N-(tert-butoxycarbonyl)-4-(2-azidoethoxy)-L-phenylalanine methyl ester | 1434445-06-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: N-(tert-butoxycarbonyl)-4-(2-azidoethoxy)-L-phenylalanine methyl ester
• 英文别名: (S)-methyl 3-(4-(2-azidoethoxy)phenyl)-2-((tert-butoxycarbonyl)amino)propanoate；(S)-Methyl 3-(4-(2-azidoethoxy)phenyl)-2-((tert-butoxycarbonyl)amino)propanoate；methyl (2S)-3-[4-(2-azidoethoxy)phenyl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]propanoate
• CAS: 1434445-06-3
• 化学式: C₁₇H₂₄N₄O₅
• 分子量: 364.401
• InChiKey: WPKORRIGARAFMJ-AWEZNQCLSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.9
• 重原子数：
  26
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.53
• 拓扑面积：
  88.2
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-(tert-butoxycarbonyl)-4-(2-azidoethoxy)-L-phenylalanine methyl ester 在 一水合肼 、 三氟乙酸 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 生成
  参考文献：
  名称：

  基于两步生物正交活性的蛋白质谱分析的单个人类蛋白酶体催化位点。

  摘要：

  生物正交化学可以选择性修饰复杂生物样品中的生物分子。这种方法的一种应用是基于两步活动的基于蛋白质的蛋白质谱分析（ABPP），在使用荧光或生物素化探针的直接ABPP无效的情况下，这种方法特别有吸引力。本文中，我们描述了一组降冰片烯修饰的，基于机理的蛋白酶体抑制剂，旨在对人组成型蛋白酶体和免疫蛋白酶体的六个催化位点中的每一个都具有选择性。针对β1i，β2i，β5c和β5i开发的探针被证明是有用的两步ABP，可通过反电子需求Diels-Alder（iEDDA）连接有效地标记Raji细胞提取物和活Raji细胞中已发育的蛋白酶体亚基。为β1c开发的化合物被证明无法穿透细胞膜，但可在体外有效标记β1c。为β2c开发的化合物证明没有选择性，但在体外和原位通过叠氮化物-炔炔单击连接化学方法证明其含叠氮化物的类似物LU-002c在标记β2c方面均有效。总的来说，我们的结果有助于增加蛋白酶体活性工具的清单，其

  DOI：

  10.1002/cbic.201900551
• 作为产物：
  描述：

  methyl (S)-3-(4-(2-bromoethoxy)phenyl)-2-((tert-butoxycarbonyl)amino)propanoate 在 sodium azide 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 20.0h， 以100%的产率得到N-(tert-butoxycarbonyl)-4-(2-azidoethoxy)-L-phenylalanine methyl ester
  参考文献：
  名称：

  Methods and compositions for labeling polypeptides

  摘要：

  许多蛋白质的合成在翻译水平上受到严格控制，并在细胞生长和增殖、信号传导、分化或死亡等基本过程中发挥着重要作用。允许成像和识别新生蛋白质的方法有助于解析翻译的调控，无论是在空间上还是时间上，包括在整个生物体中。本文介绍了一种在细胞和动物中成像和亲和纯化新生多肽的强大化学方法，该方法基于链霉素类似物。本发明的链霉素类似物与新生多肽链形成共价结合物，这些结合物被蛋白酶体迅速降解，并可以通过生物正交反应（例如[3+2]环加成）进行可视化和特异捕获。本发明的方法在成像蛋白质合成和鉴定在不同生理和病理条件下体内合成的蛋白质方面具有广泛适用性。

  公开号：

  US09212381B2

文献信息

• The genetic incorporation of thirteen novel non-canonical amino acids
  作者：Alfred Tuley、Yane-Shih Wang、Xinqiang Fang、Yadagiri Kurra、Yohannes H. Rezenom、Wenshe R. Liu

  DOI：10.1039/c3cc49068h

  日期：——

  Thirteen novel non-canonical amino acids were synthesized and tested for suppression of an amber codon using a mutant pyrrolysyl-tRNA synthetase–tRNAPylCUA pair.

  十三种新型非规范氨基酸被合成并测试，用于通过突变的吡咯赖氨酰-tRNA合成酶-tRNAPylCUA对抗琥珀密码子的抑制。
• Structure-Based Design of Inhibitors Selective for Human Proteasome β2c or β2i Subunits
  作者：Bo-Tao Xin、Eva M. Huber、Gerjan de Bruin、Wolfgang Heinemeyer、Elmer Maurits、Christofer Espinal、Yimeng Du、Marissa Janssens、Emily S. Weyburne、Alexei F. Kisselev、Bogdan I. Florea、Christoph Driessen、Gijsbert A. van der Marel、Michael Groll、Herman S. Overkleeft

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.8b01884

  日期：2019.2.14

  Subunit-selective proteasome inhibitors are valuable tools to assess the biological and medicinal relevance of individual proteasome active sites. Whereas the inhibitors for the β1c, β1i, β5c, and β5i subunits exploit the differences in the substrate-binding channels identified by X-ray crystallography, compounds selectively targeting β2c or β2i could not yet be rationally designed because of the high structural

