subjected to high throughput virtual screening (HTVS), followed by standard precision (SP) and then extra precision (XP) docking (Schrodinger LLC 2021). The ligand strain and complex energy of top hits were calculated by Molecular Mechanics Generalized Born Surface Area (MM/GBSA) method. Promising hit compounds (n = 40) specifically binding to 3CLpro with high energy and average MM/GBSA scores were then subjected
COVID-19 的持续造成的损失已经停止了全球范围内文明的平稳运转。由于对病毒机制的所有基本组成部分的了解有限,并且缺乏这种新病毒的结构信息,最初的药物发现工作取得了有限的成功。功能必需的
SARS-CoV-2 蛋白(包括 3CLpro)的高分辨率晶体结构的可用性支持靶向特异性疗法的开发。3CLpro 是负责病毒
多肽加工的主要
蛋白酶,在
SARS-CoV-2 病毒复制和翻译中起着至关重要的作用,是其他冠状病毒的重要靶标。此外,3CLpro 是再利用药物的目标,例如
洛匹那韦和
利托那韦。在这项研究中,目标蛋白是从蛋白质数据库(PDB IDs:6 M03、6LU7、2GZ7、6 W63、6SQS、6YB7 和 6YVF) 代表主要
蛋白酶的不同开放状态以适应大分子底物。羟
乙胺 (
HEA) 文库是从我们实验室用于筛查疟疾和利什曼原虫寄生虫的所有系列中收集的
化学结构构建而成的。该数据库包含约 1000