(7S,12S,18S,23S)-Dimethyl 12,18-dibenzyl-7,23-bis(tert-butoxycarbonylamino)-6,10,13,17,20,24-hexaoxo-5,11,14,16,19,25-hexaaza-15(2,6)-pyridina-1,29(1),3,27(1,4)-tetrabenzenanonacosaphane-1⁴,29⁴-dicarboxylate | 276241-97-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: (7S,12S,18S,23S)-Dimethyl 12,18-dibenzyl-7,23-bis(tert-butoxycarbonylamino)-6,10,13,17,20,24-hexaoxo-5,11,14,16,19,25-hexaaza-15(2,6)-pyridina-1,29(1),3,27(1,4)-tetrabenzenanonacosaphane-1⁴,29⁴-dicarboxylate
• 英文别名: methyl 4-[[4-[[[(2S)-5-[[(2S)-1-[[6-[[(2S)-2-[[(4S)-5-[[4-[(4-methoxycarbonylphenyl)methyl]phenyl]methylamino]-4-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]-5-oxopentanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]pyridin-2-yl]amino]-1-oxo-3-phenylpropan-2-yl]amino]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]-5-oxopentanoyl]amino]methyl]phenyl]methyl]benzoate
• CAS: 276241-97-5
• 化学式: C₇₅H₈₅N₉O₁₄
• 分子量: 1336.55
• InChiKey: VADYCKMXDRZFIY-QHIQJLGDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  9.8
• 重原子数：
  98
• 可旋转键数：
  36
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.32
• 拓扑面积：
  317
• 氢给体数：
  8
• 氢受体数：
  15

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (7S,12S,18S,23S)-Dimethyl 12,18-dibenzyl-7,23-bis(tert-butoxycarbonylamino)-6,10,13,17,20,24-hexaoxo-5,11,14,16,19,25-hexaaza-15(2,6)-pyridina-1,29(1),3,27(1,4)-tetrabenzenanonacosaphane-1⁴,29⁴-dicarboxylate 在 lithium hydroxide 、 水 作用下， 以 1,4-二氧六环 为溶剂， 反应 22.0h， 以92%的产率得到4-(4-{[2-tert-Butoxycarbonylamino-4-(1-carboxy-2-phenyl-ethylcarbamoyl)-butyrylamino]-methyl}-benzyl)-benzoic acid
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and binding properties of a macrobicyclic receptor for N-protected peptides with a carboxylic acid terminus

  摘要：

  通过将二氨基吡啶与适当的氨基酸连接在一起，然后对适当活化的前体进行双分子内环化，合成了一种新型大环受体 3。大循环 3 的特点是在一个开放的碗状空腔的底部设计了一个二氨基吡啶单元，作为羧酸功能的特定结合位点。在碗形结构的边缘还加入了额外的酰胺官能团，为与肽客体相互作用提供了更多的氢键位点。核磁共振滴定实验研究了 3 与 N 保护氨基酸和肽衍生物的结合特性，结果表明 3 在 CDCl3 溶液中对具有羧酸末端的肽具有很强的选择性受体，与 Cbz-β-alanyl-D-alanine 的结合最强（-ΔGass = 22.8 kJ mol-1）。大循环具有合理的对映选择性（Cbz-β-丙氨酰-L-丙氨酸，-ΔGass = 19.1 kJ mol-1），而且 Cbz-β-丙氨酰乳酸的结合力明显弱于相应的 Cbz-β-丙氨酰丙氨酸的结合力（ΔΔGass ≈ 8-9 kJ mol-1）。我们对游离大环和与结合力最强的底物（Cbz-β-丙氨酰-D-丙氨酸）形成的 1:1 复合物进行了分子建模和二维核磁共振研究。这些研究一致表明，大环自行车是一种灵活的受体，它能够通过一系列明确的氢键与丙氨酰丙氨酸酰胺结合，并通过不太明确的氢键与氨基甲酸苄酯官能团结合，从而将 Cbz-β- 丙氨酰-D-丙氨酸底物结合到大环自行车的空腔中。

  DOI：

  10.1039/a908090b
• 作为产物：
  描述：

  Boc-L-谷氨酸烯丙酯 在 四(三苯基膦)钯 四氢吡咯 、 benzotriazol-1-yloxyl-tris-(pyrrolidino)-phosphonium hexafluorophosphate 、 1-羟基苯并三唑 、 N,N-二异丙基乙胺 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 、 三苯基膦 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 42.5h， 生成 (7S,12S,18S,23S)-Dimethyl 12,18-dibenzyl-7,23-bis(tert-butoxycarbonylamino)-6,10,13,17,20,24-hexaoxo-5,11,14,16,19,25-hexaaza-15(2,6)-pyridina-1,29(1),3,27(1,4)-tetrabenzenanonacosaphane-1⁴,29⁴-dicarboxylate
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and binding properties of a macrobicyclic receptor for N-protected peptides with a carboxylic acid terminus

