1-β-D-ribofuranosyl-3-nitropyrrole | 326488-03-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 1-β-D-ribofuranosyl-3-nitropyrrole
• 英文别名: 1-β-D-ribofuranosyl-3-nitropyrrole；1-beta-D-ribofuranosyl-3-nitropyrrole；2-Hydroxymethyl-5-(3-nitro-pyrrol-1-yl)-tetrahydro-furan-3,4-diol；(2R,3S,4R,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(3-nitropyrrol-1-yl)oxolane-3,4-diol
• CAS: 326488-03-3
• 化学式: C₉H₁₂N₂O₆
• 分子量: 244.204
• InChiKey: YCESYCIZPBRSAM-FNCVBFRFSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.1
• 重原子数：
  17
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  121
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-β-D-ribofuranosyl-3-nitropyrrole 在 磷酸三乙酯 、 三氯氧磷 作用下， 反应 3.0h， 以64%的产率得到3-nitro-1-(β-D-ribofuranosyl)pyrrole 5'-phosphate
  参考文献：
  名称：

  探究 AIR 羧化酶紧密结合抑制剂的作用机制

  摘要：

  氨基咪唑核糖核苷酸 (AIR) 羧化酶催化嘌呤中间体 4-羧基-5-氨基咪唑核糖核苷酸 (CAIR) 的合成。以前，我们已经表明化合物 4-硝基-5-氨基咪唑核糖核苷酸 (NAIR) 是一种缓慢、紧密结合的酶抑制剂，Ki 为 0.34 nM。NAIR 的结构属性和缓慢、紧密的结合特性表明该化合物是一种过渡态或反应性中间体类似物。然而，尚不清楚 NAIR 的哪些分子特征有助于 AIR 羧化酶的两种拟议机制中的任何一种的模拟特性。为了获得关于 NAIR 对 AIR 羧化酶的有效抑制机制的更多信息，制备并评估了一系列杂环类似物。我们发现所有化合物都是比 NAIR 更弱的抑制剂，并且 CAIR 类似物不是该酶的替代底物。令人惊讶的是，NAIR 结构的相当细微的变化会导致结合亲和力的深刻变化。酶中间体和这些抑制剂的计算研究表明，NAIR 显示出类似于提议的反应中间体的静电势表面。结果表明 AIR 羧

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2008.11.057

文献信息

• [EN] LIGAND-MODIFIED DOUBLE-STRANDED NUCLEIC ACIDS<br/>[FR] ACIDES NUCLÉIQUES DOUBLE BRIN MODIFIÉS PAR UN LIGAND
  申请人：DICERNA PHARMACEUTICALS INC

  公开号：WO2016100401A1

  公开（公告）日：2016-06-23

  The invention provides for double stranded nucleic acid molecules comprising a 5 'extension of the sense or antisense strand and further comprising a plurality of nucleotides that are conjugated to a ligand and methods of using the double-stranded nucleic acid molecules. Ligand-modified oligomers where the sense stands form a tetraloop provide new potent and stable RNA interference agents. These dsNA molecules are synthesized using a plurality of nucleotides that include ligand-modified monomers, nucleotide analog monomers, modified nucleotide monomers and the like, using standard nucleotide synthetic methods and systems.

  该发明提供了包括具有感链或反义链的5'延伸以及进一步包括与配体结合的多个核苷酸的双链核酸分子，以及使用这些双链核酸分子的方法。其中，感链形成四环的配体修饰寡聚物提供了新的强效和稳定的RNA干扰剂。这些双链核酸分子是使用包括配体修饰单体、核苷酸类似物单体、修饰核苷酸单体等的多个核苷酸合成的，使用标准的核苷酸合成方法和系统。
• [EN] LIGAND-2'-MODIFIED NUCLEIC ACIDS, SYNTHESIS THEREOF AND INTERMEDIATE COMPOUNDS THEREOF<br/>[FR] ACIDES NUCLÉIQUES MODIFIÉS PAR LIGAND-2', SYNTHÈSE DE CEUX-CI ET COMPOSÉS INTERMÉDIAIRES DE CEUX-CI
  申请人：DICERNA PHARMACEUTICALS INC

  公开号：WO2021041756A1

  公开（公告）日：2021-03-04

  The present invention relates to methods for synthesizing compounds useful as potent and stable RNA interference agents, derivatives thereof, and intermediates thereto.

  本发明涉及用作强效且稳定的RNA干扰剂的化合物的合成方法，其衍生物以及中间体。
• HISTONE DEACETYLASE 6 (HDAC6) BIOMARKERS IN MULTIPLE MYELOMA
  申请人：Acetylon Pharmaceuticals, Inc.

  公开号：US20150176076A1

  公开（公告）日：2015-06-25

  The invention relates to histone deacetylase (HDAC) biomarkers in multiple myeloma. Specifically, the biomarkers are drug specific, histone deacetylase (HDAC) or HDAC6 biomarker RNAs for multiple myeloma. The invention also relates to a kit for determining the treatment efficiency of a HDAC6 inhibitor, and a kit for identifying a histone deacetylase 6 (HDAC6) inhibitor. The invention further relates to a method for monitoring treatment efficiency of an HDAC inhibitor in a subject.

  这项发明涉及多发性骨髓瘤中组蛋白去乙酰化酶（HDAC）生物标志物。具体来说，这些生物标志物是针对药物的、用于多发性骨髓瘤的组蛋白去乙酰化酶（HDAC）或HDAC6生物标志物RNA。该发明还涉及一种用于确定HDAC6抑制剂治疗效果的试剂盒，以及一种用于识别组蛋白去乙酰化酶6（HDAC6）抑制剂的试剂盒。该发明还涉及一种监测受试者中HDAC抑制剂治疗效果的方法。
• Amine Cationic Lipids and Uses Thereof
  申请人：Dicerna Pharmaceuticals, Inc.

  公开号：US20140371293A1

  公开（公告）日：2014-12-18

  The present invention relates to lipid compounds and uses thereof. In particular, the compounds include a class of cationic lipids having an amine moiety, such as an amino-amine or an amino-amide moiety. The lipid compounds are useful for in vivo or in vitro delivery of one or more agents (e.g., a polyanionic payload or an antisense payload, such as an RNAi agent).

  本发明涉及脂质化合物及其用途。具体而言，这些化合物包括一类具有胺基团的阳离子脂质，例如氨基-胺或氨基-酰胺基团。这些脂质化合物可用于体内或体外传递一个或多个药物（例如，多聚阴离子荷载物或反义荷载物，如RNAi药物）。
• MODIFICATION OF DOUBLE-STRANDED RIBONUCLEIC ACID MOLECULES
  申请人：Quay Steven C.

  公开号：US20090018097A1

  公开（公告）日：2009-01-15

  A double-stranded RNA (dsRNA) molecule comprising between about 15 base pairs and about 40 base pairs, wherein at least one ribonucleotide of the dsRNA is a 5′-methyl-pyrimidine and/or at least one 2′-O-methyl ribonucleotide, and a method of improving ribonuclease stability, reducing off-target effects of a double stranded siRNA molecule, or of reducing interferon responsiveness of a double stranded siRNA molecule using such dsRNA.

  一种含有大约15个碱基对至约40个碱基对的双链RNA（dsRNA）分子，其中dsRNA的至少一个核糖核苷酸是5'-甲基嘧啶和/或至少一个2'-O-甲基核糖核苷酸，并且使用这种dsRNA来改善核糖核酸酶稳定性、减少双链siRNA分子的非特异性效应或减少双链siRNA分子的干扰素响应的方法。