5-羟基-2-脱氧尿苷 | 5168-36-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 中文名称: 5-羟基-2-脱氧尿苷
• 英文名称: 5-hydroxy-2'-deoxyuridine
• 英文别名: 5-Hydroxy-2'deoxyuridine；5-hydroxy-1-((2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-2-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione；hUdR；5-hydroxy-2'-deoxy-uridine；5-Hydroxy-2'-desoxy-uridin；5-hydroxy-1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 5168-36-5；13011-49-9
• 化学式: C₉H₁₂N₂O₆
• 分子量: 244.204
• InChiKey: UIJSURSVLVISBO-UBKIQSJTSA-N

物化性质

• 溶解度：
  加热、超声处理轻微溶于甲醇、轻微溶于水

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.7
• 重原子数：
  17
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  119
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  6

制备方法与用途

生物活性

5-Hydroxy-2'-deoxyuridine (5-OHdU) 是一种 2'-Deoxycytidine 的主要稳定氧化产物。5-Hydroxy-2'-deoxyuridine 可以通过 DNA 聚合酶在体外掺入 DNA。

靶点

Human Endogenous Metabolite

体外研究

为了研究核苷酸在模板 DNA 上方特定位点的插入特异性，使用了含有内部 2'-deoxy-5-hydroxyuridine (5-OHdU) 的两种不同序列背景下的18-和45-成员寡脱氧核苷酸。在这两个寡聚核苷酸中均发生了在 2'-deoxy-5-hydroxyuridine (5-OHdU) 上的转录后合成，但在模板中观察到对修改碱基前后的暂停现象。核苷酸插入 2'-deoxy-5-hydroxyuridine (5-OHdU) 在模板上的特异性依赖于序列背景。在一个序列背景下，dA 是主要被掺入的核苷酸；而在另一个序列背景下，则是 dC 占主导地位。同样，在同一序列背景下，dC 也是主要被插入的核苷酸。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-羟基-2-脱氧尿苷 在 四(三苯基膦)钯 copper(l) iodide 、 potassium carbonate 、 三乙胺 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 5-(trimethylsilyl)ethynyl-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  Palladium-catalyzed coupling of terminal alkynes with 5-(trifluoromethanesulfonyloxy)pyrimidine nucleosides

  摘要：

  The palladium-catalyzed couplings of terminal alkynes with 2',3',5'-tri-O-acetyl-5-(triflouromethanesulfonyloxy)uridine, 3',5'-di-O-acetyl-5-(triflouromethanesulfonyloxy)-2'-deoxyuridine, and 5-(triflouromethanesulfonyloxy)-2'-deoxyuridine have been investigated under a variety of conditions.

  DOI：

  10.1021/jo00076a019
• 作为产物：
  描述：

  溴脲苷 在 2,3,5-三甲基吡啶 、 水 作用下， 生成 5-羟基-2-脱氧尿苷
  参考文献：
  名称：

  测量γ射线照射的DNA中嘧啶碱基的氧化损伤。

  摘要：

  氧化的核碱基代表了电离辐射在DNA中诱导的主要损伤类别之一。这项工作着重于测量四个氧化的嘧啶碱基，包括5-（羟甲基）尿嘧啶（5-HMUra），5-甲酰基尿嘧啶（5-ForUra），5-羟基胞嘧啶（5-OHCyt）和5-羟基尿嘧啶（5-OHUra），在曝气水溶液中暴露于伽玛射线后，分离的DNA中。为此，同时使用了与电化学检测相关的高效液相色谱（HPLC-EC）和与质谱联用的气相色谱（GC-MS）。仔细检查N-糖苷键的水解条件，以实现病变的定量释放。我们证明了60％的甲酸处理会导致所研究的四个病变的分解。另一方面，基于在吡啶中使用88％甲酸或70％氟化氢（HF / Pyr）进行的水解可以定量释放修饰的碱，但使用5-HMUra时除外。通过使用GC-MS分析进行剂量诱导的DNA中5-HMUra和5-ForUra形成的剂量过程研究表明，后一种病变的产生率比前一种病变高2.1倍。HF / Pyr和88

