3'-azido-3'-deoxy-5'-O-(t-butyldimethylsilyl)-thymidine | 120624-97-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 3'-azido-3'-deoxy-5'-O-(t-butyldimethylsilyl)-thymidine
• 英文别名: 1-((2R,4S,5S)-4-azido-5-(((tert-butyldimethylsilyl)oxy)methyl)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione；1-[(2R,4S,5S)-4-azido-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 120624-97-7
• 化学式: C₁₆H₂₇N₅O₄Si
• 分子量: 381.507
• InChiKey: CXIAWCOBGBHOCC-YNEHKIRRSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.83
• 重原子数：
  26
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.75
• 拓扑面积：
  82.2
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-azido-3'-deoxy-5'-O-(t-butyldimethylsilyl)-thymidine 在 palladium 10% on activated carbon 、 四丁基氟化铵 、 氢气 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 为溶剂， 20.0 ℃ 、101.33 kPa 条件下， 生成 3'-氨基-2',3'-双脱氧胸苷
  参考文献：
  名称：

  5'-甲硅烷基化的3'-1,2,3-三唑基胸苷类似物作为西尼罗河病毒和登革热病毒的抑制剂

  摘要：

  西尼罗河病毒（WNV）和登革热病毒（DENV）是重要的人类病原体，目前尚无针对其的疫苗或特异性抗病毒药。我们在本文中报道了从3'-叠氮胸苷（AZT）衍生的5'-甲硅烷基化核苷支架，在低微摩尔浓度下一致且选择性地抑制WNV和DENV。各种三唑生物甾体的进一步合成显示出清晰的结构-活性关系（SAR），其中对WNV和DENV的抗病毒活性主要取决于5'-甲硅烷基和3'-三唑或其生物甾体的取代基。5'甲硅烷基特别有趣，它可开启针对WNV和DENV的抗病毒活性，同时废除先前报道的针对人类免疫缺陷病毒（HIV-1）的抗病毒效力。通过噬菌斑测定法确认了抗病毒活性，该噬菌斑测定法在选择的化合物存在下观察到病毒滴度降低。分子建模与竞争S-腺苷-1-甲硫氨酸（SAM）结合试验表明，这些化合物可能通过与甲基转移酶（MTase）结合而赋予抗病毒活性。

  DOI：

  10.1021/acs.jmedchem.5b00327
• 作为产物：
  描述：

  beta-胸苷 在 4-二甲氨基吡啶 、 叠氮化锂 、 偶氮二甲酸二异丙酯 、 三乙胺 、 三苯基膦 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 51.0h， 生成 3'-azido-3'-deoxy-5'-O-(t-butyldimethylsilyl)-thymidine
  参考文献：
  名称：

  N3'-> P5'寡脱氧核糖核苷酸磷酸氨基甲酸酯：一种基于亚磷酰胺胺交换反应的新合成方法。

  摘要：

  展示了一种合成N3'-> P5'氨基磷酸亚氨基寡脱氧核苷酸的新方法。本文描述了亚磷酰胺交换反应中所用单体的合成以及与这种新的链组装方式有关的实验细节。亚磷酰胺交换法在每个循环中产生的偶联收率在92-95％的范围内，并且无需进行仪器修饰即可合成嵌合的氨基磷酸酯/磷酸二酯或氨基磷酸酯/硫代磷酸酯寡核苷酸。

  DOI：

  10.1021/jo970801t

文献信息

• Nucleophile-Catalyzed Additions to Activated Triple Bonds. Protection of Lactams, Imides, and Nucleosides with MocVinyl and Related Groups
  作者：Laura Mola、Joan Font、Lluís Bosch、Joaquim Caner、Anna M. Costa、Gorka Etxebarría-Jardí、Oriol Pineda、David de Vicente、Jaume Vilarrasa

  DOI：10.1021/jo4006409

  日期：2013.6.21

  Additions of lactams, imides, (S)-4-benzyl-1,3-oxazolidin-2-one, 2-pyridone, pyrimidine-2,4-diones (AZT derivatives), or inosines to the electron-deficient triple bonds of methyl propynoate, tert-butyl propynoate, 3-butyn-2-one, N-propynoylmorpholine, or N-methoxy-N-methylpropynamide in the presence of many potential catalysts were examined. DABCO and, second, DMAP appeared to be the best (highest

  将内酰胺，酰亚胺，（S）-4-苄基-1,3-恶唑烷-2-酮，2-吡啶酮，嘧啶-2,4-二酮（AZT衍生物）或肌苷添加到在许多潜在催化剂的存在下，检查了丙酸甲酯，丙酸叔丁酯，3-丁炔-2-酮，N-丙酰基吗啉或N-甲氧基-N-甲基丙炔酰胺。DABCO和其次是DMAP似乎是最好的（最高的反应速率和E / Z比），而RuCl 3，RuClCp *（PPh 3）2，AuCl，AuCl（PPh 3），CuI和Cu 2（OTf）2个不能催化这种添加。并入的基团（例如，我们称为MocVinyl的2-（甲氧基羰基）乙烯基）用作上述杂环CONH或CONHCO部分的保护基。脱保护是通过与良好的亲核试剂进行交换来实现的：1-十二烷硫醇根阴离子被证明是最通用，最有效的试剂，但在某些特定情况下，其他亲核试剂也起作用（例如，MocVinyl-肌苷可被琥珀酰亚胺阴离子裂解）。DFT和MP2计算帮助解决了一些结构和机械细节。
• Hybrids of macrolides and nucleobases or nucleosides
  作者：Anna M Costa、Jaume Vilarrasa

