5-乙烯基-2'-脱氧尿苷 | 55520-67-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 中文名称: 5-乙烯基-2'-脱氧尿苷
• 英文名称: 5-vinyl-2'-deoxyuridine
• 英文别名: 5-vinyl-2’-deoxy-uridine；VdU；5-vinyl-2′-deoxyuridine；5-ethenyl-1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 55520-67-7
• 化学式: C₁₁H₁₄N₂O₅
• 分子量: 254.243
• InChiKey: YAAQOXBNCODRSI-DJLDLDEBSA-N

物化性质

• 熔点：
  106-110 °C (decomp)
• 沸点：
  397.45°C (rough estimate)
• 密度：
  1.2983 (rough estimate)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.8
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.45
• 拓扑面积：
  99.1
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-乙烯基-2'-脱氧尿苷 在 palladium on activated charcoal 氢气 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 10.0h， 生成 乙去氧尿啶
  参考文献：
  名称：

  Hassan, Mohamed Ezeldin, Collection of Czechoslovak Chemical Communications, 1991, vol. 56, # 9, p. 1944 - 1948

  摘要：

  DOI：
• 作为产物：
  描述：

  碘苷 在 四(三苯基膦)钯 吡啶 、 sodium methylate 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 甲醇 、 六甲基磷酰三胺 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 5-乙烯基-2'-脱氧尿苷
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of thymidine from 5-iodo-2′-deoxyuridine

  摘要：

  A simple, high yield synthesis of thymidine from 5-iodo-2'-deoxyuridine is described, using tetramethyltin and tetrakis(triphenylphosphine)palladium(0) in hexamethylphoshoric triamide. Likewise, 5-phenyl- and 5-vinyl-2'-deoxyuridine can be obtained, and through reduction of the latter the 5-ethyl analogue is also at hand.

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(00)92180-4

文献信息

• Synthesis and antiviral activity of phosphonoacetic and phosphonoformic acid esters of 5-bromo-2'-deoxyuridine and related pyrimidine nucleosides and acyclonucleosides
  作者：Robert W. Lambert、Joseph A. Martin、Gareth J. Thomas、Ian B. Duncan、Michael J. Hall、Edgar P. Heimer

  DOI：10.1021/jm00122a014

  日期：1989.2

  Phosphonoacetic acid (PAA, 1) was coupled with various acyclonucleosides, 2'-deoxyuridines, cytidines, and arabinosyluracils, with 2,4,6-triisopropylbenzenesulfonyl chloride (TPS) or dicyclohexylcarbodiimide (DCCI) as condensing agents, to give a range of phosphonate esters. The carboxylic ester linkage of PAA to the 5'-position of 5-bromo-2'-deoxyuridine (BUdR, 3) was achieved via the mixed anhydride

  磷乙酸（PAA，1）与各种无环核苷，2'-脱氧尿苷，胞嘧啶核苷和阿拉伯糖基尿嘧啶偶合，并带有2,4,6-三异丙基苯磺酰氯（TPS）或二环己基碳二亚胺（DCCI）作为缩合剂，得到一系列膦酸酯酯。通过由（二乙基膦酰基）乙酸和三氟乙酸酐形成的混合酸酐，将PAA的羧酸酯键连接到5-溴-2'-脱氧尿苷（BUdR，3）的5'位置。通过使用DCCI方法将膦甲酸（PFA，2）与BUdR偶联，得到膦酸酯。在这些化合物中，只有2'-脱氧尿苷系列的膦酸酯对1型和2型单纯疱疹病毒显示出显着活性。BUdR-PAA衍生物和BUdR-PFA衍生物具有很高的活性，尤其是后者。它比亲本核苷BUdR对2型病毒更具活性。活性化合物可通过细胞外或细胞内水解作用作用于相应的抗病毒剂，但也可能涉及抗病毒活性的内在成分。
• One-pot approach to functional nucleosides possessing a fluorescent group using nucleobase-exchange reaction by thymidine phosphorylase
  作者：Akihiko Hatano、Masayuki Kurosu、Susumu Yonaha、Munehiro Okada、Sanae Uehara