  DOI：

  10.1021/tx960095b

文献信息

• Synthesis and Characterization of Isotopically Enriched Pyrimidine Deoxynucleoside Oxidation Damage Products
  作者：Christopher J. LaFrancois、June Fujimoto、Lawrence C. Sowers

  DOI：10.1021/tx970186o

  日期：1998.1.1

  Oxidative damage to DNA is an established source of genomic instability. In this paper, we describe the synthesis and characterization of several pyrimidine deoxynucleoside oxidation damage products, enriched with stable isotopes. These products include the 2'-deoxynucleoside derivatives of 5-(hydroxymethyl)uracil, 5-formyluracil, 5-hydroxyuracil, 5-(hydroxymethyl)cytosine, 5-formylcytosine, and 5-hydroxycytosine

  对DNA的氧化损伤是基因组不稳定的公认来源。在本文中，我们描述了几种富含稳定同位素的嘧啶脱氧核苷氧化损伤产物的合成和表征。这些产物包括5-（羟甲基）尿嘧啶，5-甲酰基尿嘧啶，5-羟尿嘧啶，5-（羟甲基）胞嘧啶，5-甲酰基胞嘧啶和5-羟胞嘧啶的2'-脱氧核苷衍生物。常见的前体是2'-脱氧-2“-氘[1,3-15N]尿苷。在官能团转化过程中会添加其他稳定的同位素。这些衍生物的表征包括质谱以及1H和15N NMR光谱。质子和氮NMR此处报道的研究可以检查修饰对糖构象和互变异构平衡的影响，
• [EN] IDOXURIDINE AND ITS ANALOGS AS NEUROPROTECTANS FOR THE TREATMENT OF PARKINSONISM<br/>[FR] IDOXURIDINE ET SES ANALOGUES UTILISÉS COMME NEUROPROTECTEURS POUR LE TRAITEMENT DU PARKINSONISME
  申请人：SVENNINGSSON PER

  公开号：WO2018143893A1

  公开（公告）日：2018-08-09

  The invention relates to compounds that are useful in the treatment of parkinsonism, such as parkinsonism in connection with Parkinson's disease (PD); dementia with Lewy bodies (DLB); multiple system atrophy (MSA); corticobasal degeneration (CBD); or progressive supranuclear palsy (PSP). The said compounds include in particular idoxuridineand analogs thereofas well as their metabolic precursors, such as ropidoxuridine.The invention further relates to method for identifying compounds useful for the treatment of parkinsonism, said methods comprising detecting the capability of compound to increase the amount of GPR37 in cell membranes.The invention further relates to methods for the chemical synthesis of ropidoxuridine.

  本发明涉及一种在帕金森病（PD）相关的帕金森综合征，如帕金森病（PD）；具有Lewy小体的痴呆（DLB）；多系统萎缩（MSA）；皮质基底节变性（CBD）；或进行性核上性麻痹（PSP）等治疗中有用的化合物。所述化合物包括特别是碘沙宝嘌呤及其类似物以及它们的代谢前体，如罗匹沙宝嘌呤。本发明还涉及一种用于鉴定治疗帕金森综合征的有用化合物的方法，该方法包括检测化合物增加细胞膜中GPR37数量的能力。本发明还涉及罗匹沙宝嘌呤的化学合成方法。
• Synthesis and Biological Activities of C (5)-N-Spin-Labeled Uridines and Related Derivatives
  作者：Albert M. Bobst、Alvydas J. Ozinskas、Erik De Clercq

  DOI：10.1002/hlca.19830660214

  日期：1983.3.16

  step at C (5) of 5-hydroxyuridine (4a) or 5-hydroxy-2′-deoxyuridine (4b) by certain primary amines led to the synthesis of two novel C(5)-N-spin-labeled nucleoside analogs and to several C(5)-N-aryl adducts. Substitution by 4-amino-2,2,6,6-tetramethylpiperidinooxyl (3) at C(5) of 4a or 4b led to the spin-labeled nucleosides 5-[(1-oxyl-2,2,6,6-tetramethyl-4-piperidinyl)amino]uridine and -2′-deoxyuridine