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)00417-2

  日期：2000.4

  examples of hybrids/conjugates/chimeras of erythromycin A derivatives and nucleobases (uracil and thymine) or thymidine-derived nucleosides are reported. Linkers and reaction conditions have been investigated to avoid the degradation of the macrolide moiety (glycoside hydrolysis, ring cleavage, dehydration, etc.).

  报道了红霉素A衍生物和核碱基（尿嘧啶和胸腺嘧啶）或胸苷衍生的核苷的杂合体/结合物/嵌合体的一些实例。已经研究了接头和反应条件，以避免大环内酯部分的降解（糖苷水解，环裂解，脱水等）。
• Selective Inhibition of DNA Polymerase β by a Covalent Inhibitor
  作者：Shelby C. Yuhas、Daniel J. Laverty、Huijin Lee、Ananya Majumdar、Marc M. Greenberg

  DOI：10.1021/jacs.1c02453

  日期：2021.6.2

  has been closely linked to cancer. Selective inhibitors of this enzyme are lacking. Inspired by DNA lesions produced by antitumor agents that inactivate Pol β, we have undertaken the development of covalent small-molecule inhibitors of this enzyme. Using a two-stage process involving chemically synthesized libraries, we identified a potent irreversible inhibitor (14) of Pol β (KI = 1.8 ± 0.45 μM, kinact

  DNA 聚合酶 β (Pol β) 在 DNA 修复中起着至关重要的作用，并且与癌症密切相关。缺乏这种酶的选择性抑制剂。受使 Pol β 失活的抗肿瘤剂产生的 DNA 损伤的启发，我们着手开发这种酶的共价小分子抑制剂。使用涉及化学合成文库的两阶段过程，我们确定了Pol β的有效不可逆抑制剂 ( 14 ) ( K I = 1.8 ± 0.45 μM, k inact = (7.0 ± 1.0) × 10 –3 s –1 )。抑制剂14比其他 DNA 聚合酶选择性地灭活 Pol β。用14处理的 Pol β 胰蛋白酶消化物的 LC-MS/MS 分析鉴定了聚合酶结合位点内共价修饰的两个赖氨酸，其中一个先前被确定在DNA结合中起作用。荧光各向异性实验表明，用14预处理 Pol β可防止 DNA 结合。在野生型小鼠胚胎成纤维细胞 (MEF) 中使用前抑制剂 ( pro - 14 ) 的实验表明，抑制剂
• Synthesis of Diaziridines and Diazirines via Resin-Bound Sulfonyl Oximes
  作者：Irina Protasova、Bekir Bulat、Nicole Jung、Stefan Bräse

  DOI：10.1021/acs.orglett.6b03252

  日期：2017.1.6

  Diazirines are one of the most prominent functionalities in labeling experiments in vivo and in vitro because they allow photochemical generation of carbenes. The strategy presented herein describes the formation of diaziridines, being essential precursors in diazirine syntheses, using solid-supported procedures with immobilized sulfonyl oximes. The solid-supported building blocks have been shown to

  重氮是体内和体外标记实验中最突出的功能之一，因为它们允许光化学生成碳烯。本文提出的策略描述了使用固相支持的方法与固定的磺酰肟，形成重氮丙啶的方法，该重氮是重氮嗪合成中必不可少的前体。固体支撑的结构单元已被证明是CuAAC和酰胺化反应的有价值的中间体，为构建具有多种功能的复杂化合物提供了可能。
• Synthesis and Self-Assembly of Bolaamphiphiles Based on<i>β</i>-Amino Acids or an Alcohol
  作者：Prathama S. Mainkar、Chirumarry Sridhar、Ambadi Sudhakar、Srivari Chandrasekhar

  DOI：10.1002/hlca.201200060

  日期：2013.1

  The synthesis of bolaamphiphiles from unusual β‐amino acids or an alcohol and C12 or C20 spacers is described. Unusual β‐amino acids such as a sugar amino acid, an AZT‐derived amino acid, a norbornene amino acid, and an AZT‐derived amino alcohol were coupled with spacers under standard conditions to get the novel bolaamphiphiles 5–8 (Scheme 1), 12 and 13 (Scheme 2), and 17 and 20 (Scheme 3). Some of

  描述了由不常见的β-氨基酸或醇与C 12或C 20间隔基合成硼两亲分子的方法。不寻常的β-氨基酸，例如糖氨基酸，AZT衍生的氨基酸，氨基酸降冰片烯，和AZT衍生的氨基醇偶联在标准条件下垫片，以获得新颖bolaamphiphiles 5 - 8（方案1） ，12和13（方案2）以及17和20（方案3）。这些化合物中的一些，从MeOH / H 2沉淀时O，自组装成有组织的分子结构。