5-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-1,2-O-isopropylidene-3-O-(2-naphthylmethyl)-4-C-vinyl-α-D-ribofuranose | 1092803-01-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 萘
• 英文名称: 5-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-1,2-O-isopropylidene-3-O-(2-naphthylmethyl)-4-C-vinyl-α-D-ribofuranose
• CAS: 1092803-01-4
• 化学式: C₃₇H₄₂O₅Si
• 分子量: 594.823
• InChiKey: WUMZCXIWWBJZFE-KXJIALSTSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.73
• 重原子数：
  43.0
• 可旋转键数：
  9.0
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  46.15
• 氢给体数：
  0.0
• 氢受体数：
  5.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-1,2-O-isopropylidene-3-O-(2-naphthylmethyl)-4-C-vinyl-α-D-ribofuranose 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 sodium tetrahydroborate 、 sodium periodate 、 四氧化锇 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 草酰氯 、 二乙胺基三氟化硫 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 硫酸 、 四丁基氟化铵 、 氨 、 水 、 三正丁基氢锡 、 sodium hydride 、 二甲基亚砜 、 9-硼双环[3.3.1]壬烷 、 三苯基膦 、 2,3-二氯-5,6-二氰基-1,4-苯醌 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 hexanes 、 二氯甲烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 异丙醇 、 甲苯 、 乙腈 、 mineral oil 为溶剂， 反应 130.5h， 生成 ((1R,3R,4R,5R,7S)-3-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-5-fluoro-7-(naphthalen-2-ylmethoxy)-2-oxabicyclo[2.2.1]heptan-1-yl)methyl acetate
  参考文献：
  名称：

  Carbocyclic bicyclic nucleic acid analogs

  摘要：

  本文提供了饱和和不饱和的碳环二环核苷酸，以及从中制备的寡聚化合物和使用这些寡聚化合物的方法。这些饱和和不饱和的碳环二环核苷酸对于增强包括核酸酶耐受性在内的寡聚化合物的性质非常有用。

  公开号：

  US08278426B2
• 作为产物：
  描述：

  1,2:5,6-二异亚丙基-alpha-D-异呋喃糖 在 sodium periodate 、 正丁基锂 、 草酰氯 、 水 、 sodium hydride 、 溶剂黄146 、 二甲基亚砜 、 三乙胺 、 sodium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 127.92h， 生成 5-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-1,2-O-isopropylidene-3-O-(2-naphthylmethyl)-4-C-vinyl-α-D-ribofuranose
  参考文献：
  名称：

  Carbocyclic bicyclic nucleic acid analogs

  摘要：

  本文提供了饱和和不饱和的碳环二环核苷酸，以及从中制备的寡聚化合物和使用这些寡聚化合物的方法。这些饱和和不饱和的碳环二环核苷酸对于增强包括核酸酶耐受性在内的寡聚化合物的性质非常有用。

  公开号：

  US08278426B2

文献信息

• 6-Disubstituted Or Unsaturated Bicyclic Nucleic Acid Analogs
  申请人：Seth Punit P.

  公开号：US20110053881A1

  公开（公告）日：2011-03-03

  The present disclosure describes 6-disubstituted bicyclic nucleosides, oligomeric compounds prepared therefrom and methods of using the oligomeric compounds. More particularly, the 6-disubstituted bicyclic nucleosides each comprise a 2′-O—C(Ri)(R2)-4′ or 2′-O—C=(R3)(R.4)-4′ bridge wherein each R is, independently a substituent group and Ri and R2 include H. The 6-disubstituted bicyclic nucleosides are useful for enhancing properties of oligomeric compounds including nuclease resistance. In certain embodiments, the oligomeric compounds provided herein hybridize to a portion of a target RNA resulting in loss of normal function of the target RNA.

  本公开描述了6-二取代双环核苷酸、从中制备的寡聚化合物以及使用这些寡聚化合物的方法。更具体地说，这些6-二取代双环核苷酸每个包括一个2′-O—C(Ri)(R2)-4′或2′-O—C=(R3)(R4)-4′桥，其中每个R独立地是一个取代基，而Ri和R2包括H。这些6-二取代双环核苷酸对增强包括核酸酶抗性在内的寡聚化合物的性质是有用的。在某些实施例中，本文提供的寡聚化合物与靶RNA的部分杂交，导致靶RNA的正常功能丧失。
• 6-MODIFIED BICYCLIC NUCLEIC ACID ANALOGS
  申请人：Swayze E. Eric

  公开号：US20070249049A1

  公开（公告）日：2007-10-25

  The present invention provides 6-modified bicyclic nucleoside analogs and oligomeric compounds comprising these nucleoside analogs. In preferred embodiments the nucleoside analogs have either (R) or (S)-chirality at the 6-position. These bicyclicnucleoside analogs are useful for enhancing properties of oligomeric compounds including nuclease resistance.

  本发明提供了6-修饰的双环核苷类似物和包含这些核苷类似物的寡聚化合物。在优选实施例中，核苷类似物在6位点具有(R)或(S)-手性。这些双环核苷类似物对提高包括核酸酶抗性在内的寡聚化合物的性能是有用的。
• An Exocyclic Methylene Group Acts As a Bioisostere of the 2′-Oxygen Atom in LNA
  作者：Punit P. Seth、Charles R. Allerson、Andres Berdeja、Andrew Siwkowski、Pradeep S. Pallan、Hans Gaus、Thazha P. Prakash、Andrew T. Watt、Martin Egli、Eric E. Swayze

  DOI：10.1021/ja105875e

  日期：2010.10.27

  Analysis of crystal structures of cLNA modified self-complementary DNA decamer duplexes revealed that the methylene group participates in a tight interaction with a 2'-deoxyribose residue of the 5'-terminal G of a neighboring duplex, resulting in the formation of a CH...O type hydrogen bond. This indicates that the methylene group retains a negative polarization at the edge of the minor groove in the absence

  我们首次表明，通过用环外亚甲基取代 LNA 中的 2'-氧原子，可以获得与碳环 LNA (cLNA) 类似物的 LNA 样（锁定核酸 1）结合亲和力和生物活性。亚甲基-cLNA 核苷的合成是通过 2'-位的基团和 C-4' 位的丙炔基之间的分子内环化反应完成的。只有亚甲基-cLNA 修饰的寡核苷酸显示出与 LNA 相似的互补核酸的热稳定性和错配鉴别特性。相比之下，结构上密切相关的甲基-cLNA 类似物表现出减弱的杂交特性。cLNA 修饰的自互补 DNA 十聚体双链体的晶体结构分析表明，亚甲基参与与相邻双链体 5'-末端 G 的 2'-脱氧核糖残基的紧密相互作用，从而形成 CH。 ..O型氢键。这表明在没有亲水性 2'-取代基的情况下，亚甲基在小沟的边缘保持负极化，并为这种改性的优异热稳定性提供了基本原理。在动物实验中，与 LNA ASO 相比，亚甲基-cLNA 反义寡核苷酸 (ASO) 显示出相似的体内活性，但毒性降低。