(1S,4R,5R,7R,8R)-4,8-Dibenzyloxy-7-(thymin-1-yl)-2,6-dioxabicyclo[3.2.1]heptane | 230631-35-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: (1S,4R,5R,7R,8R)-4,8-Dibenzyloxy-7-(thymin-1-yl)-2,6-dioxabicyclo[3.2.1]heptane
• 英文别名: (1S,4R,5R,7R,8R)-4,8-Dibenzyloxy-7-(thymin-1-yl)-2,6-Dioxabicyclo [3.2.1]Octane；1-[(1S,4R,5R,7R,8R)-4,8-bis(phenylmethoxy)-2,6-dioxabicyclo[3.2.1]octan-7-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 230631-35-3
• 化学式: C₂₅H₂₆N₂O₆
• 分子量: 450.491
• InChiKey: IZDUJZWIQCZVPG-SWAMLEPWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2
• 重原子数：
  33
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.36
• 拓扑面积：
  86.3
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (1S,4R,5R,7R,8R)-4,8-Dibenzyloxy-7-(thymin-1-yl)-2,6-dioxabicyclo[3.2.1]heptane 在 palladium dihydroxide 氢气 作用下， 以 乙醇 为溶剂， 以98%的产率得到(1S,4R,5R,7R,8R)-4,8-Dihydroxy-7-(thymin-1-yl)-2,6-dioxabicyclo[3.2.1]octane
  参考文献：
  名称：

  三种新型双环胸腺嘧啶核苷的合成和限制性呋喃糖构象：木糖基-LNA核苷，3' - O，5'- C-亚甲基连接的核苷和2' - O，5'- C-亚甲基连接的核苷

  摘要：

  所述木糖-LNA核苷1-（2- ø，4- Ç亚甲基- β- d -xylofuranosyl）胸腺嘧啶（9）和2'- Ò，5'- Ç -亚甲基连接起来的核苷1-（2,6-从呋喃糖衍生物1和21分别获得13％（8步）和31％（7步）的总产率的脱水-β - D-呋喃呋喃糖基）胸腺嘧啶（28）。在3' - O，5'- C-亚甲基连接的核苷衍生物的合成中，通过3-酮基官能团上6-羟基的分子内攻击进行环化，生成C-3-半缩酮呋喃糖11及其随后转化为核苷15的方法非常有效。这是，然而，不可能以分离脱苄基2'-羟基，2'- ö甲基和2'- ö -叔丁基二甲基衍生物16，18和20分别在分析纯的形式。溶液相的构象分析表明该双环核苷8，9，14，15，17和19，以在N型呋喃糖构象和双环核苷酸主要存在27和28采取的S型构象。

  DOI：

  10.1039/a901729a
• 作为产物：
  描述：

  1-[3,5-Di-O-benzyl-2,6-di-O-(p-tolylsulfonyl)-β-D-allofuranosyl]thymine 在 sodium hydroxide 、 水 作用下， 以 乙醇 为溶剂， 反应 16.0h， 以93%的产率得到(1S,4R,5R,7R,8R)-4,8-Dibenzyloxy-7-(thymin-1-yl)-2,6-dioxabicyclo[3.2.1]heptane
  参考文献：
  名称：

  三种新型双环胸腺嘧啶核苷的合成和限制性呋喃糖构象：木糖基-LNA核苷，3' - O，5'- C-亚甲基连接的核苷和2' - O，5'- C-亚甲基连接的核苷

  摘要：

  所述木糖-LNA核苷1-（2- ø，4- Ç亚甲基- β- d -xylofuranosyl）胸腺嘧啶（9）和2'- Ò，5'- Ç -亚甲基连接起来的核苷1-（2,6-从呋喃糖衍生物1和21分别获得13％（8步）和31％（7步）的总产率的脱水-β - D-呋喃呋喃糖基）胸腺嘧啶（28）。在3' - O，5'- C-亚甲基连接的核苷衍生物的合成中，通过3-酮基官能团上6-羟基的分子内攻击进行环化，生成C-3-半缩酮呋喃糖11及其随后转化为核苷15的方法非常有效。这是，然而，不可能以分离脱苄基2'-羟基，2'- ö甲基和2'- ö -叔丁基二甲基衍生物16，18和20分别在分析纯的形式。溶液相的构象分析表明该双环核苷8，9，14，15，17和19，以在N型呋喃糖构象和双环核苷酸主要存在27和28采取的S型构象。

