N-myristoyl-D-asparagine | 1439789-50-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: N-myristoyl-D-asparagine
• 英文别名: Colibactin prodrug motif；(2R)-4-amino-4-oxo-2-(tetradecanoylamino)butanoic acid
• CAS: 1439789-50-0
• 化学式: C₁₈H₃₄N₂O₄
• 分子量: 342.479
• InChiKey: XCYGCBVZSVXYON-OAHLLOKOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.3
• 重原子数：
  24
• 可旋转键数：
  16
• 环数：
  0.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.83
• 拓扑面积：
  110
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-myristoyl-D-asparagine 在 盐酸 、 1-羟基苯并三唑 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 三乙胺 作用下， 以 乙酸乙酯 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 13.0h， 生成 (2R)-N-[2-(methylamino)ethyl]-2-(tetradecanoylamino)butanediamide hydrochloride
  参考文献：
  名称：

  [EN] CONJUGATES AND METHODS OF USING THE SAME
  [FR] CONJUGUÉS ET LEURS PROCÉDÉS D'UTILISATION

  摘要：

  公开号：

  WO2020037009A8
• 作为产物：
  描述：

  Boc-D-天冬酰胺 在 palladium 10% on activated carbon 、 氢气 、 caesium carbonate 、 三氟乙酸 作用下， 以 甲醇 、 乙醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 25.0 ℃ 、103.42 kPa 条件下， 反应 37.0h， 生成 N-myristoyl-D-asparagine
  参考文献：
  名称：

  [EN] CONJUGATES AND METHODS OF USING THE SAME
  [FR] CONJUGUÉS ET LEURS PROCÉDÉS D'UTILISATION

  摘要：

  公开号：

  WO2020037009A8

文献信息

• <i>In Vitro</i> Characterization of the Colibactin-Activating Peptidase ClbP Enables Development of a Fluorogenic Activity Probe
  作者：Matthew R. Volpe、Matthew R. Wilson、Carolyn A. Brotherton、Ethan S. Winter、Sheila E. Johnson、Emily P. Balskus

  DOI：10.1021/acschembio.9b00069

  日期：2019.6.21

  tools exist to measure its activity. Here, we describe the in vitro biochemical characterization of catalytically active, full-length ClbP. We elucidate its substrate preferences and use this information to develop a fluorogenic activity probe. This tool will enable the discovery of ClbP inhibitors and streamline identification of colibactin-producing bacteria.

  肠道细菌基因毒素大肠菌素与大肠癌的发展有关。在大肠杆菌素生物合成的最后阶段，非活性前体（前colibactin）被ClbP（一种不常见的内膜结合周质肽酶）进行蛋白水解切割，从而产生活性基因毒素。该酶为监测和调节大肠菌素的生物合成提供了机会，但是尚未对其活性形式进行体外研究，并且存在有限的工具来测量其活性。在这里，我们描述了具有催化活性的全长ClbP的体外生化特性。我们阐明了其底物的偏好，并使用此信息来开发荧光活性探针。该工具将能够发现ClbP抑制剂并简化鉴定产生大肠杆菌素的细菌的过程。
• Domain-Targeted Metabolomics Delineates the Heterocycle Assembly Steps of Colibactin Biosynthesis
  作者：Eric P. Trautman、Alan R. Healy、Emilee E. Shine、Seth B. Herzon、Jason M. Crawford

  DOI：10.1021/jacs.7b00659

  日期：2017.3.22

  contributions to colibactin biosynthesis and delineated the assembly line timing events of colibactin heterocycle formation. The analysis also led to the structural characterization of two reactive precolibactin metabolites. We demonstrate the fate of these reactive intermediates in the presence and absence of ClbP, which dictates the formation of distinct product groups resulting from alternative cyclization

  模块化聚酮化合物合酶 (PKS) 和非核糖体肽合成酶 (NRPS) 包含负责许多遗传编码小分子的“装配线”生物合成的巨型多域酶。定点诱变、蛋白质生化和结构研究的重点是阐明单个多域蛋白质和这些巨合成酶中蛋白质域的催化机制。然而，在细胞水平上探索它们的功能通常会导致多域编码基因或基因组合的完全缺失（或过度表达），并将这些突变体与控制途径进行比较。这里我们描述一个“域定位” 将基因组编辑与通路分析相结合的代谢组学策略，以在细胞代谢水平上探测单个 PKS 和 NRPS 催化域的功能。我们将该方法应用于细菌大肠杆菌素途径，这是一种在某些大肠杆菌中发现的基因毒性 NRPS-PKS 杂交途径。该途径产生前大肠杆菌素，其通过专用肽酶 ClbP 转化为大肠杆菌素。域靶向代谢组学能够表征“多域特征”，或 NRPS-PKS 域对通路依赖性代谢组贡献的功能读数。这些多域特征为单个域对大肠杆菌素生物合成的贡献提供了
• Comparative Metabolomics and Structural Characterizations Illuminate Colibactin Pathway-Dependent Small Molecules
  作者：Maria I. Vizcaino、Philipp Engel、Eric Trautman、Jason M. Crawford

  DOI：10.1021/ja503450q

  日期：2014.7.2

  The gene duster responsible for synthesis of the unknown molecule "colibactin" has been identified in mutualistic and pathogenic Escherichia coli. The pathway endows its producer with a long-term persistence phenotype in the human bowel, a probiotic activity used in the treatment of ulcerative colitis, and a carcinogenic activity under host inflammatory conditions. To date, functional small molecules from this pathway have not been reported. Here we implemented a comparative metabolomics and targeted structural network analyses approach to identify a catalog of small molecules dependent on the colibactin pathway from the meningitis isolate E. coli IHE3034 and the probiotic E. coli Nissle 1917. The structures of 10 pathway-dependent small molecules are proposed based on structural characterizations and network relationships. The network will provide a roadmap for the structural and functional elucidation of a variety of other small molecules encoded by the pathway. From the characterized small molecule set, in vitro bacterial growth inhibitory and mammalian CNS receptor antagonist activities are presented.
• Activity-Based Probe for Screening of High-Colibactin Producers from Clinical Samples
  作者：Yuichiro Hirayama、Yuta Tsunematsu、Yuko Yoshikawa、Ryota Tamafune、Nobuo Matsuzaki、Yuji Iwashita、Ippei Ohnishi、Fumihiko Tanioka、Michio Sato、Noriyuki Miyoshi、Michihiro Mutoh、Hideki Ishikawa、Haruhiko Sugimura、Keiji Wakabayashi、Kenji Watanabe

  DOI：10.1021/acs.orglett.9b01345

  日期：2019.6.21

  While high-colibactin-producing Escherichia coil is thought to be associated with colorectal oncogenesis, this study is complicated part due to an inability to isolate colibactin adequately. Here, we created fluorescent probes activated by ClbP, the colibactin-maturing peptidase, to identify high-colibactin-producing strains. Our probe served as a valuable clinical diagnostic tool that allowed simple high throughput diagnostic screening of clinical samples. Furthermore, the probe also allowed identification of high-colibactin producers that would help advance our understanding of colibactin biosynthesis.
• CONJUGATES AND METHODS OF USING THE SAME
  申请人：Flagship Pioneering Innovations V, Inc.

  公开号：EP3836971A1

  公开（公告）日：2021-06-23