A Focused DNA-Encoded Chemical Library for the Discovery of Inhibitors of NAD<sup>+</sup>-Dependent Enzymes
作者:Lik Hang Yuen、Srikanta Dana、Yu Liu、Samuel I. Bloom、Ann-Gerd Thorsell、Dario Neri、Anthony J. Donato、Dmitri Kireev、Herwig Schüler、Raphael M. Franzini
DOI:10.1021/jacs.8b08039
日期:2019.4.3
synthesis of inhibitors for several enzymes including PARP15 and SIRT6. The high dissimilarity of NADEL screening fingerprints for different proteins translated into inhibitors that showed selectivity for their target. The discovery of patterns of enriched structures for six out of eight tested proteins is remarkable for a library of 58 302 DNA-tagged structures and illustrates the prospect of focused DNA-encoded
DNA 编码的化学文库越来越多地用于药物研究,因为它们能够快速发现合成蛋白质配体。在这里,我们探讨了以目标类别为重点的 DNA 编码化学文库是否可以成为实现一系列蛋白质稳健筛选效率的经济高效的工具。该研究表明,为 NAD+ 结合口袋 (NADEL) 设计的 DNA 编码文库有效地对具有 ADP-核糖基转移酶活性的酶的化学结合空间进行采样。提取的信息指导合成多种酶的抑制剂,包括 PARP15 和 SIRT6。不同蛋白质的 NADEL 筛选指纹的高度相似性转化为抑制剂,对其靶标显示出选择性。
DNA-Encoded Dynamic Chemical Library and Its Applications in Ligand Discovery
作者:Yu Zhou、Chen Li、Jianzhao Peng、Liangxu Xie、Ling Meng、Qingrong Li、Jianfu Zhang、Xiang David Li、Xin Li、Xuhui Huang、Xiaoyu Li
DOI:10.1021/jacs.8b09277
日期:2018.11.21
cooperatively binding small-molecule pairs from large-scale dynamic libraries. Our approach is based on DNA-mediated dynamic hybridization, DNA-encoding, and a photo-cross-linking-based decoding scheme. To demonstrate the generality and performance of this approach, a 10 000-member DNA-encoded dynamic library has been prepared and selected against six protein targets. Specific binders have been identified
动态组合库 (DCL) 已成为配体发现的有效工具,并成为生物医学研究中的重要发现方式。然而,DCL 的应用受到文库多样性低和能够处理大型文库的分析方法有限的严重阻碍。在这里,我们报告了一种解决此限制的策略,并且可以从大型动态库中选择协作结合的小分子对。我们的方法基于 DNA 介导的动态杂交、DNA 编码和基于光交联的解码方案。为了证明这种方法的通用性和性能,我们准备了一个 10 000 名成员的 DNA 编码动态库,并针对六个蛋白质目标进行了选择。已经为每个目标确定了特定的结合剂,我们已经验证了所选配体对与重要细胞功能有关的靶标的生物活性,包括蛋白质脱乙酰化和 sumoylation。值得注意的是,已经开发了一系列新颖的选择性 Sirtuin-3 抑制剂。我们的研究绕过了 DCL 中的一个主要障碍,并可能为针对生物靶标的配体发现提供一种广泛适用的方法。
Synthesis of 1-substituted dihydropyrimidinone and quinazolinone derivatives