  DOI：10.1039/c3ob41605d

  日期：——

  modified uracil and a deoxyribose to produce functionalized nucleosides catalyzed by thymidine phosphorylase derived from Escherichia coli. This enzyme mediates nucleobase-exchange reactions to convert unnatural nucleosides possessing a large functional group such as a fluorescent molecule, coumarin or pyrene, linked via an alkyl chain at the C5 position of uracil. 5-(Coumarin-7-oxyhex-5-yn)uracil (C4U)

  在本文中，我们描述了修饰的尿嘧啶和脱氧核糖之间的β-选择性偶联，以产生由大肠杆菌衍生的胸苷磷酸化酶催化的功能化核苷。该酶介导核碱基交换反应，以转化具有大功能基团（例如荧光分子）的非天然核苷，香豆素 或者 芘，通过烷基链在C5的位置连接尿嘧啶。5-（Coumarin-7-oxyhex-5-yn）尿嘧啶（C4U）在1.0 mM磷酸盐缓冲液pH 6.8中以40％DMSO浓度显示57.2％的转化率胸苷以C4U为碱基的非天然核苷。在使用5-（pyren-1-methyloxyhex-5-yn）尿嘧啶（P4U）作为底物的情况下，TP还可以催化反应以在DMSO浓度为50％（21.6％）时生成具有非常大的官能团的产物转换）。我们使用MF myPrest对绑定到TP活性位点的修饰尿嘧啶进行了对接模拟。底物的尿嘧啶部分与TP的活性位点结合，荧光部分与位于酶表面外侧的核碱基的C5位置相连。结果，庞大的荧光部分结合到尿嘧啶
• Chemoselective Modification of Vinyl DNA by Triazolinediones
  作者：Anu Naik、Jawad Alzeer、Therese Triemer、Anna Bujalska、Nathan W. Luedtke

  DOI：10.1002/anie.201702554

  日期：2017.8.28

  A new method for the post‐synthetic modification of nucleic acids was developed that involves mixing a phenyl triazolinedione (PTAD) derivative with DNA containing a vinyl nucleobase. The resulting reactions proceeded through step‐wise mechanisms, giving either a formal [4+2] cycloaddition product, or, depending on the context of nucleobase, PTAD addition along with solvent trapping to give a secondary

  已开发出一种新的核酸合成后修饰方法，该方法涉及将苯基三唑啉二酮（PTAD）衍生物与含有乙烯基核碱基的DNA混合。最终的反应通过逐步机制进行，给出了正式的[4 + 2]环加成产物，或者取决于核碱基的情况，还添加了PTAD以及溶剂捕集，从而在水中形成仲醇。PTAD与5-乙烯基-2'-脱氧尿苷（VdU）的末端烯烃之间的无催化剂加成异常快，其二级速率常数为2×10 3  m -1  s -1。PTAD衍生物以构象选择性的方式与含VdU的寡核苷酸选择性反应，与双链体DNA相比，G-四链体的收率更高。这些结果证明了DNA无铜生物缀合的新策略，可用于探测细胞中的核酸构象。
• Synthesis of 5-(1-substituted ethyl)uracil derivatives and some of their chemical and biological properties
  作者：A. Stanley Jones、Michael J. McClean、Martin J. Slater、Richard T. Walker、Jan Balzarini、Erik De Clercq

  DOI：10.1039/p19870000457

  日期：——

  series of 5-(1-substituted ethyl)uracil derivatives has been made. Attempts to obtain 5-(1-alkyl- or -aryl-sulphonyloxy) derivatives were unsuccessful because elimination to give the 5-vinyl derivatives was extremely easy. 5-(1-Acyloxyethyl) derivatives did not eliminate, but with aqueous alkali gave 5-(1-hydroxyethyl)uracil derivatives. Reaction of VdUrd with a series of arenethiols gave 5-(1-arylt

