(2,4-diamino-6-oxo-1,6-dihydro-pyrimidin-5-yl)-acetic acid tert-butyl ester | 654679-42-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: (2,4-diamino-6-oxo-1,6-dihydro-pyrimidin-5-yl)-acetic acid tert-butyl ester
• CAS: 654679-42-2
• 化学式: C₁₀H₁₆N₄O₃
• 分子量: 240.262
• InChiKey: LNWAETQJGYFRMZ-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.18
• 重原子数：
  17.0
• 可旋转键数：
  2.0
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  124.09
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  6.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (2,4-diamino-6-oxo-1,6-dihydro-pyrimidin-5-yl)-acetic acid tert-butyl ester 在 盐酸 作用下， 反应 2.0h， 生成 (2,4-Diamino-6-oxo-1,6-dihydro-pyrimidin-5-yl)-acetic acid
  参考文献：
  名称：

  双链 DNA 和 RNA 中极简非规范位点的筛选揭示了荧光碱基探针的背景和基序选择性结合

  摘要：

  一种半理性方法可检测双链 DNA 和 RNA 中非规范对 (NCP) 位点的低亲和力结合。针对具有单脱碱基、单 NCP 和串联 NCP 位点的 dsDNA 和 dsRNA 筛选一组带有非生物（三嗪、嘧啶）和天然 RNA 碱基的荧光噻唑橙探针。荧光探针的结合揭示了与 NCP 的新颖且选择性的碱基相互作用，为靶向 RNA 中非规范基序的新策略奠定了基础。

  DOI：

  10.1002/chem.202103616
• 作为产物：
  描述：

  溴乙酸叔丁酯 、 2,4-二氨基-6-羟基嘧啶 在 碳酸氢钠 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 72.0h， 以75%的产率得到(2,4-diamino-6-oxo-1,6-dihydro-pyrimidin-5-yl)-acetic acid tert-butyl ester
  参考文献：
  名称：

  双链 DNA 和 RNA 中极简非规范位点的筛选揭示了荧光碱基探针的背景和基序选择性结合

  摘要：

  一种半理性方法可检测双链 DNA 和 RNA 中非规范对 (NCP) 位点的低亲和力结合。针对具有单脱碱基、单 NCP 和串联 NCP 位点的 dsDNA 和 dsRNA 筛选一组带有非生物（三嗪、嘧啶）和天然 RNA 碱基的荧光噻唑橙探针。荧光探针的结合揭示了与 NCP 的新颖且选择性的碱基相互作用，为靶向 RNA 中非规范基序的新策略奠定了基础。

  DOI：

  10.1002/chem.202103616

文献信息

• Formation and Stability of a Janus-Wedge Type of DNA Triplex
  作者：Dongli Chen、Meena、Sunil K. Sharma、Larry W. McLaughlin

  DOI：10.1021/ja038081x

  日期：2004.1.1

  A new type of DNA targeting with the formation of a Janus-Wedge (J-W) triple helix is described. The "wedge" residue (W) attached to a PNA backbone is designed to insert itself into double-stranded DNA and base pair with both Watson-Crick faces. To study the stability of such an assembly, we have examined the formation of the J-W triplex with dC8 - T8 target sequence. The use of this target sequence permits the study of this new helix form without competing Watson-Crick interactions between the two target residues. Studies indicate that the W strand binds to both target strands, with defined polarity and a stability (-15.2 kcal/mol) that is roughly the sum of the two independent duplex interactions.
• [EN] BIFACIAL PEPTIDE NUCLEIC ACID PROBES AND METHODS OF USING THEREOF<br/>[FR] SONDES D'ACIDES NUCLÉIQUES PEPTIDIQUES BIFACIALES ET LEURS PROCÉDÉS D'UTILISATION
  申请人：[en]OHIO STATE INNOVATION FOUNDATION

  公开号：WO2024010977A1

  公开（公告）日：2024-01-11

  Disclosed herein are bifacial peptide nucleic acid probes. These probes can include a triplex hybrid forming moiety (e.g., a plurality of binding motifs disposed along a peptidyl backbone) conjugated to a prosthetic group. The triplex hybrid forming moiety can bind to a non-canonical base pairing site in a target nucleic acid via triplex hybridization. In this way, a variety of prosthetic groups (e.g., dyes, labels, reactive groups, etc.) can be selectively delivered to a target nucleic acid (e.g.,in vivo,in vitro, orex vivo).