3',5'-O-(tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2'-deoxyguanosine | 88183-82-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: 3',5'-O-(tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2'-deoxyguanosine
• 英文别名: 3',5'-O-[Tetrakis(1-methylethyl)-1,3-disiloxanediyl]guanosine；9-[(6aR,8R,9aS)-2,2,4,4-tetra(propan-2-yl)-6a,8,9,9a-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-8-yl]-2-amino-1H-purin-6-one
• CAS: 88183-82-8
• 化学式: C₂₂H₃₉N₅O₅Si₂
• 分子量: 509.753
• InChiKey: UVTZNLVSKDGHBT-RCCFBDPRSA-N

物化性质

• 溶解度：
  甲醇

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.95
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.77
• 拓扑面积：
  122
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3',5'-O-(tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2'-deoxyguanosine 在 偶氮二甲酸二异丙酯 、 三苯基膦 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 吡啶 为溶剂， 反应 5.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  核苷酸。第五部分。固相合成修饰寡核苷酸的新型接头的合成与应用†

  摘要：

  研究了各种双官能氨基保护基团，例如邻苯二甲酰基，琥珀酰基和戊二酰基作为潜在的连接分子，用于连接到固相支持物上。戊烷1,3,5-三羧酸1,3-酐（16）具有最佳性能，并与不同糖保护的腺苷（参见20和22），胞苷（参见29）和鸟苷衍生物的氨基反应（见32），以相应的2-（2-羧乙基）戊二衍生物23，24，30，和33。潜在的抗病毒活性3'-脱氧腺苷基-（2'-5'）-2'-腺苷酸2'-{2-[（腺嘌呤- -9-基）甲氧基]乙基}酯（38）从所述2'-端开始ñ 6，ñ 6 - [2-（2-羧乙基）戊二酰] -9 - {{2 - [（4,4'-二甲氧基三苯甲基）乙氧基]甲基}腺嘌呤（12）。

  DOI：

  10.1002/hlca.19980810106
• 作为产物：
  描述：

  2'-O-(1-imidazolyl)thiocarbonyl-3',5'-O-(tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)guanosine 在 偶氮二异丁腈 、 三正丁基氢锡 作用下， 以 甲苯 为溶剂， 反应 3.0h， 以66%的产率得到3',5'-O-(tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2'-deoxyguanosine
  参考文献：
  名称：

  Fukukawa, Kiyofumi; Ueda, Tohru; Hirano, Takao, Chemical and pharmaceutical bulletin, 1983, vol. 31, # 6, p. 1842 - 1847

  摘要：

  DOI：

文献信息

• SENSITIVE OLIGONUCLEOTIDE SYNTHESIS USING SULFUR-BASED FUNCTIONS AS PROTECTING GROUPS AND LINKERS
  申请人：Fang Shiyue

  公开号：US20210032281A1

  公开（公告）日：2021-02-04

  Embodiments for the synthesis of sensitive oligonucleotides as well as insensitive oligonucleotides are provided. Sulfur-based groups are used for the protection of exo-amino groups of nucleobases, phosphate groups and 2′-OH groups, and as cleavable linker for linking oligonucleotides to a support. Oligonucleotide syntheses are achieved under typical conditions using phosphoramidite chemistry with important modifications. To prevent replacing sulfur-based protecting groups by acyl groups via cap-exchange, special capping agents are used. To retain hydrophobic tag to assist RP HPLC purification, special phosphoramidites are used in the last synthetic cycle. With the sulfur-based groups for protection and linking, oligonucleotide deprotection and cleavage are achieved via oxidation followed by beta-elimination under mild conditions. Therefore, besides for insensitive oligonucleotide synthesis, the embodiments of the invention are capable for the synthesis of oligonucleotide analogs containing sensitive functional groups that cannot survive the harsh conditions used in prior art oligonucleotide synthesis technologies.

  本发明提供了用于合成敏感寡核苷酸和不敏感寡核苷酸的实施方案。使用基于硫的基团来保护核苷酸碱基的exo-氨基团、磷酸基团和2′-OH基团，并且作为可裂解的连接剂将寡核苷酸连接到支持物上。寡核苷酸的合成是在典型条件下使用磷酰亚胺化学进行的，并进行了重要的修改。为了防止通过帽交换将基于硫的保护基团替换为酰基，使用了特殊的封端剂。为了保留亲脂性标签以协助反相高效液相色谱（RP HPLC）纯化，在最后的合成周期中使用了特殊的磷酰亚胺。使用基于硫的基团进行保护和连接，寡核苷酸的脱保护和裂解是通过氧化随后在温和条件下进行beta-消除实现的。因此，除了用于不敏感寡核苷酸的合成外，本发明的实施方案还能够合成包含在先前的寡核苷酸合成技术中使用的严酷条件下无法存活的敏感功能团的寡核苷酸类似物。
• Electrophilic oligodeoxynucleotide synthesis using dM-Dmoc for amino protection
  作者：Shahien Shahsavari、Dhananjani N A M Eriyagama、Bhaskar Halami、Vagarshak Begoyan、Marina Tanasova、Jinsen Chen、Shiyue Fang

