N-(9-{(2R,3R,3aR,9aR)-3-[1-(4-Chloro-phenyl)-4-ethoxy-piperidin-4-yloxy]-5,5,7,7-tetraisopropyl-tetrahydro-1,4,6,8-tetraoxa-5,7-disila-cyclopentacycloocten-2-yl}-9H-purin-6-yl)-2,2-dimethyl-propionamide | 908140-97-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: N-(9-{(2R,3R,3aR,9aR)-3-[1-(4-Chloro-phenyl)-4-ethoxy-piperidin-4-yloxy]-5,5,7,7-tetraisopropyl-tetrahydro-1,4,6,8-tetraoxa-5,7-disila-cyclopentacycloocten-2-yl}-9H-purin-6-yl)-2,2-dimethyl-propionamide
• CAS: 908140-97-6
• 化学式: C₄₀H₆₃ClN₆O₇Si₂
• 分子量: 831.6
• InChiKey: BNLJNRWTZVKQKM-SPBWOXKUSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  8.74
• 重原子数：
  56.0
• 可旋转键数：
  11.0
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.7
• 拓扑面积：
  131.32
• 氢给体数：
  1.0
• 氢受体数：
  12.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-(9-{(2R,3R,3aR,9aR)-3-[1-(4-Chloro-phenyl)-4-ethoxy-piperidin-4-yloxy]-5,5,7,7-tetraisopropyl-tetrahydro-1,4,6,8-tetraoxa-5,7-disila-cyclopentacycloocten-2-yl}-9H-purin-6-yl)-2,2-dimethyl-propionamide 在 四乙基氟化铵水合物 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 0.75h， 生成 2'-O-[1-(4-Chlorophenyl)-4-ethoxypiperidin-4-yl]-6-N-pivaloyladenosine
  参考文献：
  名称：

  Some observations relating to the use of 1-aryl-4-alkoxypiperidin-4-yl groups for the protection of the 2′-hydroxy functions in the chemical synthesis of oligoribonucleotides

  摘要：

  讨论了在寡核苷酸合成中，十个1-芳基-4-甲氧基哌啶-4-基（R = Me，包括先前报道的Ctmp 5和Fpmp 6）保护基对2'-羟基功能的酸催化去除的相对速率。这些研究导致开发了1-(4-氯苯基)-4-乙氧基哌啶-4-基（Cpep）保护基8（R = Et，R1 = R2 = H，R3 = Cl），其在pH 0.5下比Ctmp和Fpmp群更加稳定，而在pH 3.75下更加不稳定。研究了核苷酸基在低pH和高pH下对2'-O-Fpmp和2'-O-Ctmp保护基稳定性的影响。

  DOI：

  10.1039/a908149f
• 作为产物：
  描述：

  1-(4-氯苯基)-哌啶-4-酮 在 三氟化硼乙醚 、 对甲苯磺酸 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 乙醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 5.5h， 生成 N-(9-{(2R,3R,3aR,9aR)-3-[1-(4-Chloro-phenyl)-4-ethoxy-piperidin-4-yloxy]-5,5,7,7-tetraisopropyl-tetrahydro-1,4,6,8-tetraoxa-5,7-disila-cyclopentacycloocten-2-yl}-9H-purin-6-yl)-2,2-dimethyl-propionamide
  参考文献：
  名称：

  Some observations relating to the use of 1-aryl-4-alkoxypiperidin-4-yl groups for the protection of the 2′-hydroxy functions in the chemical synthesis of oligoribonucleotides

  摘要：

  讨论了在寡核苷酸合成中，十个1-芳基-4-甲氧基哌啶-4-基（R = Me，包括先前报道的Ctmp 5和Fpmp 6）保护基对2'-羟基功能的酸催化去除的相对速率。这些研究导致开发了1-(4-氯苯基)-4-乙氧基哌啶-4-基（Cpep）保护基8（R = Et，R1 = R2 = H，R3 = Cl），其在pH 0.5下比Ctmp和Fpmp群更加稳定，而在pH 3.75下更加不稳定。研究了核苷酸基在低pH和高pH下对2'-O-Fpmp和2'-O-Ctmp保护基稳定性的影响。

  DOI：

  10.1039/a908149f

文献信息

• LARGE-SCALE SYNTHESIS OF “Cpep” RNA MONOMERS AND THEIR APPLICATION IN AUTOMATED RNA SYNTHESIS
  作者：R. T. Pon、S. Yu、T. Prabhavalkar、T. Mishra、B. Kulkarni、Y. S. Sanghvi

  DOI：10.1081/ncn-200060150

  日期：2005.4.1

  Small interfering RNAs (siRNA) are the latest candidates for oligonucleotide-based therapeutics. Should siRNA be successful in clinical trials, a huge demand for synthetic RNA is anticipated. We believe that 1-(4-chlorophenyl)-4-ethoxypiperidin-4-yl(Cpep) is an ideal 2'-protecting group for large-scale syntheses. Unlike 2'-silyl groups, mild acid hydrolysis instead of fluoride ion is used for the 2'-deprotection. The syntheses of 2'-Cpep protected nucleosides (A, Q G, and U) has been accomplished on a 0.5 Kg scale. The 2'-Cpep monomers were transformed into 3'-O-phosphoramidites for conventional automated solid-phase synthesis. Cost-effective processes for large-scale synthesis of Cpep monomers and initial automated solid-phase synthesis are demonstrated.