  为了获得在碱性条件下通过消除将得到2'-脱氧-5-乙烯基尿苷（VdUrd）的化合物，制备了一系列5-（1-取代的乙基）尿嘧啶衍生物。尝试获得5-（1-烷基-或-芳基-磺酰氧基）衍生物是不成功的，因为消除以得到5-乙烯基衍生物是非常容易的。5-（1-羟乙基）衍生物没有消除，但是在碱水溶液中得到了5-（1-羟乙基）尿嘧啶衍生物。VdUrd与一系列芳烃硫醇的反应得到5-（1-芳硫基乙基）-2'-脱氧尿苷。在不存在自由基抑制剂的情况下，主要是5-（2-芳硫基乙基）-2'脱氧尿苷。芳硫基化合物被氧化成相应的亚砜和砜。用叔丁醇钾在二甲基甲酰胺中处理这些5-（1-取代的）衍生物，得到VdUrd。如预期的那样，具有最高离去基团的化合物的反应速率最大。然而，在碱水溶液下，化合物产生2'-脱氧-5-（1-羟乙基）尿苷，并且在37℃下在pH 7.6下它们是稳定的。当尿嘧啶环的N-3被烷基化时，消除更快。讨论了该
• Synthesis of 5-(1-azidovinyl) and 5-[2-(1-azirinyl)] analogs of 2′-deoxyuridine
  作者：Rakesh Kumar、Leonard I. Wiebe、Edward E. Knaus

  DOI：10.1139/v96-178

  日期：1996.9.1

  The regiospecific addition of bromine azide to the vinyl substituent of 5-vinyl-3′,5′-di-O-acetyl- (or tert-butyldimethylsilyl)-2′-deoxyuridines (2) yielded the corresponding 5-(1-azido-2-bromoethyl)-3′,5′-di-O-protected-2′-deoxyuridines (3). Treatment of the 5-(1-azido-2-bromoethyl) compounds 3 with t-BuOK, to effect the base-catalyzed elimination of HBr, afforded the corresponding 5-(1-azidovinyl)-2′-deoxyuridines (4, 7). Thermal decomposition of 5-(1-azidovinyl)-2′-deoxyuridine (7) at 110 °C in dioxane yielded 5-[2-(1 -azirinyl)]-2′-deoxyuridine (9). 5-(1 -Azidovinyl)-2′-deoxyuridine (7) exhibited appreciable in vitro antiviral activities againist herpes simplex virus type 1 (HSV-1) and varizella zoster virus (VZV). Athough 7 increased the length of survival of HSV-1 brain-infected mice, it did not decrease the mortality rate relative to placebo. 5-[2-(1-Azirinyl)]-2′-deoxyuridine (9) was an inactive antiviral agent. Key words: azidovinyl, azirinyl, 2′-deoxyuridine, antiviral activity.

  溴化物对5-乙烯基-3′,5′-二-O-乙酰基-(或叔丁基二甲基硅基)-2′-脱氧尿苷（2）的乙烯基取代物的区域特异性加成产生相应的5-(1-叠氮基-2-溴乙基)-3′,5′-二-O-保护基-2′-脱氧尿苷（3）。用t-BuOK处理5-(1-叠氮基-2-溴乙基)化合物3，以实现碱催化的HBr消除，得到相应的5-(1-叠氮基乙烯基)-2′-脱氧尿苷（4, 7）。在二噁烷中将5-(1-叠氮基乙烯基)-2′-脱氧尿苷（7）在110°C下热分解，得到5-[2-(1-环氧基)]-2′-脱氧尿苷（9）。5-(1-叠氮基乙烯基)-2′-脱氧尿苷（7）在体外表现出对单纯疱疹病毒1型（HSV-1）和水痘-带状疱疹病毒（VZV）的可观抗病毒活性。尽管7延长了HSV-1感染小鼠的存活时间，但与安慰剂相比，未降低死亡率。5-[2-(1-环氧基)]-2′-脱氧尿苷（9）是一种无活性的抗病毒剂。关键词：叠氮基乙烯基，环氧基，2′-脱氧尿苷，抗病毒活性。