5'-azido-5'-deoxy-2',3'-O-isopropylideneuridine | 15083-05-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 5'-azido-5'-deoxy-2',3'-O-isopropylideneuridine
• 英文别名: 5′-azido-5′-deoxy-2′,3′-O-isopropylidene uridine；1-((3aR,4R,6R,6aR)-6-(azidomethyl)-2,2-dimethyltetrahydrofuro[3,4-d] [1,3]dioxol-4-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione；1-[(3aR,4R,6R,6aR)-6-(azidomethyl)-2,2-dimethyl-tetrahydro-2H-furo[3,4-d][1,3]dioxol-4-yl]-1,2,3,4-tetrahydropyrimidine-2,4-dione；1-[(3aR,4R,6R,6aR)-6-(azidomethyl)-2,2-dimethyl-3a,4,6,6a-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-4-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 15083-05-3
• 化学式: C₁₂H₁₅N₅O₅
• 分子量: 309.282
• InChiKey: FAHBDKLSCXOPMJ-PEBGCTIMSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.3
• 重原子数：
  22
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  91.5
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-azido-5'-deoxy-2',3'-O-isopropylideneuridine 在 Rh on carbon 氢气 、 氢气 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 (2E,4E)-N-[[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-二羰基六氢嘧啶-1-基)-3,4-二羟基-四氢呋喃-2-基]甲基]-5-[(1S)-2-[(1R)-2-[(1R)-2-[(1R,2S)-2-[(E)-2-[(1R,2R)-2-甲基环丙基]乙烯基]环丙基]环丙基]环丙基]环丙基]戊-2,4-二烯酰胺
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of the Polycyclopropane Antibiotic FR-900848 via the Horeau Gambit

  摘要：

  DOI：

  10.1021/ja961093g
• 作为产物：
  描述：

  尿嘧啶核苷 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 sodium azide 、 硫酸 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 5'-azido-5'-deoxy-2',3'-O-isopropylideneuridine
  参考文献：
  名称：

  部署荧光核苷类似物用于高通量抑制剂筛选。

  摘要：

  药物发现过程中的高通量小分子筛选通常依赖于基于荧光的方法，包括荧光偏振和荧光/福斯特共振能量转移。这些技术使用高度可访问的仪器。然而，它们可能遭受高假阴性率和背景信号的困扰，或者可能涉及引入荧光团对的复杂方案。本文中，我们介绍了荧光核苷类似物的合成和应用，作为竞争性结合分析的定向方法的基础。通用方法描述了选择性荧光环境敏感（ES）核苷类似物，其适用于作用于基于核苷的底物的多种酶。我们展示了筛选一套尿苷类似物，并开发了一种基于片段的铅发现方法，该方法与TcdB糖基转移酶（GT）（一种与艰难梭菌中的毒力相关的酶）有关。用于高通量筛选的基于尿苷的探针与TcdB GT的KD值为7.2μm，结合后荧光强度增加> 30倍。基于ES的探针测定法是针对其他两种筛选方法的基准。

  DOI：

  10.1002/cbic.201900671

文献信息

• Parallel Solution-Phase Synthesis and General Biological Activity of a Uridine Antibiotic Analog Library
  作者：Omar Moukha-chafiq、Robert C. Reynolds

  DOI：10.1021/co4001452

  日期：2014.5.12

  coupling of the amino terminus of d-phenylalanine methyl ester to the free 5′-carboxylic acid moiety of 33 followed by sodium hydroxide treatment led to carboxylic acid analog 77. Hydrolysis of this material gave analog 78. The intermediate 77 served as the precursor for the preparation of novel dipeptidyl uridine analogs 79–99 through peptide coupling reactions to diverse amine reactants. None of the described

  在 NIH 路线图计划的中试规模库 (PSL) 计划下，以溶液相方式从胺2和羧酸33和77合成了一个包含 94 种尿苷抗生素类似物的小型库。多样醛，磺酰氯，和羧酸反应物套缩合，2，酸介导的水解导致后，向目标化合物3 - 32以良好的收率和高的纯度。同样，用不同的胺和磺胺处理33得到34 – 75。d氨基末端的偶联-苯丙氨酸甲酯到33的游离 5'-羧酸部分，然后用氢氧化钠处理产生羧酸类似物77。该材料的水解得到类似物78。中间77担任该前体为二肽基新颖尿苷类似物的制备79 - 99通过肽偶联到不同的胺反应剂反应。所描述的化合物均未显示出显着的抗癌或抗疟活性。通过 NIH MLPCN 计划提供和报告的初级筛选中的酶和受体，许多样品表现出各种有希望的抑制性、激动剂、拮抗剂或激活剂特性。
• Chemo-selective Rh-catalysed hydrogenation of azides into amines
  作者：Mattia Ghirardello、Helene Ledru、Abhijit Sau、M. Carmen Galan