  亚单位选择性蛋白酶体抑制剂是评估单个蛋白酶体活性位点生物学和医学相关性的有价值的工具。尽管β1c，β1i，β5c和β5i亚基的抑制剂利用了X射线晶体学鉴定的底物结合通道的差异，但由于这些化合物的高度结构相似性，因此尚无法合理设计选择性靶向β2c或β2i的​​化合物两个亚单位。在这里，我们报告了一个化合物库的开发，化学合成和生物学筛选，该过程导致了对β2c和β2i选择性化合物LU-002c的鉴定（4； IC50β2c：8 nM，IC50β2i/β2c：40-倍数）和LU-002i（5; IC50β2i：220 nM，IC50β2c/β2i：45倍）。具有β2人源化酵母蛋白酶体的共晶体结构可可视化对于亚基特异性至关重要的蛋白质-配体相互作用。总而言之，有机合成，基于活性的蛋白质谱分析，酵母诱变和结构生物学使我们能够破译β2底物结合通道的显着差异，并完成了一组亚基选择性蛋白酶体抑制剂的研究。
• Synthesis and Incorporation of Unnatural Amino Acids To Probe and Optimize Protein Bioconjugations
  作者：Johnathan C. Maza、Jaclyn R. McKenna、Benjamin K. Raliski、Matthew T. Freedman、Douglas D. Young

  DOI：10.1021/acs.bioconjchem.5b00424

  日期：2015.9.16

  The utilization of unnatural amino acids (UAAs) in bioconjugations is ideal due to their ability to confer a degree of bioorthogonality and specificity. In order to elucidate optimal conditions for the preparation of bioconjugates with UAAs, we synthesized 9 UAAs with variable methylene tethers (2–4) and either an azide, alkyne, or halide functional group. All 9 UAAs were then incorporated into green

  由于非天然氨基酸（UAA）具有一定程度的生物正交性和特异性，因此它们在生物结合中的应用是理想的。为了阐明制备具有UAA的生物共轭物的最佳条件，我们合成了9个带有可变亚甲基系链（2-4）和叠氮化物，炔烃或卤化物官能团的UAA。然后使用混杂的氨酰基-tRNA合成酶将所有9个UAA掺入绿色荧光蛋白（GFP）中。然后通过与荧光团或衍生化的树脂反应，分析不同的生物共轭物的最佳系链长度。有趣的是，发现最佳的系链长度取决于反应的类型。总的来说，这些发现提供了对各种参数的更好的理解，这些参数可以被优化以有效地制备生物缀合物。
• Azidoethoxyphenylalanine as a Vibrational Reporter and Click Chemistry Partner in Proteins
  作者：Elise M. Tookmanian、Christine M. Phillips‐Piro、Edward E. Fenlon、Scott H. Brewer

  DOI：10.1002/chem.201503908

  日期：2015.12.21

  that the azide group at the 149 site was not fully solvated despite the location in sfGFP and the three‐atom linker between the azido group and the aromatic ring of AePhe. An X‐ray crystal structure of sfGFP‐149‐AePhe was solved at 1.45 Å resolution and provides an explanation for the IR data as the flexible linker adopts a conformation which partially buries the azide on the protein surface. Both

  一种非天然氨基酸 4-(2-叠氮乙氧基)-L-苯丙氨酸 (AePhe, 1 ) 是由已知化合物设计并分三步合成的，总产率为 54%。通过比较水和二甲亚砜中叠氮化物不对称伸缩振动的频率，建立了 AePhe 叠氮化物红外吸收的灵敏度。通过琥珀密码子抑制方法，AePhe 成功整合到超级文件夹绿色荧光蛋白 (sfGFP) 的 133 和 149 位点上。这些 sfGFP 构建体的红外光谱表明，尽管 149 位点处的叠氮基团位于 sfGFP 中并且叠氮基团与 AePhe 芳环之间存在三原子连接体，但其并未完全溶剂化。sfGFP-149-AePhe 的 X 射线晶体结构以 1.45 Å 分辨率解析，并为红外数据提供了解释，因为柔性连接体采用了将叠氮化物部分埋藏在蛋白质表面的构象。两种 sfGFP-AePhe 构建体都有效地与二苯并环辛炔衍生物进行生物正交应变促进的点击环加成。
• METHODS AND COMPOSITIONS FOR LABELING POLYPEPTIDES
  申请人：President and Fellows of Harvard College

  公开号：US20130122535A1

  公开（公告）日：2013-05-16

  Synthesis of many proteins is tightly controlled at the level of translation and plays an essential role in fundamental processes such as cell growth and proliferation, signaling, differentiation or death. Methods that allow imaging and identification of nascent proteins allow for dissecting regulation of translation, both spatially and temporally, including in whole organisms. Described herein are robust chemical methods for imaging and affinity-purifying nascent polypeptides in cells and in animals, based on puromycin analogs. Puromycin analogs of the present invention form covalent conjugates with nascent polypeptide chains, which are rapidly turned over by the proteasome and can be visualized and specifically captured by a bioorthogonal reaction (e.g., [3+2]cycloaddition). The methods of the present invention have broad applicability for imaging protein synthesis and for identifying proteins synthesized under various physiological and pathological conditions in vivo.

  许多蛋白质的合成在翻译水平上受到严格的控制，并在细胞生长和增殖、信号传递、分化或死亡等基本过程中发挥着重要作用。允许成像和鉴定新生蛋白质的方法可以在整个生物体内解剖翻译调控的空间和时间，包括在细胞和动物中。本文介绍了一种基于普鲁霉素类似物的成像和亲和纯化新生多肽的强大化学方法。本发明的普鲁霉素类似物与新生多肽链形成共价结合物，这些共价结合物被蛋白酶体迅速降解，并可以通过生物正交反应（例如[3+2]环加成）进行可视化和特异性捕获。本发明的方法具有广泛的适用性，可用于成像蛋白质合成并在体内识别在各种生理和病理条件下合成的蛋白质。