Novobiocin(1-) | 1476-53-5

• 物质功能分类: 原料药 - 抗生素类药物 - 其它抗生素类药
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯丙烷和聚酮 - 香豆素及其衍生物
• 英文名称: Novobiocin(1-)
• 英文别名: 7-[(2R,3R,4S,5R)-4-carbamoyloxy-3-hydroxy-5-methoxy-6,6-dimethyloxan-2-yl]oxy-3-[[4-hydroxy-3-(3-methylbut-2-enyl)benzoyl]amino]-8-methyl-2-oxochromen-4-olate
• CAS: 1476-53-5
• 化学式: C31H35N2O11-
• 分子量: 611.6
• InChiKey: YJQPYGGHQPGBLI-KGSXXDOSSA-M

物化性质

• 熔点：
  215-220 C
• 比旋光度：
  D24 -38° (c = 2.5 in 95% ethanol); D24 -33° (c = 2.5 in water)
• 溶解度：
  H2O中可溶50mg/mL

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4
• 重原子数：
  44
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.39
• 拓扑面积：
  199
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  11

安全信息

• 危险品标志：
  Xi
• 安全说明：
  S26,S36,S36/37,S37/39
• 危险类别码：
  R43
• WGK Germany：
  2
• 海关编码：
  2941 90 00
• RTECS号：
  RD5425000

制备方法与用途

药理作用及应用

新生霉素钠是新生霉素的钠盐，其抗菌谱与青霉素相似，主要用于耐药性金黄色葡萄球菌引起的感染，如肺炎、败血症等。尽管对严重感染疗效较差，但易引起细菌耐药性，因此宜与其他抗菌药物配伍使用。

新生霉素是从雪白链霉菌（Streptomyces niveus）的发酵中获得的一种抗生素，对抗青霉素耐药的葡萄球菌和某些变形杆菌有效。其抗菌作用在于抑制DNA复制，并通过干扰DNA解旋酶（拓扑异构酶）的作用来实现。

生物活性

Novobiocin钠盐（Albamycin、Cathomycin）是一种高效的细菌DNA旋转酶抑制剂，同时也是一种人体有机阴离子转运体，能够作用于hOAT1、hOAT3和hOAT4，其Ki值分别为14.87±0.40μM、4.77±1.12μM 和 90.50±7.50μM。

靶点

Target	Value
Topoisomerase II
Topoisomerase IV

体外研究

Novobiocin与Hsp90结合，改变了分子伴侣对geldanamycin和radicicol的亲和力，进而影响了依赖于Hsp90的关键调节激酶，包括V形Src、RAF-1和P185（ErbB2）在体内外水平上的表达。此外，Novobiocin还干扰共伴侣Hsc70和p23对Hsp90的结合，并以浓度依赖性方式特异性地抑制血红素调节eIF2α激酶（HRI）的成熟。

Novobiocin通过诱导Hsp90与CDC37从未成熟HRI解离，而Hsp90共分子伴侣P23、FKBP52和蛋白磷酸酶5仍然与未成熟HRI结合。这种作用导致了细胞形态和生化变化，进而引发细胞凋亡。

此外，Novobiocin作为HSP90抑制剂，能够降低SMYD3的表达，并剂量依赖性地抑制MDA-MB-231人乳腺癌细胞的增殖和迁移。它还能够通过下调SMYD3抑制乳腺癌细胞的迁移。

Novobiocin作为一种氨基酮类抗生素，干扰了热休克蛋白90（Hsp90）和缺氧诱导因子依赖基因表达的过程，从而损害了细胞的存活能力。在体外实验中，500 μM浓度的Novobiocin显著增加了胞内钙离子浓度、减少了前向散射、增强了膜联蛋白-V结合以及促进了ceramide的形成。

同时，它还能刺激红细胞死亡，这可能与细胞外Ca²⁺的进入和ceramide的产生有关。

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  carbamoyl phosphate 、 Descarbamoylnovobiocin(1-) 生成 Novobiocin(1-) 、 H3PO4
  参考文献：
  名称：

  Novobiocin 生物合成酶 NovP 的晶体结构：TylF O-甲基转移酶超家族的第一个代表性结构

  摘要：

  NovP 是一种S-腺苷-1-甲硫氨酸依赖性O-甲基转移酶，可催化氨基香豆素抗生素新生霉素生物合成中的倒数第二步。具体来说，它在 noviose 部分的 4-OH 处甲基化，由此产生的甲氧基对于成熟抗生素的效力很重要：先前的晶体学研究表明，该基团直接与靶酶 DNA 促旋酶相互作用，这是一种经过验证的药物目标。我们已经确定了球状链霉菌NovP 的高分辨率晶体结构作为二元复合物及其去甲基化的共底物S-腺苷-l-同型半胱氨酸。除了与二价金属依赖性机制一致的基序外，该结构还显示出典型的 I 类甲基转移酶折叠。这是来自 TylF 超家族的甲基转移酶的第一个代表性结构，其中包括许多与抗生素和其他治疗剂的生物合成有关的酶。NovP 结构揭示了许多独特的结构特征，基于序列保守性，这些特征可能是超家族的特征。这些包括一个螺旋形的“盖子”区域，它可以进入共底物结合口袋和一个包含 3-Asp 假定金属结合位点的活性中心。进一步保守的

  DOI：

  10.1016/j.jmb.2009.10.045

文献信息

• Characterization of NovP and NovN: Completion of Novobiocin Biosynthesis by Sequential Tailoring of the Noviosyl Ring
  作者：Caren L. Freel Meyers、Markus Oberthür、Hui Xu、Lutz Heide、Daniel Kahne、Christopher T. Walsh

  DOI：10.1002/anie.200352626

  日期：2004.1
• The Crystal Structure of the Novobiocin Biosynthetic Enzyme NovP: The First Representative Structure for the TylF O-Methyltransferase Superfamily
  作者：Inmaculada Gómez García、Clare E.M. Stevenson、Isabel Usón、Caren L. Freel Meyers、Christopher T. Walsh、David M. Lawson

  DOI：10.1016/j.jmb.2009.10.045

  日期：2010.1

  NovP is an S-adenosyl-l-methionine-dependent O-methyltransferase that catalyzes the penultimate step in the biosynthesis of the aminocoumarin antibiotic novobiocin. Specifically, it methylates at 4-OH of the noviose moiety, and the resultant methoxy group is important for the potency of the mature antibiotic: previous crystallographic studies have shown that this group interacts directly with the target

  NovP 是一种S-腺苷-1-甲硫氨酸依赖性O-甲基转移酶，可催化氨基香豆素抗生素新生霉素生物合成中的倒数第二步。具体来说，它在 noviose 部分的 4-OH 处甲基化，由此产生的甲氧基对于成熟抗生素的效力很重要：先前的晶体学研究表明，该基团直接与靶酶 DNA 促旋酶相互作用，这是一种经过验证的药物目标。我们已经确定了球状链霉菌NovP 的高分辨率晶体结构作为二元复合物及其去甲基化的共底物S-腺苷-l-同型半胱氨酸。除了与二价金属依赖性机制一致的基序外，该结构还显示出典型的 I 类甲基转移酶折叠。这是来自 TylF 超家族的甲基转移酶的第一个代表性结构，其中包括许多与抗生素和其他治疗剂的生物合成有关的酶。NovP 结构揭示了许多独特的结构特征，基于序列保守性，这些特征可能是超家族的特征。这些包括一个螺旋形的“盖子”区域，它可以进入共底物结合口袋和一个包含 3-Asp 假定金属结合位点的活性中心。进一步保守的