  DOI：10.1016/j.carres.2020.107948

  日期：2020.3

  Rh/Al2O3 can be used as an effective chemo-selective reductive catalyst that combines the mild conditions of catalytic hydrogenation with high selectivity for azide moieties in the presence of other hydrogenolysis labile groups such as benzyl and benzyloxycarbonyl functionalities. The practicality of this strategy is exemplified with a range of azide-containing carbohydrate and amino acid derivatives

  Rh / Al2O3可以用作有效的化学选择性还原催化剂，在存在其他氢解不稳定基团（例如苄基和苄氧羰基官能团）的情况下，将催化氢化的温和条件与对叠氮化物部分的高选择性结合在一起。该策略的实用性以一系列含叠氮化物的碳水化合物和氨基酸衍生物为例。
• Design, Modeling and Synthesis of 1,2,3-Triazole-Linked Nucleoside-Amino Acid Conjugates as Potential Antibacterial Agents
  作者：Sarah Malkowski、Carolyn Dishuck、Gene Lamanilao、Carter Embry、Christopher Grubb、Mauricio Cafiero、Larryn Peterson

  DOI：10.3390/molecules22101682

  日期：——

  of 1,2,3-triazole-linked nucleoside-amino acid conjugates have been designed and synthesized in 57-76% yields using CuAAC. The azido group was introduced on the 5'-position of uridine or the acyclic analogue using the tosyl-azide exchange method and alkylated serine or proparylglycine was the alkyne. Modeling studies of the conjugates in the active site of LpxC indicate they have promise as antibacterial

  铜催化的叠氮化物-炔烃环加成反应（CuAAC 或点击化学）是轻松偶联各种药效团或生物​​活性分子的便捷方法。使用 CuAAC 设计并合成了一系列新的 1,2,3-三唑连接的核苷-氨基酸偶联物，产率为 57-76%。使用甲苯磺酰基-叠氮化物交换方法将叠氮基引入尿苷或无环类似物的 5'-位，烷基化丝氨酸或炔基甘氨酸是炔烃。LpxC 活性位点中缀合物的建模研究表明它们有望作为抗菌剂。
• Novel bisubstrate uridine-peptide analogues bearing a pyrophosphate bioisostere as inhibitors of human O-GlcNAc transferase
  作者：Philip Ryan、Yun Shi、Mark von Itzstein、Santosh Rudrawar

  DOI：10.1016/j.bioorg.2021.104738

  日期：2021.5

  β-D-N-acetylglucosamine (O-GlcNAc) modification (O-GlcNAcylation), an essential post-translational as well as cotranslational modification, is the attachment of β-D-N-acetylglucosamine to serine and threonine residues of nucleocytoplasmic proteins. An aberrant O-GlcNAc profile on certain proteins has been implicated in metabolic diseases such as diabetes and cancer. Inhibitors of O-GlcNAc transferase (OGT) are valuable

  蛋白质O连接的 β-D- N-乙酰葡糖胺( O- GlcNAc) 修饰 ( O- GlcNAcylation) 是一种必不可少的翻译后和共翻译修饰，是 β-D- N-乙酰氨基葡萄糖与丝氨酸和苏氨酸残基的连接核质蛋白。某些蛋白质的异常O- GlcNAc 谱与代谢疾病如糖尿病和癌症有关。O- GlcNAc 转移酶 (OGT)抑制剂是研究蛋白O细胞生物学的重要工具-GlcNAc 修饰。在这项研究中，我们报告了新型尿苷肽缀合物分子，该分子由受体肽共价连接到催化失活的供体底物类似物上，该类似物带有焦磷酸盐生物等排体，并通过放射性 hOGT 测定探索它们对 OGT 的抑制活性。此外，我们通过分子建模研究了它们活动的结构基础，解释了它们对 OGT 抑制的缺乏效力。
• Tightly linked morpholino-nucleoside chimeras: new, compact cationic oligonucleotide analogues
  作者：Nóra Debreczeni、Miklós Bege、Mihály Herczeg、Ilona Bereczki、Gyula Batta、Pál Herczegh、Anikó Borbás

  DOI：10.1039/d1ob01174j

  日期：——

  cellular uptake and is therefore a major obstacle to the biological application of native oligonucleotides. Backbone modifications, particularly charge alterations is a proven strategy to provide artificial oligonucleotides with improved properties. Here, we describe the synthesis of a new type of oligonucleotide analogues consisting of a morpholino and a ribo- or deoxyribonucleoside in which the 5′-amino

  核酸的聚阴离子磷酸二酯主链导致高核酸酶敏感性和低细胞摄取，因此是天然寡核苷酸的生物应用的主要障碍。主链修饰，特别是电荷改变是一种经过验证的策略，可以提供具有改进特性的人工寡核苷酸。在这里，我们描述了由吗啉代和核糖或脱氧核糖核苷组成的新型寡核苷酸类似物的合成，其中核苷单元的5'-氨基提供吗啉环的氮。该合成方案与三苯甲基和二甲氧基三苯甲基保护基团和叠氮基官能团兼容，并扩展到高级低聚物的合成。由于吗啉单元的N-烷基化叔胺结构，嵌合体在水介质中带正电荷。