  DOI：10.3762/bjoc.15.108

  日期：——

  Solid-phase synthesis of electrophilic oligodeoxynucleotides (ODNs) was achieved using dimethyl-Dmoc (dM-Dmoc) as amino protecting group. Due to the high steric hindrance of the 2-(propan-2-ylidene)-1,3-dithiane side product from deprotection, the use of excess nucleophilic scavengers such as aniline to prevent Michael addition of the side product to the deprotected ODN during ODN cleavage and deprotection

  使用二甲基-Dmoc（dM-Dmoc）作为氨基保护基，实现了亲电性寡聚脱氧核苷酸（ODN）的固相合成。由于2-（丙烷-2-亚烷基）-1,3-二硫杂环丁烷副产物脱保护的高度位阻，因此在使用期间使用过量的亲核清除剂（例如苯胺）可防止将副产物迈克尔加成到脱保护的ODN中不再需要ODN裂解和脱保护。五个ODN（包括三个修饰的ODN）的合成和表征证明了改进的技术。改性的ODN含有亲电子基团乙酯，α-氯酰胺和硫代酯。使用该技术，可以将敏感组安装在ODN序列内的任何位置，而无需使用任何特定于序列或功能的条件和程序。
• Reactivity of Nucleosides with a Hydroxyl Radical in Non-aqueous Medium
  作者：Gemma M. Rodríguez-Muñiz、M. Luisa Marin、Virginie Lhiaubet-Vallet、Miguel A. Miranda

  DOI：10.1002/chem.201201090

  日期：2012.6.25

  DNA damage: The reactivity of HO. with silylated 2′‐deoxyribonucleosides was investigated in acetonitrile by means of a time‐resolved technique. The obtained rate constants were in general slightly lower than those reported for the natural nucleosides in water. Analysis of the reaction mixture by UPLC‐MS revealed that HO. attack occurred at the nucleobase (see scheme).

  DNA损伤：HO的反应性。通过时间分辨技术研究了乙腈中甲硅烷基化的2'-脱氧核糖核苷的含量。所获得的速率常数通常略低于在水中报道的天然核苷的速率常数。通过UPLC-MS分析反应混合物，发现HO 。攻击发生在核碱基上（见方案）。
• Synthesis of Oligodeoxynucleotides Containing Electrophilic Groups
  作者：Xi Lin、Jinsen Chen、Shahien Shahsavari、Nathanael Green、Deepti Goyal、Shiyue Fang

  DOI：10.1021/acs.orglett.6b01878

  日期：2016.8.5

  l (Dmoc) as a protecting group and linker for oligodeoxynucleotide (ODN) synthesis, deprotection and cleavage are achieved under non-nucleophilic oxidative conditions. The nucleophile-sensitive thioester and α-chloroacetyl groups are conveniently incorporated into ODN sequences. The technology could be universally useful for electrophilic ODN synthesis.

  通过使用1,3-二噻二-2-基-甲氧基羰基（Dmoc）作为保护基和寡聚脱氧核苷酸（ODN）合成的连接基，可以在非亲核氧化条件下实现脱保护和裂解。亲核试剂敏感的硫酯和α-氯乙酰基可方便地并入ODN序列中。该技术对于亲电子ODN合成可能是普遍有用的。
• Low-Temperature Photosensitized Oxidation of a Guanosine Derivative and Formation of an Imidazole Ring-Opened Product
  作者：Chimin Sheu、Ping Kang、Saeed Khan、Christopher S. Foote

  DOI：10.1021/ja011696e

  日期：2002.4.1

  photooxidation and was shown to be intermediate in the formation of two products of extensive degradation, C and D. Reaction of 1 with the singlet oxygen analogues 4-methyl-1,2,4-triazoline-3,5-dione (MTAD) and 4-phenyl-1,2,4-triazoline-3,5-dione (PTAD) gave products consistent with a proposed mechanism involving the rearrangement of an initially formed endoperoxide to give A and B from reaction of 1 with singlet

  制备了有机可溶性鸟苷衍生物 2',3',5'-O-（叔丁基二甲基甲硅烷基）鸟苷 (1)，并在多种溶剂中在不同温度下对其进行了光敏氧化。单线态氧是负责该反应的活性氧化剂。即使在 -78 摄氏度，低温 NMR 也未检测到内过氧化物和二氧杂环丁烷中间体。具有氧化咪唑环的产物 (A) 是室温下唯一检测到的主要产物；该化合物可以通过低温柱色谱分离，并通过（1）H和（13）C和质谱进行表征。CO(2) 是另一个主要产品。少量相应的8-oxo-7，