1-[3,5-di-O-benzyl-4-C-(1-hydroxy-allyl)-2-O-phenoxythiocarbonyl-β-D-ribofuranosyl]thymine | 1095153-47-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 1-[3,5-di-O-benzyl-4-C-(1-hydroxy-allyl)-2-O-phenoxythiocarbonyl-β-D-ribofuranosyl]thymine
• 英文别名: 1-[(2R,3R,4S,5S)-5-[(1S)-1-hydroxyprop-2-enyl]-3-phenoxycarbothioyloxy-4-phenylmethoxy-5-(phenylmethoxymethyl)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 1095153-47-1
• 化学式: C₃₄H₃₄N₂O₈S
• 分子量: 630.719
• InChiKey: BYUPRINWPWZKKJ-KPTQTYKQSA-N

物化性质

• 密度：
  1.36±0.1 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.5
• 重原子数：
  45
• 可旋转键数：
  14
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.26
• 拓扑面积：
  148
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-[3,5-di-O-benzyl-4-C-(1-hydroxy-allyl)-2-O-phenoxythiocarbonyl-β-D-ribofuranosyl]thymine 在 偶氮二异丁腈 、 三正丁基氢锡 作用下， 以 甲苯 为溶剂， 反应 4.5h， 以49%的产率得到(1R,3R,4R,5S,6S,7S)-7-benzyloxy-1-benzyloxymethyl-6-hydroxy-5-methyl-3-(thymin-1-yl)-2-oxa-bicyclo[2.2.1]heptane
  参考文献：
  名称：

  通过结合修饰的2'，4'-碳环LNA和-ENAs对核苷酸间磷酸周围的静电进行微调导致反义特性的显着调节

  摘要：

  在反义（AS）和RNA干扰（RNAi）技术中，对天然单链2'-脱氧寡核苷酸（用于AS）或双链RNA（用于RNAi）进行化学修饰，使其与目标RNA结合，从而获得更好的通过抑制RNA翻译来下调基因表达。此处显示了通过改变取代基的静电相互作用以及围绕反义寡核苷酸（AON）-RNA异源双链体的小树林边缘附近的核苷酸间磷酸二酯部分周围的立体化学环境的精细调节，如何导致调节反义性质。通过合成各种修饰的碳环锁核酸（LNA）和在碳环部分连接有羟基和/或甲基取代基的-亚乙基桥核酸（ENA）并通过固相DNA合成将其整合到AON中来证明这一点。 。这些修饰的AON对互补RNA和DNA的靶标亲和力，核酸酶抗性和RNase H诱导表明，修饰的性质（-OH与-CH3）及其相对于邻位磷酸盐的立体化学取向在调节AON特性方面起着非常重要的作用。尽管对靶RNA的亲和力和AONs的酶稳定性受小沟中心的疏水和空间大体积修饰的不

  DOI：

  10.1021/jo8016742
• 作为产物：
  描述：

  1-[3,5-di-O-benzyl-4-C-(1-hydroxy-allyl)-β-D-ribofuranosyl]thymine 、 硫代氯甲酸苯酯 在 吡啶 作用下， 以92%的产率得到1-[3,5-di-O-benzyl-4-C-(1-hydroxy-allyl)-2-O-phenoxythiocarbonyl-β-D-ribofuranosyl]thymine
  参考文献：
  名称：

  通过结合修饰的2'，4'-碳环LNA和-ENAs对核苷酸间磷酸周围的静电进行微调导致反义特性的显着调节

  摘要：

  在反义（AS）和RNA干扰（RNAi）技术中，对天然单链2'-脱氧寡核苷酸（用于AS）或双链RNA（用于RNAi）进行化学修饰，使其与目标RNA结合，从而获得更好的通过抑制RNA翻译来下调基因表达。此处显示了通过改变取代基的静电相互作用以及围绕反义寡核苷酸（AON）-RNA异源双链体的小树林边缘附近的核苷酸间磷酸二酯部分周围的立体化学环境的精细调节，如何导致调节反义性质。通过合成各种修饰的碳环锁核酸（LNA）和在碳环部分连接有羟基和/或甲基取代基的-亚乙基桥核酸（ENA）并通过固相DNA合成将其整合到AON中来证明这一点。 。这些修饰的AON对互补RNA和DNA的靶标亲和力，核酸酶抗性和RNase H诱导表明，修饰的性质（-OH与-CH3）及其相对于邻位磷酸盐的立体化学取向在调节AON特性方面起着非常重要的作用。尽管对靶RNA的亲和力和AONs的酶稳定性受小沟中心的疏水和空间大体积修饰的不

