3-(2'-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-pyrimido-[1,2-a]purin-10(3H)-one | 87171-83-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 核苷和核苷酸类似物
• 英文名称: 3-(2'-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-pyrimido-[1,2-a]purin-10(3H)-one
• 英文别名: 3-(2'-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)pyrimido<1,2-a>purin-10(3H)-one；3-(2'-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)pyrimido[1,2-α]purin-10(3H)-one；3-(2'-Deoxyribofuranosyl)pyrimido(1,2-a)purin-10(3H)-one；3-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimido[1,2-a]purin-10-one
• CAS: 87171-83-3
• 化学式: C₁₃H₁₃N₅O₄
• 分子量: 303.277
• InChiKey: QZDHOBJINVXQCJ-DJLDLDEBSA-N

物化性质

• 熔点：
  >165°C )dec.)
• 溶解度：
  DMSO（微溶）、甲醇（微溶、加热）、水（微溶、加热、超声处理）

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.3
• 重原子数：
  22
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  113
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3-(2'-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-pyrimido-[1,2-a]purin-10(3H)-one 在 sodium tetrahydroborate 作用下， 生成 3-((2R,4S,5R)-4-Hydroxy-5-hydroxymethyl-tetrahydro-furan-2-yl)-5,6-dihydro-3H-1,3,4,5,8a-pentaaza-cyclopenta[b]naphthalen-9-one
  参考文献：
  名称：

  Measurement of the malondialdehyde–2′-deoxyguanosine adduct in human urine by immuno-extraction and liquid chromatography/atmospheric pressure chemical ionization tandem mass spectrometry

  摘要：

  在非吸烟健康人群的尿液中测出了丙二醛与鸟嘌呤的主要加合物M1G。M1G是一种DNA诱变损伤，也是体内脂质过氧化的最终产物，可能与生活方式和饮食相关的癌症有关。根据最近开发的一种方法，即使用免疫萃取纯化、化学NaBH4还原和液相色谱结合大气压化学电离串联质谱法来量化作为排泄脱氧核苷的M1G，我们证明了M1G-dR的平均24小时排泄率约为12±3.8 fmol kg-1（n=5）。版权所有©2004约翰·威利父子有限公司。

  DOI：

  10.1002/jms.547
• 作为产物：
  描述：

  鸟嘌呤 在 2-吗啉乙磺酸 、 trans-N-deoxyribosylase 作用下， 以 盐酸 、 水 为溶剂， 反应 2.5h， 生成 3-(2'-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-pyrimido-[1,2-a]purin-10(3H)-one
  参考文献：
  名称：

  醛反应探针标记和液相色谱串联质谱法分析DNA中的M1G-dR。

  摘要：

  开发了一种测定嘧啶并[1,2-a]嘌呤-10（3H）one（M1G）的新方法。由于该病灶存在于闭环形式和开环醛形式之间的平衡中，因此混淆了分析M1G的先前方法。醛形式的检测灵敏度差可能是由于加合物在与胺或蛋白质的反应过程中分析过程中加合物的损失。我们利用醛反应探针（ARP）产生稳定的ARP-M1G-脱氧核糖（ARP-M1G-dR）共轭物，以最大程度地减少加合物损失。通过使用固相萃取，该结合物增加了疏水性，从而增强了ARP-M1G-dR从未修饰的DNA核苷中的分离。此外，通过[ARP-M1G-dR + H] +（635）的选择性反应监测（SRM）测量ARP-M1G-dR-> [M1G + H] +（188）跃迁相对于SRM对M1G-dR的测量将检测灵敏度提高了近一个数量级。为了进行准确的测量，使用了分析标准品（AS）DNA和内标（IS）DNA。从已在含有（15NH4）2SO4的最低盐培养基中

