[(2R,3S,4R,5R)-3-Azidomethyl-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-4-hydroxy-tetrahydro-furan-2-yl]-acetic acid | 622381-14-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: [(2R,3S,4R,5R)-3-Azidomethyl-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-4-hydroxy-tetrahydro-furan-2-yl]-acetic acid
• 英文别名: 2-[(2R,3S,4R,5R)-3-(azidomethyl)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-4-hydroxyoxolan-2-yl]acetic acid
• CAS: 622381-14-0
• 化学式: C₁₁H₁₃N₅O₆
• 分子量: 311.254
• InChiKey: OHYCZBBMJCQMAI-SXILTZBTSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.9
• 重原子数：
  22
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.55
• 拓扑面积：
  131
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  [(2R,3S,4R,5R)-3-Azidomethyl-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-4-hydroxy-tetrahydro-furan-2-yl]-acetic acid 在 吡啶 、 偶氮二异丁腈 、 三正丁基氢锡 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 、 甲苯 为溶剂， 反应 120.42h， 生成 [(2R,3R,4R,5R)-3-Aminomethyl-4-(tert-butyl-dimethyl-silanyloxy)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-tetrahydro-furan-2-yl]-acetic acid
  参考文献：
  名称：

  酰胺修饰的RNA：3'-氨基甲基-5'-羧基-3'，5'-二脱氧核苷的合成

  摘要：

  RNA干扰的最新发现重新激发了人们对化学修饰RNA的兴趣。化学方法可用于优化小干扰RNA的特性，例如热稳定性，细胞递送，体内半衰期和药代动力学。从这个角度看，酰胺是RNA中的中性和疏水核苷间键，是非常有趣的修饰，迄今为止尚未在RNA干扰中进行过测试。酰胺是RNA磷酸二酯主链的非常好的模拟物，可以使用相对简单的肽偶联化学方法制备。阻碍该领域进展的合成挑战是制备用于此类偶联的单体结构单元，即核苷氨基酸当量。在此处，我们报道了两种对映体纯的3'-氨基甲基-5'-羧基-3'，5'-二脱氧核苷的合成路线，这些单体用于制备酰胺修饰的RNA。使用硝基醛醇化学方法对尿苷（天然核苷的代表）进行修饰，可分16步获得目标氨基酸，总产率为9％。从葡萄糖开始的替代合成效率稍低（17步，3′-叠氮基甲基-5′-羧基-3′，5′-二脱氧尿苷的产率为6％），但是提供了更容易获得具有其他杂环碱基的修饰核苷的途径。本文开发的

  DOI：

  10.1021/jo060457c
• 作为产物：
  描述：

  3,5-dideoxy-3-<(benzoyloxy)methyl>-1,2-O-isopropylidene-α-D-allofuranose 在 吡啶 、 盐酸 、 2,2,6,6-tetramethyl-piperidine-N-oxyl 、 sodium hydroxide 、 sodium azide 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 碘苯二乙酸 、 三氯化硼 、 三乙胺 作用下， 以 甲醇 、 正己烷 、 二氯甲烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 异丙醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 176.33h， 生成 [(2R,3S,4R,5R)-3-Azidomethyl-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-4-hydroxy-tetrahydro-furan-2-yl]-acetic acid
  参考文献：
  名称：

  3'，5'-C-支链核苷的总合成。

  摘要：

  [反应：见正文]使用立体选择性醛烷基炔化，爱尔兰-克莱森重排和碘内酯化为关键反应，完成了3'，5'-C-支链尿苷叠氮酸的新型全合成。与从碳水化合物开始的传统路线相比，本方法更有效，更灵活，可用于将来的优化，并提供了产品的两种对映异构体的途径。因为关键化学反应不涉及3'-和5'-C取代基，所以我们的方法是3'，5'-C烷基核苷类似物的通用方法。

  DOI：

  10.1021/ol035619v

文献信息

• Total Synthesis of 3‘,5‘-C-Branched Nucleosides
  作者：Eriks Rozners、Qun Xu

  DOI：10.1021/ol035619v

  日期：2003.10.1

  [reaction: see text] A novel total synthesis of 3',5'-C-branched uridine azido acid has been accomplished using stereoselective aldehyde alkynylation, Ireland-Claisen rearrangement, and iodolactonization as the key reactions. Compared to traditional routes that start from carbohydrates, the present methodology is more efficient, flexible for future optimization, and provides access to both enantiomers

  [反应：见正文]使用立体选择性醛烷基炔化，爱尔兰-克莱森重排和碘内酯化为关键反应，完成了3'，5'-C-支链尿苷叠氮酸的新型全合成。与从碳水化合物开始的传统路线相比，本方法更有效，更灵活，可用于将来的优化，并提供了产品的两种对映异构体的途径。因为关键化学反应不涉及3'-和5'-C取代基，所以我们的方法是3'，5'-C烷基核苷类似物的通用方法。
• Toward Amide-Modified RNA:  Synthesis of 3‘-Aminomethyl-5‘-carboxy-3‘,5‘-dideoxy Nucleosides
  作者：Qun Xu、Dace Katkevica、Eriks Rozners

  DOI：10.1021/jo060457c

  日期：2006.8.1

  delivery, in vivo half-life, and pharmacokinetics. From this perspective, amides as neutral and hydrophobic internucleoside linkages in RNA are highly interesting modifications that so far have not been tested in RNA interference. Amides are remarkably good mimics of the phosphodiester backbone of RNA and can be prepared using a relatively straightforward peptide coupling chemistry. The synthetic challenge

  RNA干扰的最新发现重新激发了人们对化学修饰RNA的兴趣。化学方法可用于优化小干扰RNA的特性，例如热稳定性，细胞递送，体内半衰期和药代动力学。从这个角度看，酰胺是RNA中的中性和疏水核苷间键，是非常有趣的修饰，迄今为止尚未在RNA干扰中进行过测试。酰胺是RNA磷酸二酯主链的非常好的模拟物，可以使用相对简单的肽偶联化学方法制备。阻碍该领域进展的合成挑战是制备用于此类偶联的单体结构单元，即核苷氨基酸当量。在此处，我们报道了两种对映体纯的3'-氨基甲基-5'-羧基-3'，5'-二脱氧核苷的合成路线，这些单体用于制备酰胺修饰的RNA。使用硝基醛醇化学方法对尿苷（天然核苷的代表）进行修饰，可分16步获得目标氨基酸，总产率为9％。从葡萄糖开始的替代合成效率稍低（17步，3′-叠氮基甲基-5′-羧基-3′，5′-二脱氧尿苷的产率为6％），但是提供了更容易获得具有其他杂环碱基的修饰核苷的途径。本文开发的