  摘要：

  通过将二氨基吡啶与适当的氨基酸连接在一起，然后对适当活化的前体进行双分子内环化，合成了一种新型大环受体 3。大循环 3 的特点是在一个开放的碗状空腔的底部设计了一个二氨基吡啶单元，作为羧酸功能的特定结合位点。在碗形结构的边缘还加入了额外的酰胺官能团，为与肽客体相互作用提供了更多的氢键位点。核磁共振滴定实验研究了 3 与 N 保护氨基酸和肽衍生物的结合特性，结果表明 3 在 CDCl3 溶液中对具有羧酸末端的肽具有很强的选择性受体，与 Cbz-β-alanyl-D-alanine 的结合最强（-ΔGass = 22.8 kJ mol-1）。大循环具有合理的对映选择性（Cbz-β-丙氨酰-L-丙氨酸，-ΔGass = 19.1 kJ mol-1），而且 Cbz-β-丙氨酰乳酸的结合力明显弱于相应的 Cbz-β-丙氨酰丙氨酸的结合力（ΔΔGass ≈ 8-9 kJ mol-1）。我们对游离大环和与结合力最强的底物（Cbz-β-丙氨酰-D-丙氨酸）形成的 1:1 复合物进行了分子建模和二维核磁共振研究。这些研究一致表明，大环自行车是一种灵活的受体，它能够通过一系列明确的氢键与丙氨酰丙氨酸酰胺结合，并通过不太明确的氢键与氨基甲酸苄酯官能团结合，从而将 Cbz-β- 丙氨酰-D-丙氨酸底物结合到大环自行车的空腔中。

  DOI：

  10.1039/a908090b

文献信息

• Synthesis and binding properties of a macrobicyclic receptor for N-protected peptides with a carboxylic acid terminus
  作者：Peter D. Henley、Christopher P. Waymark、Iain Gillies、Jeremy D. Kilburn

  DOI：10.1039/a908090b

  日期：——

  A novel macrobicyclic receptor, 3, has been synthesised by linking together a diaminopyridine with suitable amino acids, followed by a double intramolecular cyclisation of a suitably activated precursor. Macrobicycle 3 features a diamidopyridine unit, designed to serve as a specific binding site for carboxylic acid functionality, at the base of an open, bowl-shaped cavity. Incorporation of additional amide functionality around the rim of the bowl-shaped structure provides further hydrogen bonding sites to interact with peptidic guests. The binding properties of 3 with N-protected amino acid and peptide derivatives have been investigated by NMR titration experiments, which reveal that 3 is a strong and selective receptor for peptides with a carboxylic acid terminus in CDCl3 solution, the strongest binding being observed with Cbz-β-alanyl-D-alanine (−ΔGass = 22.8 kJ mol−1). The macrobicycle is reasonably enantioselective (Cbz-β-alanyl-L-alanine, −ΔGass = 19.1 kJ mol−1) and notably the binding of Cbz-β-alanyl lactic acids is considerably weaker than the binding of the corresponding Cbz-β-alanyl alanines (ΔΔGass ≈ 8–9 kJ mol−1). Molecular modelling and 2D NMR studies have been carried out on the free macrobicycle and the 1:1 complex formed with the most strongly bound substrate (Cbz-β-alanyl-D-alanine). These studies provide a consistent picture of the macrobicycle as a flexible receptor, which is able to bind the Cbz-β-alanyl-D-alanine substrate in the macrobicyclic cavity with a series of well defined hydrogen bonds to the alanylalanine amide, and less well defined hydrogen bonds to the benzylcarbamate functionality.

  通过将二氨基吡啶与适当的氨基酸连接在一起，然后对适当活化的前体进行双分子内环化，合成了一种新型大环受体 3。大循环 3 的特点是在一个开放的碗状空腔的底部设计了一个二氨基吡啶单元，作为羧酸功能的特定结合位点。在碗形结构的边缘还加入了额外的酰胺官能团，为与肽客体相互作用提供了更多的氢键位点。核磁共振滴定实验研究了 3 与 N 保护氨基酸和肽衍生物的结合特性，结果表明 3 在 CDCl3 溶液中对具有羧酸末端的肽具有很强的选择性受体，与 Cbz-β-alanyl-D-alanine 的结合最强（-ΔGass = 22.8 kJ mol-1）。大循环具有合理的对映选择性（Cbz-β-丙氨酰-L-丙氨酸，-ΔGass = 19.1 kJ mol-1），而且 Cbz-β-丙氨酰乳酸的结合力明显弱于相应的 Cbz-β-丙氨酰丙氨酸的结合力（ΔΔGass ≈ 8-9 kJ mol-1）。我们对游离大环和与结合力最强的底物（Cbz-β-丙氨酰-D-丙氨酸）形成的 1:1 复合物进行了分子建模和二维核磁共振研究。这些研究一致表明，大环自行车是一种灵活的受体，它能够通过一系列明确的氢键与丙氨酰丙氨酸酰胺结合，并通过不太明确的氢键与氨基甲酸苄酯官能团结合，从而将 Cbz-β- 丙氨酰-D-丙氨酸底物结合到大环自行车的空腔中。