  在某些步骤中，某些伯胺在C（5）的5-羟基尿苷（4a）或5-羟基-2'-脱氧尿苷（4b）的直接引入N原子导致合成了两个新颖的C（5）- N-spin标记的核苷类似物和几个C（5）-N-芳基加合物。在4a或4b的C（5 ）处被4-氨基-2,2,6,6-四甲基哌啶子氧基（3）取代导致自旋标记的核苷5-[（1-氧基-1,2,6,6-四甲基-4-哌啶基）氨基]尿苷和-2'-脱氧尿苷（分别为2a和2b）。类似的C（5）取代的苯胺加合物5-苯胺基尿苷（5a）和5-苯胺基-2'-脱氧尿苷（5b）和p还制备了甲苯胺加合物5-（对甲苯胺基）尿苷（6a）和5-（对甲苯胺基）-2-脱氧尿苷（6b）。另外，报道了其中一些类似物的抗病毒和抗代谢活性的结果。
• 5-Selenocyanato and 5-trifluoromethanesulfonyl derivatives of 2′-deoxyuridine: synthesis, radiation and computational chemistry as well as cytotoxicity
  作者：Samanta Makurat、Magdalena Zdrowowicz、Lidia Chomicz-Mańka、Witold Kozak、Illia E. Serdiuk、Paweł Wityk、Alicja Kawecka、Marta Sosnowska、Janusz Rak

  DOI：10.1039/c8ra03172j

  日期：——

  about the domination of the OTfdU(N3–H)− anion in the equilibrium mixture. As a consequence, electron addition chiefly leads to the radical dianion, OTfdU(N3–H)˙2−, which easily protonates at the C5 site. As a result, the C5–O rather than O–S bond undergoes dissociation, leading to dU, observed experimentally. A negligible cytotoxicity of the studied compounds toward the MCF-7 cell line at the concentrations

  合成了 5-Selenocyanato-2'-deoxyuridine (SeCNdU) 和 5-trifluoromethanesulfonyl-2'-deoxyuridine (OTfdU)，并通过 NMR 和 MS 方法确认了它们的结构。当在含有羟基自由基清除剂的水溶液中用 X 射线照射时，这两种化合物都会发生解离电子附着 (DEA)。SeCNdU 的 DEA 产量显着超过 5-bromo-2'-deoxyuridine (BrdU)，与计算显示的电子诱导降解曲线保持良好的一致性。辐解产物表明，与理论预测一致，Se-CN 键解离是主要的反应通道。另一方面，OTfdU 的 DEA 产量略低于 BrdU 的降解产量，尽管计算出的电子诱导 OTfdU 解离的驱动力大大超过了 BrdU 降解的热力学刺激。此外，计算的 DEA 曲线表明电子附着诱导 OTfdU 形成 5-羟基-2'-脱氧尿苷 (OHdU)，而
• Pyrimidine deoxyribonucleoside potentiation of combination therapy based
  申请人：Montefiore Medical Center

  公开号：US05496810A1

  公开（公告）日：1996-03-05

  The applicants have discovered a method of treating malignancies which comprises administering effective amounts of 5-fluorouracil, interferon-.alpha. and a compound formula (I): ##STR1## wherein R is selected is selected from the group consisting of alkyl of 1 to 5 carbon atoms, alkene of 2 to 5 carbon atoms and alkynyl of 2 to 5 carbon atoms; R.sub.1 is 2'-deoxyribofuranosyl.

  申请人已经发现了一种治疗恶性肿瘤的方法，包括给予有效剂量的5-氟尿嘧啶、干扰素-α和化合物公式(I)：##STR1## 其中R从由1到5个碳原子的烷基、由2到5个碳原子的烯烃和由2到5个碳原子的炔基组成的群中选择；R.sub.1为2'-脱氧核糖基。