2-(2-deoxy-β-D-ribofuranosyl)indole | 170079-37-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 2-(2-deoxy-β-D-ribofuranosyl)indole
• 英文别名: 1β-(1H-indol-2-yl)deoxyribose；(2R,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(1H-indol-2-yl)oxolan-3-ol
• CAS: 170079-37-5
• 化学式: C₁₃H₁₅NO₃
• 分子量: 233.267
• InChiKey: LYNMPUYMWHLXLY-YNEHKIRRSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.2
• 重原子数：
  17
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  65.5
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  3

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-(2-deoxy-β-D-ribofuranosyl)indole 在 吡啶 、 四氮唑 、 4-二甲氨基吡啶 、 三乙胺 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 19.0h， 生成 Diisopropyl-phosphoramidous acid (2R,3S,5R)-2-[bis-(4-methoxy-phenyl)-phenyl-methoxymethyl]-5-(1H-indol-2-yl)-tetrahydro-furan-3-yl ester 2-cyano-ethyl ester
  参考文献：
  名称：

  小槽氢键受体和供体对四种非天然碱基对稳定性和复制的影响

  摘要：

  报道了含有苯并呋喃、苯并噻吩、吲哚和苯并三唑核碱基的非天然核苷酸之间形成的自对的 DNA 的稳定性和复制。这些核碱基类似物基于类似的支架，但具有不同的氢键供体/受体基团，这些基团预计定向在双链小沟中。非自然碱基对似乎不会引起主要的结构扭曲，并且在 B 型双链体的限制范围内。这些非天然碱基对之间的差异仅体现在聚合酶介导的延伸步骤中，而不体现在碱基对稳定性或合成中。苯并三唑自身对的扩展效率仅比正确的天然碱基对低 200 倍。

  DOI：

  10.1021/ja034099w
• 作为产物：
  描述：

  bis-(O-toluoyl)-1β-(1H-indol-2-yl)deoxyribose 在 甲醇 、 sodium methylate 作用下， 反应 12.0h， 以55%的产率得到2-(2-deoxy-β-D-ribofuranosyl)indole
  参考文献：
  名称：

  Modular synthesis of 1-α- and 1-β-(indol-2-yl)-2′-deoxyribose C-nucleosides

  摘要：

  本研究开发了一种简单的两步法，用于选择性地制备同分异构体纯的 1δ-和 1δ-(吲哚-2-基)脱氧核糖衍生物。该合成基于 1δ-和 1δ-²-乙炔基脱氧核糖与 2-卤代苯胺的 Sonogashira 反应，然后在钯络合物催化下环化成相应的吲哚基脱氧核苷。

  DOI：

  10.1039/c1ob05844d

文献信息

• Synthesis of C-Deoxyribonucleosides Bearing Typical Aromatic Heterocycles as Base Moiety
  作者：Masataka Yokoyama、Takahiro Akiba、Hideo Togo

  DOI：10.1055/s-1995-3969

  日期：1995.6

  Seven C-2-deoxy-D- ribonucleosides bearing typical aromatic heterocycles as base moiety are synthesized in good yields by the stereoselective addition of lithium salts of aromatic heterocycles to the silyl-protected 2-deoxy-D-ribose followed by cyclization and deprotection.

  通过将芳香杂环的锂盐与硅烷保护的 2-脱氧-D-核糖进行立体选择性加成，然后进行环化和脱保护，以良好的产率合成了七种以典型芳香杂环为基团的 C-2-脱氧-D-核糖核苷。
• Modular synthesis of 1-α- and 1-β-(indol-2-yl)-2′-deoxyribose C-nucleosides
  作者：David Nečas、Denisa Hidasová、Michal Hocek、Martin Kotora

  DOI：10.1039/c1ob05844d

  日期：——

  A simple two-step method for the selective preparation of anomerically pure 1α- and 1β-(indol-2-yl)deoxyribose derivatives was developed. The synthesis was based on the Sonogashira reaction of 1α- and 1β-ethynyldeoxyribose and 2-haloanilines followed by a Pd-complex catalyzed cyclization to the corresponding indolyldeoxyribosides.

  本研究开发了一种简单的两步法，用于选择性地制备同分异构体纯的 1δ-和 1δ-(吲哚-2-基)脱氧核糖衍生物。该合成基于 1δ-和 1δ-²-乙炔基脱氧核糖与 2-卤代苯胺的 Sonogashira 反应，然后在钯络合物催化下环化成相应的吲哚基脱氧核苷。
• The Effect of Minor-Groove Hydrogen-Bond Acceptors and Donors on the Stability and Replication of Four Unnatural Base Pairs
  作者：Shigeo Matsuda、Allison A. Henry、Peter G. Schultz、Floyd E. Romesberg

  DOI：10.1021/ja034099w

  日期：2003.5.1

  these unnatural base pairs are manifest only in the polymerase-mediated extension step, not in base-pair stability or synthesis. The benzotriazole self-pair is extended with an efficiency that is only 200-fold less than a correct natural base pair. The data are discussed in terms of available polymerase crystal structures and imply that further modifications may result in unnatural base pairs that can

  报道了含有苯并呋喃、苯并噻吩、吲哚和苯并三唑核碱基的非天然核苷酸之间形成的自对的 DNA 的稳定性和复制。这些核碱基类似物基于类似的支架，但具有不同的氢键供体/受体基团，这些基团预计定向在双链小沟中。非自然碱基对似乎不会引起主要的结构扭曲，并且在 B 型双链体的限制范围内。这些非天然碱基对之间的差异仅体现在聚合酶介导的延伸步骤中，而不体现在碱基对稳定性或合成中。苯并三唑自身对的扩展效率仅比正确的天然碱基对低 200 倍。