  DOI：

  10.1021/tx049853l

文献信息

• Reaction of Malonaldehyde with Nucleic Acid. I. Formation of Fluorescent Pyrimido[1,2-<i>a</i>]purin-10(3<i>H</i>)-one Nucleosides
  作者：Hiroshi Seto、Taisuke Okuda、Tomoyuki Takesue、Tadashi Ikemura

  DOI：10.1246/bcsj.56.1799

  日期：1983.6

  The reaction of malonaldehyde under acidic conditions (pH 4.5) with guanosine 5′-monophosphate resulted in the formation of fluorescent 3-(β-D-ribofuranosyl)pyrimido[1,2-a]purin-10(3H)-one 5′-phosphate (3a). This adduct was also isolated from malonaldehyde-reacted RNA. The amount of 3a in the modified RNA was estimated to be 0.4 per cent by weight. The fluorescence spectrum of 3a (Ex max. 360 nm, Em

  丙二醛在酸性条件 (pH 4.5) 下与鸟苷 5'-单磷酸反应形成荧光 3-(β-D-呋喃核糖基)嘧啶基 [1,2-a]purin-10(3H)-one 5' -磷酸盐 (3a)。该加合物也从丙二醛反应的 RNA 中分离出来。经修饰的 RNA 中 3a 的含量估计为 0.4%（按重量计）。3a 的荧光光谱（Ex max. 360 nm，Em max. 500 nm）与具有相同类型基础结构的鸟嘌呤-和鸟苷-丙二醛加合物的荧光光谱相似。另一方面，在丙二醛与核酸聚合物的反应中也形成了另一种类型的荧光团（Ex max. 390 nm，Em max. 460 nm）。因此，至少两种不同类型的荧光团存在于丙二醛反应的核酸中。
• “One-Pot” Syntheses of Malondialdehyde Adducts of Nucleosides
  作者：Jozsef Szekely、Hao Wang、Katherine M. Peplowski、Charles G. Knutson、Lawrence J. Marnett、Carmelo J. Rizzo

  DOI：10.1080/15257770701795797

  日期：2008.1.18

  Short, "one-pot" syntheses of malondialdehyde adducts of deoxyguanosine, deoxyadenosine, and deoxycytidine are described. These syntheses proceed in improved yield and easier purification than previous syntheses and are well suited for the preparation of isotopically labeled nucleoside adducts for biomarker and metabolic studies.

  描述了脱氧鸟苷、脱氧腺苷和脱氧胞苷的丙二醛加合物的简短“一锅”合成。与以前的合成相比，这些合成以更高的产量和更容易的纯化进行，并且非常适合用于生物标志物和代谢研究的同位素标记核苷加合物的制备。
• Addition of Deoxyribose to Guanine and Modified DNA Bases by <i>Lactobacillus helveticus</i> <i>trans</i>-<i>N</i>-Deoxyribosylase
  作者：Michael Müller、Linda K. Hutchinson、F. Peter Guengerich

  DOI：10.1021/tx9600661

  日期：1996.1.1

  trans-N-deoxyribosylase was evaluated as an alternative method for deoxyribosylation in the synthesis of deoxyribonucleosides containing potentially mutagenic adducts. A crude enzyme preparation was isolated from Lactobacillus helveticus and compared to Escherichia coli purine nucleoside phosphorylase. trans-N-deoxyribosylase was more regioselective than purine nucleoside phosphorylase in the deoxyribosylation of