  DOI：

  10.1039/a901729a

文献信息

• Xylo-LNA analogues
  申请人：——

  公开号：US20030082807A1

  公开（公告）日：2003-05-01

  Based on the above and on the remarkable properties of the 2 ′-O, 4 ′-C-methylene bridged LNA monomers it was decided to synthesise oligonucleotides comprising one or more 2 ′-O,′-C-methylene-&bgr;-D-xylofuranosyl nucleotide monomer(s) as the first stereoisomer of LNA modified oligonucleotides. Modelling clearly indicated the xylo-LNA monomers to be locked in an N-type furanose conformation. Whereas the parent 2 ′-deoxy-&bgr;-D-xylofuranosyl nucleosides were shown to adopt mainly an N-type furanose conformation, the furanose ring of the 2 ′-deoxy-&bgr;-D-xylofuranosyl monomers present in xylo-DNA were shown by conformational analysis and computer modelling to prefer an S-type conformation thereby minimising steric repulsion between the nucleobase and the 3 ′-O-phopshate group (Seela, F.; Wömer, Rosemeyer, H. Helv. Chem. Acta 1994, 77, 883 ). As no report on the hybridisation properties and binding mode of xylo-configurated oligonucleotides in an RNA context was believed to exist, it was the aim to synthesise 2 ′-O, 4 ′-C-methylene-&bgr;-D-xylofuranosyl nucleotide monomer and to study the thermal stability of oligonucleotides comprising this monomer. The results showed that fully modified or almost fully modified Xylo-LNA is useful for high-affinity targeting of complementary nucleic acids. When taking into consideration the inverted stereochemistry at C- 3 ′ this is a surprising fact. It is likely that Xylo-LNA monomers, in a sequence context of Xylo-DNA monomers, should have an affinity-increasing effect.

  基于上述和2′-O,4′-C-亚甲基桥联的LNA单体的显著特性，决定合成包含一个或多个2′-O,4′-C-亚甲基-&bgr;-D-木糖呋喃核苷单体的寡核苷酸，作为LNA修饰寡核苷酸的第一个立体异构体。建模清楚地表明，木糖-LNA单体被锁定在N-型呋喃糖环构象中。而父代2′-脱氧-&bgr;-D-木糖呋喃核苷被显示主要采用N-型呋喃糖环构象，通过构象分析和计算建模显示，存在于木糖-DNA中的2′-脱氧-&bgr;-D-木糖呋喃单体的呋喃环更倾向于S-型构象，从而最小化核碱基和3′-O-磷酸基团之间的立体排斥（Seela, F.; Wömer, Rosemeyer, H.Helv. Chem. Acta1994, 77, 883）。由于在RNA环境中对木糖构型的寡核苷酸的杂交性能和结合模式没有相关报告，因此旨在合成2′-O,4′-C-亚甲基-&bgr;-D-木糖呋喃核苷单体，并研究包含该单体的寡核苷酸的热稳定性。结果表明，完全修饰或几乎完全修饰的木糖-LNA对于高亲和力靶向互补核酸是有用的。考虑到C-3′的反向立体化学，这是一个令人惊讶的事实。很可能木糖-LNA单体在木糖-DNA单体序列环境中会具有增强亲和力的效果。
• XYLO-LNA ANALOGUES
  申请人：Exiqon A/S

  公开号：EP1161439B1

  公开（公告）日：2010-04-21
• US7084125B2
  申请人：——

  公开号：US7084125B2

  公开（公告）日：2006-08-01
• Synthesis and restricted furanose conformations of three novel bicyclic thymine nucleosides: a xylo-LNA nucleoside, a 3′-O,5′-C-methylene-linked nucleoside, and a 2′-O,5′-C-methylene-linked nucleoside
  作者：Vivek K. Rajwanshi、Ravindra Kumar、Mikael Kofod-Hansen、Jesper Wengel

  DOI：10.1039/a901729a

  日期：——

  The xylo-LNA nucleoside 1-(2-O,4-C-methylene-β-D-xylofuranosyl)thymine (9) and the 2′-O,5′-C-methylene linked nucleoside 1-(2,6-anhydro-β-D-altrofuranosyl)thymine (28) were obtained in overall yields of 13% (8 steps) and 31% (7 steps) starting from furanose derivatives 1 and 21, respectively. In the synthesis of 3′-O,5′-C-methylene-linked nucleoside derivatives, cyclization by intramolecular attack

  所述木糖-LNA核苷1-（2- ø，4- Ç亚甲基- β- d -xylofuranosyl）胸腺嘧啶（9）和2'- Ò，5'- Ç -亚甲基连接起来的核苷1-（2,6-从呋喃糖衍生物1和21分别获得13％（8步）和31％（7步）的总产率的脱水-β - D-呋喃呋喃糖基）胸腺嘧啶（28）。在3' - O，5'- C-亚甲基连接的核苷衍生物的合成中，通过3-酮基官能团上6-羟基的分子内攻击进行环化，生成C-3-半缩酮呋喃糖11及其随后转化为核苷15的方法非常有效。这是，然而，不可能以分离脱苄基2'-羟基，2'- ö甲基和2'- ö -叔丁基二甲基衍生物16，18和20分别在分析纯的形式。溶液相的构象分析表明该双环核苷8，9，14，15，17和19，以在N型呋喃糖构象和双环核苷酸主要存在27和28采取的S型构象。