作者:Kengo Yasuhira、Naoki Shibata、Go Mongami、Yuki Uedo、Yu Atsumi、Yasuyuki Kawashima、Atsushi Hibino、Yusuke Tanaka、Young-Ho Lee、Dai-ichiro Kato、Masahiro Takeo、Yoshiki Higuchi、Seiji Negoro
DOI:10.1074/jbc.m109.041285
日期:2010.1
suggested the following enzyme/substrate interactions: a Ser(174)-cis-Ser(150)-Lys(72) triad constitutes the catalytic center; the backbone N in Ala(171) and Ala(172) are involved in oxyanion stabilization; Cys(316)-S(gamma) forms a hydrogen bond with nitrogen (Acd-N(7)) at the uncleaved amide bond in two equivalent amide bonds of Acd. A single S174A, S150A, or K72A substitution in NylA by site-directed mutagenesis
我们对来自节杆菌属的 6-氨基己酸环状二聚体 (Acd) 水解酶 (NylA) 进行了 X 射线晶体学分析,节杆菌属是一种负责降解尼龙 6 工业副产品的酶。472 个氨基酸的多肽采用的折叠产生了紧凑的混合 α/β 折叠,通常在酰胺酶特征超家族中发现;该倍数与谷氨酰-tRNA(Gln) 氨基转移酶亚基 A(z 分数,49.4)和丙二酰胺酶 E2(z 分数,44.8)的倍数特别相似。尽管与典型的酰胺酶特征超家族酶具有高度的结构相似性,但发现 NylA 对谷氨酰胺、丙二酰胺和吲哚乙酰胺的比活性低于对 Acd 的比活性的 0.5%。然而,NylA 具有与 Acd 水解活性几乎相等的羧酸酯酶活性。在 1.8 A 分辨率下对 NylA 的活性缺陷 S174A 突变体和 Acd 之间的无活性复合物进行结构分析,表明存在以下酶/底物相互作用:Ser(174)-cis-Ser(150)-Lys(72) 三联体构成催化中心;Ala(171)