2'-O,4'-C-ethylene-4-N-benzoyl-5-methylcytidine | 287737-51-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 2'-O,4'-C-ethylene-4-N-benzoyl-5-methylcytidine
• 英文别名: 1-[2,6-anhydro-5-deoxy-4-(hydroxymethyl)-α-L-lyxohexofuranosyl]-4-benzamido-5-methylpyrimidin-2(1H)-one；N-[1-[(1R,5R,7R,8S)-8-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-2,6-dioxabicyclo[3.2.1]octan-7-yl]-5-methyl-2-oxopyrimidin-4-yl]benzamide
• CAS: 287737-51-3
• 化学式: C₁₉H₂₁N₃O₆
• 分子量: 387.392
• InChiKey: BDDXTGUUQSEKMI-QOIYZWAUSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.1
• 重原子数：
  28
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.42
• 拓扑面积：
  121
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-O,4'-C-ethylene-4-N-benzoyl-5-methylcytidine 在 吡啶 、 二异丙基铵盐四氮唑 作用下， 反应 5.0h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O,4'-C-ethylene-4-N-benzoyl-5-methylcytidine-3'-O-(2-cyanoethyl N,N-diisopropyl)phosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  作为有效的反义寡核苷酸的2'-O，4'-C-亚乙基桥核酸（ENA）的合成和性质。

  摘要：

  合成了新型双环核苷，2'-O，4'-C-乙烯核苷和2'-O，4'-C-丙烯核苷，作为反义寡核苷酸的构建基块，以进一步优化2'-O，4'-桥连核酸（2'，4'-BNA）或锁定核酸（LNA）的C-亚甲基键。这些核苷中的2'-O，4'-C-乙烯-和丙烯键都将糖的褶皱限制为RNA的N-构象，就像2'，4'-BNA / LNA一样。此外，具有2'-O，4'-C-乙烯核苷的乙烯桥连核酸（ENA）大大提高了对互补RNA的亲和力，并且与2'，4'-BNA / LNA（DeltaT （m）＝ + 3，每次修改约5摄氏度。另一方面，添加2'-O，4' 寡核苷酸中的-C-丙烯修饰导致与互补RNA的亲和力降低。至于对核酸酶的稳定性，在寡核苷酸中掺入一个2'-O，4'-C-乙烯或一个2'-O，4'-C-丙烯核苷可显着提高其对核酸外切酶的抗性至大于2'的程度。 ，4'-BNA / LNA。这些结果表明ENA比2'，4'-BNA

  DOI：

  10.1016/s0968-0896(03)00115-9
• 作为产物：
  描述：

  N⁴-benzoyl-1-trimethylsilylcytosine 在 吡啶 、 sodium hydroxide 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 三氯化硼 作用下， 以 二氯甲烷 、 1,2-二氯乙烷 为溶剂， 反应 6.0h， 生成 2'-O,4'-C-ethylene-4-N-benzoyl-5-methylcytidine
  参考文献：
  名称：

  作为有效的反义寡核苷酸的2'-O，4'-C-亚乙基桥核酸（ENA）的合成和性质。

  摘要：

  合成了新型双环核苷，2'-O，4'-C-乙烯核苷和2'-O，4'-C-丙烯核苷，作为反义寡核苷酸的构建基块，以进一步优化2'-O，4'-桥连核酸（2'，4'-BNA）或锁定核酸（LNA）的C-亚甲基键。这些核苷中的2'-O，4'-C-乙烯-和丙烯键都将糖的褶皱限制为RNA的N-构象，就像2'，4'-BNA / LNA一样。此外，具有2'-O，4'-C-乙烯核苷的乙烯桥连核酸（ENA）大大提高了对互补RNA的亲和力，并且与2'，4'-BNA / LNA（DeltaT （m）＝ + 3，每次修改约5摄氏度。另一方面，添加2'-O，4' 寡核苷酸中的-C-丙烯修饰导致与互补RNA的亲和力降低。至于对核酸酶的稳定性，在寡核苷酸中掺入一个2'-O，4'-C-乙烯或一个2'-O，4'-C-丙烯核苷可显着提高其对核酸外切酶的抗性至大于2'的程度。 ，4'-BNA / LNA。这些结果表明ENA比2'，4'-BNA

  DOI：

  10.1016/s0968-0896(03)00115-9

文献信息

• Efficient Divergent Synthesis of 2′-<i>O</i>,4′-<i>C</i>-Ethylene-Bridged Nucleic Acid (ENA) Phosphoramidites
  作者：Yuzo Abe、Kazutoshi Ukai、Makoto Michida

  DOI：10.1021/acs.oprd.2c00013

  日期：2022.4.15

  developed a highly efficient synthetic method for ENA phosphoramidites. The basic concept of the new synthetic route is “divergent synthesis” for the preparation of four types of monomers such as A, G, C, and T. We applied stereoselective glycosylation reactions without utilizing neighboring group participation to set a common intermediate in the downstream of the route.

  2'- O ,4'- C-乙烯桥连核酸（ENA）亚磷酰胺是第一三共发现的极具前景的修饰核酸单体。为了提高生产效率，我们开发了一种高效的 ENA 亚磷酰胺合成方法。新合成路线的基本概念是“发散合成”，用于制备 A、G、C 和 T 四种单体。我们应用立体选择性糖基化反应，不利用相邻基团参与，在下游设置共同的中间体的路线。
• NOVEL NUCLEOSIDES AND OLIGONUCLEOTIDE ANALOGUES
  申请人：Daiichi Sankyo Company, Limited

  公开号：EP1152009B2

  公开（公告）日：2017-09-06
• Novel nucleoside and oligonucleotide analogues
  申请人：SANKYO COMPANY LIMITED

  公开号：US20030207841A1

  公开（公告）日：2003-11-06

  A compound of the formula (1): 1 wherein R 1 and R 2 are the same or different and represent a hydrogen atom, a hydroxyl protecting group, a phosphate group, or —P(R 3 )R 4 , wherein R 3 and R 4 are the same or different and represent a hydroxyl group, an amino group, an alkoxy group having from 1 to 4 carbon atoms, a cyanoalkoxy group having from 1 to 5 carbon atoms or an amino group substituted by an alkyl group having from 1 to 4 carbon atoms; A represents an alkylene group having from 1 to 4 carbon atoms and B represents a purin-9-yl group, a 2-oxo-pyrimidin-1-yl group, a substituted purin-9-yl group or a substituted 2-oxo-pyrimidin-1-yl group having a substituent &agr; selected from the group consisting of a hydroxyl group which may be protected, an alkoxy group having from 1 to 4 carbon atoms, a mercapto group which may be protected, an alkylthio group having from 1 to 4 carbon atoms, an alkoxy group having from 1 to 4 carbon atoms, an amino group which may be protected, a mono- or di-alkylamino group which may be substituted by an alkyl group having from 1 to 4 carbon atoms, an alkyl group having from 1 to 4 carbon atoms and a halogen atom; or a salt thereof.