[(2R,3S,5R)-2-[[[(2R,3S,5R)-5-(4-benzamido-2-oxopyrimidin-1-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl]oxy-(2-cyanoethylsulfanyl)-oxidophosphaniumyl]oxymethyl]-5-[6-(2,5-dichlorophenoxy)-2-(2-methylpropanoylamino)purin-9-yl]oxolan-3-yl] 4-oxopentanoate | 356535-47-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: [(2R,3S,5R)-2-[[[(2R,3S,5R)-5-(4-benzamido-2-oxopyrimidin-1-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl]oxy-(2-cyanoethylsulfanyl)-oxidophosphaniumyl]oxymethyl]-5-[6-(2,5-dichlorophenoxy)-2-(2-methylpropanoylamino)purin-9-yl]oxolan-3-yl] 4-oxopentanoate
• CAS: 356535-47-2
• 化学式: C₄₄H₄₆Cl₂N₉O₁₃PS
• 分子量: 1042.85
• InChiKey: USFBCGPVWNLXQR-SLXRXSTOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.9
• 重原子数：
  70
• 可旋转键数：
  22
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.41
• 拓扑面积：
  316
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  18

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  [(2R,3S,5R)-2-[[[(2R,3S,5R)-5-(4-benzamido-2-oxopyrimidin-1-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl]oxy-(2-cyanoethylsulfanyl)-oxidophosphaniumyl]oxymethyl]-5-[6-(2,5-dichlorophenoxy)-2-(2-methylpropanoylamino)purin-9-yl]oxolan-3-yl] 4-oxopentanoate 在 吡啶 、 syn-2-硝基苯甲醛肟[脱保护剂] 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 、 三氟乙酸 、 四甲基胍 作用下， 以 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 53.58h， 生成 deoxycytidylyl-(3',5')-guanosine sodium salt
  参考文献：
  名称：

  寡核苷酸硫代磷酸酯脱硫的方法

  摘要：

  通过两步法将受保护的寡核苷酸硫代磷酸酯转化为具有标准磷酸二酯核苷酸间键的寡核苷酸。然后通过氨解除去其余的保护基。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(03)00322-8
• 作为产物：
  描述：

  2'-deoxy-6-O-(2,5-dichlorophenyl)-2-N-isobutyryl-3'-O-levulinylguanosine 在 吡啶 、 二氯乙酸 、 吡咯 、 氯磷酸二苯酯 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 7.0h， 生成 [(2R,3S,5R)-2-[[[(2R,3S,5R)-5-(4-benzamido-2-oxopyrimidin-1-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl]oxy-(2-cyanoethylsulfanyl)-oxidophosphaniumyl]oxymethyl]-5-[6-(2,5-dichlorophenoxy)-2-(2-methylpropanoylamino)purin-9-yl]oxolan-3-yl] 4-oxopentanoate
  参考文献：
  名称：

  寡核苷酸硫代磷酸酯脱硫的方法

  摘要：

  通过两步法将受保护的寡核苷酸硫代磷酸酯转化为具有标准磷酸二酯核苷酸间键的寡核苷酸。然后通过氨解除去其余的保护基。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(03)00322-8

文献信息

• Solution phase synthesis of ISIS 2922 (Vitravene) by the modified H-phosphonate approach
  作者：Colin B. Reese、Hongbin Yan

  DOI：10.1039/b208802a

  日期：2002.11.26

  The synthesis of Vitravene, a 21-mer oligonucleotide phosphorothioate (d[Gp(s)Cp(s)Gp(s)Tp(s)Tp(s)Tp(s)Gp(s)Cp(s)Tp(s)Cp(s)Tp(s)Tp(s)Cp(s)Tp(s)Tp(s)Cp(s)Tp(s)Tp(s)Gp(s)Cp(s)G]) by the modified H-phosphonate approach in solution is reported. The synthetic strategy adopted involves the use of only four different trimer building blocks. The dimer and trimer blocks are prepared by a novel four component procedure in which the coupling agent (diphenyl phosphorochloridate 5b) and the sulfur-transfer reagent (N-[(2-cyanoethylsulfanyl)succinimide] 19) are added at the same time. Yields both of the building blocks and in the block coupling reactions are very satisfactory. The fully-protected 21-mer 38 is unblocked by a five-step procedure to give Vitravene, which is isolated as its sodium salt.

  Vitravene 的合成，一种 21 聚体硫代磷酸酯寡核苷酸 (d[Gp(s)Cp(s)Gp(s)Tp(s)Tp(s)Tp(s)Gp(s)Cp(s)Tp(s) Cp(s)Tp(s)Tp(s)Cp(s)Tp(s)Tp(s)Cp(s)Tp(s)Tp(s)Gp(s)Cp(s)G]) 通过修改报道了溶液中的 H-膦酸盐方法。所采用的合成策略仅涉及使用四种不同的三聚体构建模块。二聚体和三聚体嵌段是通过新型四组分程序制备的，其中偶联剂（二苯基氯代磷酸酯 5b）和硫转移试剂（N-[(2-氰基乙基硫基)琥珀酰亚胺] 19) 同时添加。结构单元和嵌段偶联反应的产率都非常令人满意。通过五步程序解封完全保护的 21-mer 38，得到 Vitravene，并以其钠盐形式分离出来。
• An approach to the desulfurization of oligonucleotide phosphorothioates
  作者：Colin B. Reese、Hongbin Yan

  DOI：10.1016/s0040-4039(03)00322-8

  日期：2003.3

  Protected oligonucleotide phosphorothioates are converted by a two-step procedure into oligonucleotides with standard phosphodiester internucleotide linkages. The remaining protecting groups are then removed by ammonolysis.

  通过两步法将受保护的寡核苷酸硫代磷酸酯转化为具有标准磷酸二酯核苷酸间键的寡核苷酸。然后通过氨解除去其余的保护基。