  DOI：

  10.1021/jo8016742

文献信息

• Unusual radical 6-endo cyclization to carbocyclic-ENA and elucidation of its solution conformation by 600 MHz NMR and ab initio calculations
  作者：Chuanzheng Zhou、Oleksandr Plashkevych、Jyoti Chattopadhyaya

  DOI：10.1039/b813870b

  日期：——

  through 5-hexenyl or 6-heptenyl radical cyclization. Both 5-hexenyl and 6-heptenyl radical cyclized exclusively in the exo form, giving unwanted exocyclic C7-methyl group. In the present study, we showed that the regioselectivity of the 5-hexenyl radical cyclization could be favorably tuned by introduction of a hydroxyl group to the olefinic double bond, yielding about 9% of the 6-endo cyclization product

  在我们以前的论文（J. Am。Chem。Soc。，2007，129，8362）中，我们报道了通过5-己烯基或6-庚烯基合成7-Me-Carba-LNA和8-Me-Carba-ENA胸腺嘧啶核苷自由基环化。5-己烯基和6-庚烯基均以环外形式环化，从而得到不需要的环外C7-甲基。在本研究中，我们表明，可以通过将羟基引入烯属双键来调节5-己烯基自由基环化的区域选择性，产生约9％的6-内环化环化产物。与负责产生5-exo环化产物5的中间体相比，已经讨论了产生6-endo环化产物9的可能途径。基于这种独特的6内环化策略，已成功合成了碳环ENA修饰的胸苷（carba-ENA），
• Fine Tuning of Electrostatics around the Internucleotidic Phosphate through Incorporation of Modified 2′,4′-Carbocyclic-LNAs and -ENAs Leads to Significant Modulation of Antisense Properties
  作者：Chuanzheng Zhou、Yi Liu、Mounir Andaloussi、Naresh Badgujar、Oleksandr Plashkevych、Jyoti Chattopadhyaya

  DOI：10.1021/jo8016742

  日期：2009.1.2

  choice of the cleavage sites of RNase H mediated RNA cleavage in the AON/RNA hybrid duplex, but the cleavage rate depended on the modification site in the AON sequence. If the original preferred cleavage site by RNase H was included in the 4-5nt stretch from the 3′-end of the modification site in the AON, decreased cleavage rate was observed. Upon screening of 52 modified AONs, containing 13 differently

  在反义（AS）和RNA干扰（RNAi）技术中，对天然单链2'-脱氧寡核苷酸（用于AS）或双链RNA（用于RNAi）进行化学修饰，使其与目标RNA结合，从而获得更好的通过抑制RNA翻译来下调基因表达。此处显示了通过改变取代基的静电相互作用以及围绕反义寡核苷酸（AON）-RNA异源双链体的小树林边缘附近的核苷酸间磷酸二酯部分周围的立体化学环境的精细调节，如何导致调节反义性质。通过合成各种修饰的碳环锁核酸（LNA）和在碳环部分连接有羟基和/或甲基取代基的-亚乙基桥核酸（ENA）并通过固相DNA合成将其整合到AON中来证明这一点。 。这些修饰的AON对互补RNA和DNA的靶标亲和力，核酸酶抗性和RNase H诱导表明，修饰的性质（-OH与-CH3）及其相对于邻位磷酸盐的立体化学取向在调节AON特性方面起着非常重要的作用。尽管对靶RNA的亲和力和AONs的酶稳定性受小沟中心的疏水和空间大体积修饰的不