(1R,3R,4R,7S)-7-acetoxy-1-acetoxymethyl-3-thymin-1-yl-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane | 206055-80-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: (1R,3R,4R,7S)-7-acetoxy-1-acetoxymethyl-3-thymin-1-yl-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane
• 英文别名: [(1R,3R,4R,7S)-7-acetyloxy-3-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptan-1-yl]methyl acetate
• CAS: 206055-80-3
• 化学式: C₁₅H₁₈N₂O₈
• 分子量: 354.317
• InChiKey: NQDPDQURHAZZSX-OICBVUGWSA-N

物化性质

• 密度：
  1.46±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.2
• 重原子数：
  25
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  121
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (1R,3R,4R,7S)-7-acetoxy-1-acetoxymethyl-3-thymin-1-yl-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane 在 N-溴代丁二酰亚胺(NBS) 、 偶氮二异丁腈 、 水 、 sodium hydroxide 作用下， 以 甲醇 、 苯 为溶剂， 反应 15.5h， 生成 (1R,3R,4R,7S)-3-(5-(azidomethyl)uracil-1-yl)-7-hydroxy-1-hydroxymethyl-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane
  参考文献：
  名称：

  含半乳糖修饰的DNA，LNA和2'-氨基-LNA单体的寡核苷酸的合成和生物物理研究

  摘要：

  合成半乳糖修饰的胸苷，LNA-T和2'-氨基-LNA-T核苷，将其转化为相应的亚磷酰胺衍生物，并引入短的寡核苷酸中。与未修饰的对照链相比，一般而言，半乳糖修饰的寡核苷酸，尤其是N2'-官能化的2'-氨基-LNA衍生物，对DNA和RNA补体的双链热稳定性提高，并且能够识别错配。此外，2'-氨基-LNA-T衍生物诱导了显着的3'-核酸外切酶抗性。使用分子模型研究进一步研究了这些结果。

  DOI：

  10.1021/acs.joc.6b01917
• 作为产物：
  描述：

  4-C-(ethanoyloxymethyl)-3,5-di-O-benzyl-1,2-O-isopropylidene-α-D-ribofuranose 在 palladium dihydroxide 4-二甲氨基吡啶 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 氢气 、 sodium methylate 、 sodium hydride 、 溶剂黄146 、 对甲苯磺酰氯 作用下， 以 吡啶 、 甲醇 、 乙醇 为溶剂， 反应 177.17h， 生成 (1R,3R,4R,7S)-7-acetoxy-1-acetoxymethyl-3-thymin-1-yl-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane
  参考文献：
  名称：

  LNA（锁定核酸）：腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤，5-甲基胞嘧啶，胸腺嘧啶和尿嘧啶双环核苷单体的合成，寡聚化和前所未有的核酸识别

  摘要：

  由2'- O，4'- C-亚甲基双环核苷单体组成的LNA（锁定核酸）被有效合成，并评估了其对六种不同核碱基（腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤，5-甲基胞嘧啶，胸腺嘧啶）的核酸识别潜力和尿嘧啶。当评估部分或完全修饰的LNA的混合序列时，双链体对DNA和RNA的热稳定性出现了前所未有的提高（每个修饰+3至+8°C）。错配序列的研究表明，与相应的未修饰参考链相比，LNA遵循具有普遍提高的选择性的Watson-Crick碱基配对规则。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(98)00094-5

文献信息

• Hybridization and Mismatch Discrimination Abilities of 2′,4′-Bridged Nucleic Acids Bearing 2-Thiothymine or 2-Selenothymine Nucleobase
  作者：Takaki Habuchi、Takao Yamaguchi、Hiroshi Aoyama、Masahiko Horiba、Kosuke Ramon Ito、Satoshi Obika

  DOI：10.1021/acs.joc.8b02863

  日期：2019.2.1

  Oligonucleotides modified with 2'-O,4'-C-spirocyclopropylene-bridged nucleic acid (scpBNA) exhibit excellent duplex-forming ability with their complementary single-stranded RNA (ssRNA). Here, we demonstrate that scpBNA bearing a 2-thiothymine (scpBNA-(ST)-T-2) or 2-selenothymine (scpBNA-(SeT)-T-2) nucleobase provides robust mismatch discrimination capabilities to oligonucleotides without compromising their high binding affinities toward the full complementary ssRNA. X-ray crystallographic analysis of a self-assembling oligonucleotide featuring 2',4'-BNA/LNA-2-thiothymine (2',4'-BNA/LNA-(ST)-T-2, where 2',4'-BNA and LNA stand for "2'-O,4'-C-methylene-bridged nucleic acid" and "locked nucleic acid", respectively), a prototype of scpBNA-(ST)-T-2, revealed that the 2-thiocarbonyl moiety plays a crucial role in the destabilization of thymine-guanine mismatched wobble base pairs.
• [EN] BASE MODIFIED BICYCLIC NUCLEOSIDES AND OLIGOMERIC COMPOUNDS PREPARED THEREFROM<br/>[FR] NUCLÉOSIDES BICYCLIQUES À BASE MODIFIÉE ET COMPOSÉS OLIGOMÈRES PRÉPARÉS À PARTIR DE CEUX-CI
  申请人：ISIS PHARMACEUTICALS INC

  公开号：WO2011085102A1

  公开（公告）日：2011-07-14

  Provided herein are novel base modified bicyclic nucleosides, oligomeric compounds prepared therefrom and methods of using the oligomeric compounds. More particularly, novel pyrimidine bicyclic nucleosides are provided wherein each pyrimidine base is substituted at the 5 position with an optionally substituted, aromatic or heteroaromatic ring system comprising from 5 to 7 ring atoms selected from C, N, O and S. In certain embodiments, the oligomeric compounds provided herein hybridize to a portion of a target RNA resulting in loss of normal function of the target RNA.