要求对其2D ES中的签名进行透彻的研究。在这里，我们使用来自噪声光谱的原理来解释自发转移事件，我们描述了二维ES中从FRET产生的信号模型。该模型产生关于能量传递峰的三个理论结果，与我们的实验室测量结果一致。另一个未曾预料到的发现是，溶剂化过程会引起受体信号的动态斯托克斯位移，也会引起能量转移信号的相对较慢的红移，揭示了光激发和FRET激发的受体分子之间在溶剂化弛豫方面存在根本差异。从模型得出的签名可作为正在进行的有关能量传输机制的基准。 在这里，Turner及其同事开发了一种在2D ES中受FRET噪声启发的模型，以说明激活它的振动。至关重要的是，它们揭示了一些未报告的特征，这些特征将FRET与其他信号区分开。这些签名是基本的，可立即应用
• TUNABLE FLUORESCENCE USING CLEAVABLE LINKERS
  申请人：AGENCY FOR SCIENCE, TECHNOLOGY AND RESEARCH

  公开号：US20160145280A1

  公开（公告）日：2016-05-26

  The invention relates to cleavable chemistry in general, and in particular, to tunable fluorescence using cleavable linkers present in fluorochrome-quencher conjugates.

  本发明涉及可分离化学反应，尤其是利用存在于荧光染料-淬灭剂共轭物中的可分离连接剂来调节荧光的技术。
• Parallel imaging of coagulation pathway proteases activated protein C, thrombin, and factor Xa in human plasma
  作者：Sylwia Modrzycka、Sonia Kołt、Stéphanie G. I. Polderdijk、Ty E. Adams、Stanisław Potoczek、James A. Huntington、Paulina Kasperkiewicz、Marcin Drąg

  DOI：10.1039/d2sc01108e

  日期：——

  Activated protein C (APC), thrombin, and factor (f) Xa are vitamin K-dependent serine proteases that are key factors in blood coagulation. Moreover, they play important roles in inflammation, apoptosis, fibrosis, angiogenesis, and viral infections. Abnormal activity of these coagulation factors has been related to multiple conditions, such as bleeding and thrombosis, Alzheimer's disease, sepsis, multiple

  活化蛋白 C (APC)、凝血酶和因子 (f) Xa 是维生素 K 依赖性丝氨酸蛋白酶，它们是血液凝固的关键因素。此外，它们在炎症、细胞凋亡、纤维化、血管生成和病毒感染中发挥重要作用。这些凝血因子的异常活动与多种疾病有关，例如出血和血栓形成、阿尔茨海默病、败血症、多发性硬化症和 COVID-19。APC、凝血酶和 fXa 在凝血和各种疾病中的个体活性很难确定，因为这些蛋白酶是相关的并且具有相似的底物偏好。所以，开发能够成像和区分生物样品中凝血因子的选择性化学工具可以更好地了解它们在各种条件下的作用，并可能有助于建立新的诊断测试。在我们的研究中，我们使用了大量非天然氨基酸，这使我们能够广泛探索酶活性位点的结合口袋。基于获得的特异性谱，我们设计了高选择性底物、抑制剂和基于荧光活性的探针 (ABP)，用于快速、直接和同时检测人血浆中的 APC、凝血酶和 fXa。这使我们能够广泛探索酶活性位点的结
• Cucurbit[7]uril Macrocyclic Sensors for Optical Fingerprinting: Predicting Protein Structural Changes to Identifying Disease-Specific Amyloid Assemblies
  作者：Nilanjana Das Saha、Soumen Pradhan、Ranjan Sasmal、Aritra Sarkar、Christian M. Berač、Jonas C. Kölsch、Meenakshi Pahwa、Sushanta Show、Yves Rozenholc、Zeki Topçu、Vivien Alessandrini、Jean Guibourdenche、Vassilis Tsatsaris、Nathalie Gagey-Eilstein、Sarit S. Agasti

  DOI：10.1021/jacs.2c05969

  日期：2022.8.10

  pan-selective molecular recognition feature of a cucurbit[7]uril (CB[7]) macrocyclic receptor. We implemented a direct sensing strategy by covalently tethering CB[7] with a library of fluorescent reporters. When CB[7] recognizes the chemical and geometrical features of a biomolecule, it brings the tethered fluorophore into the vicinity, concomitantly reporting the nature of its binding microenvironment

  在三维 (3D) 表示中，每个蛋白质分子都显示出特定的化学和拓扑特征模式，这些特征在其错误折叠和聚集途径中发生改变。从这些特征生成可识别的指纹可以提供一种诱人的方法，不仅可以识别这些生物分子，还可以获取有关它们的折叠状态和病理致死错误折叠聚集体发生的线索。我们在此报告了一种通用策略，通过使用葫芦[7] 脲 (CB[7]) 大环受体的泛选择性分子识别特征从生物分子中生成荧光指纹。我们通过将 CB[7] 与荧光报告基因库共价连接来实施直接传感策略。当 CB[7] 识别出生物分子的化学和几何特征时，它将系留的荧光团带到附近，同时通过改变它们的光学特征来报告其结合微环境的性质。荧光团的光物理特性允许多种探测模式，而它们的结构特征提供了额外的结合多样性，从生物分子中产生了独特的荧光指纹。我们首先使用这种策略来快速区分各种蛋白质分析物。然后应用大环传感器探测蛋白质结构的构象变化，并识别错误折叠蛋白质形