  细菌反式-N-脱氧核糖基化酶的使用已被评估为合成含潜在诱变加合物的脱氧核糖核苷的一种替代方法。从瑞士乳杆菌中分离出粗制酶制剂，并将其与大肠杆菌嘌呤核苷磷酸化酶进行比较。如产物的NMR分析所示，与N7相比，在N9原子处的Gua的脱氧核糖基化中，反式N-脱氧核糖基化酶比嘌呤核苷磷酸化酶具有更高的区域选择性。5,6,7,9-四氢-7-乙酰氧基-9-氧代咪唑并[1,2-a]嘌呤可被反式-N-脱氧核糖基化酶有效地脱氧核糖基化，而根本不被嘌呤核苷磷酸化酶完全脱氧。反式-N-脱氧核糖基化酶的其他底物是N2-（2-氧乙基）Gua，嘧啶并[1,2-a]嘌呤-10（3H）-one，1，N2-ε-Gua，N2,3-ε-Gua ，3，N4-ε-Cyt，1，N6-ε-Ade，C8-甲基瓜瓜和C8-氨基瓜瓜，其中大多数以良好的收率得到了所需的异构体（与瓜9中的N9对应的氮键）。N7-烷基嘌呤和C8-（芳基氨基）取代的
• Synthesis of Oligonucleotides Containing the Alkali-Labile Pyrimidopurinone Adduct, M₁G
  作者：Nathalie C. Schnetz-Boutaud、Hui Mao、Michael P. Stone、Lawrence J. Marnett

  DOI：10.1021/tx990141i

  日期：2000.2.1

  An improved method for the synthesis of oligodeoxyribonucleotides containing the endogenous adduct, pyrimido[1,2-a]purin-10(3H)-one (M(1)G), is reported. The key features of the methodology include improved synthesis of the deoxynucleoside of M(1)G by transribosylation with deoxycytidine catalyzed by nucleoside 2'-deoxyribosyltransferase and the use of commercially available 4-tert-butylphenoxyacetyl

  报道了一种改进的合成方法，该方法合成了含有内源性加合物嘧啶并[1,2-a]嘌呤-10（3H）-一（M（1）G）的寡脱氧核糖核苷酸。该方法学的关键特征包括通过核苷2'-脱氧核糖基转移酶催化的脱氧胞苷的反式核糖基转移反应来改进M（1）G脱氧核苷的合成，以及对正常核苷酸使用市售的4-叔丁基苯氧基乙酰基保护基。通过用碳酸钾的甲醇溶液处理，可以轻松地脱保护并从固相支持物中除去含M（1）G的低聚物。进行NMR研究以确定寡核苷酸在不同pH下的稳定性。
• Chemical Properties of Oxopropenyl Adducts of Purine and Pyrimidine Nucleosides and Their Reactivity toward Amino Acid Cross-Link Formation
  作者：Joseph Szekely、Carmelo J. Rizzo、Lawrence J. Marnett

  DOI：10.1021/ja074506u

  日期：2008.2.1

  of 8.2. Cross-linking of 2, 4, 5, and 6 to N(alpha)-acetyl-lysine was explored at neutral pH. Adduct 2 did not react with N(alpha)-acetyl-lysine, whereas 4-6 readily formed cross-links. The structures of the cross-links were elucidated, and their stabilities were investigated. The results define the acidity of oxopropenyl deoxynucleosides and highlight its importance to their reactivity toward nucleophiles

  N2-氧代丙烯基脱氧鸟苷 (2) 通过用碱基丙烯醛或丙二醛修饰 dG 残基在双链 DNA 中形成。根据其闭环对嘧啶嘌呤酮衍生物 1 的 pH 依赖性，估计 2 的 pKa 为 6.9。 2 的酸度可能是其错误编码特性及其与 DNA 或蛋白质中的亲核试剂反应性的重要决定因素。为了检验这一假设，合成了 dA (4)、dC (5) 和 N1-甲基-dG (6) 的类似 N-氧代丙烯基衍生物，并通过光学滴定确定了它们的 pKa。dA 和 dC 的 N-氧代丙烯基衍生物均显示出 10.5 的 pKa，而 N1-甲基 dG 的 N-氧代丙烯基衍生物的 pKa 为 8.2。在中性 pH 值下探索了 2、4、5 和 6 与 N(α)-乙酰-赖氨酸的交联。加合物 2 不与 N(α)-乙酰-赖氨酸反应，而4-6容易形成交联。阐明了交联的结构，并研究了它们的稳定性。结果定义了氧代丙烯基脱氧核苷的酸度，并强调了其