5'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-3'-C-methylenecarboxylic-3'-deoxythymidine | 146557-61-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-3'-C-methylenecarboxylic-3'-deoxythymidine
• 英文别名: 2-[(2S,3R,5R)-2-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]acetic acid
• CAS: 146557-61-1
• 化学式: C₂₈H₃₄N₂O₆Si
• 分子量: 522.673
• InChiKey: NFNHQDHBNLJPHC-AGILITTLSA-N

物化性质

• 密度：
  1.25±0.1 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.8
• 重原子数：
  37
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.39
• 拓扑面积：
  105
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-3'-C-methylenecarboxylic-3'-deoxythymidine 在 吡啶 、 二异丙基铵盐四氮唑 、 四丁基氟化铵 、 1-羟基苯并三唑 、 O-(benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium tetrafluoroborate 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 70.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  Mesmaeker, Alain De; Lesueur, Catherine; Bevierre, Marc-Olivier, Angewandte Chemie, 1996, vol. 108, # 23/24, p. 2960 - 2964

  摘要：

  DOI：
• 作为产物：
  描述：

  5'-O-tert-butyldiphenylsilylthymidine 在 4-二甲氨基吡啶 、 sodium chlorite 、 sodium periodate 、 sodium dihydrogenphosphate 、 四氧化锇 、 2-甲基-2-丁烯 、 偶氮二异丁腈 、 N-甲基吗啉氧化物 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 水 、 丙酮 、 叔丁醇 、 苯 为溶剂， 反应 22.5h， 生成 5'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-3'-C-methylenecarboxylic-3'-deoxythymidine
  参考文献：
  名称：

  Syntheses, Crystal Structures, and Hydrogen Bonding Patterns of 3′-C-Methylenecarboxylic-3′-deoxythymidine and 3′-C-Methyleneamidilylic-3′-deoxythymidine

  摘要：

  Thymidine derivatives containing carboxylic acid and amide groups have been synthesized and the hydrogen-bonding patterns of 3'-C-methylenecarboxylic-3'-deoxythymidine 6 and 3'-C-methyleneamidilylic-3'-deoxythymidine 9 have been characterized by using X-ray crystallography.

  DOI：

  10.1080/15257770008035014

文献信息

• [EN] LINKAGE MODIFIED OLIGOMERIC COMPOUNDS<br/>[FR] COMPOSÉS OLIGOMÈRES MODIFIÉS PAR LIAISON
  申请人：IONIS PHARMACEUTICALS INC

  公开号：WO2019245957A1

  公开（公告）日：2019-12-26

  The present invention provides gapped oligomeric compounds comprising from 1 to about 3 internucleoside linkages having one of formulas I to XVI. In certain embodiments, inclusion of from 1 to about 3 internucleoside linkages of one of formulas I to XVI, improves selectivity for a target RNA relative to an off target RNA. In certain embodiments, the improved selectivity also provides an improved toxicity profile. Certain such oligomeric compounds are useful for hybridizing to a complementary nucleic acid, including but not limited, to nucleic acids in a cell. In certain embodiments, hybridization results in modulation of the amount of activity or expression of the target nucleic acid in a cell.

  本发明提供了包含从1到大约3个核苷酸间连接的间隙寡聚合物化合物，其中所述核苷酸间连接具有I至XVI式中的一种。在某些实施例中，包含I至XVI式中的一种核苷酸间连接，可以提高与目标RNA相对于非靶RNA的选择性。在某些实施例中，提高的选择性还提供了改进的毒性概况。某些这样的寡聚合物化合物适用于与互补核酸杂交，包括但不限于细胞中的核酸。在某些实施例中，杂交导致细胞中目标核酸的活性或表达量的调节。
• Synthesis and hybridization properties of amide-linked thymidine dimers incorporated into oligodeoxynucleotides
  作者：Irene Idziak、George Just、Masad J. Damha、Paul A. Giannaris

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)73923-2

  日期：1993.1

  Thymidine dimers, connected by amide or N-methyl amide linkages, have been prepared. The dimers have each been incorporated three times into normal strands of DNA by solid phase synthesis. Thermal denaturation studies indicated that these modifications caused little or no destabilization of the DNA:RNA duplex.

  已经制备了通过酰胺或N-甲基酰胺键连接的胸苷二聚体。通过固相合成将二聚体各自掺入DNA的正常链中三次。热变性研究表明，这些修饰几乎不会引起DNA：RNA双链体的不稳定。
• SYNTHESIS AND PHOTOCHEMICAL BEHAVIOUR OF A T-T DIMER CONTAINING AN AMIDE LINKAGE
  作者：Martial Thomas、Pascale Clivio、Dominique Guillaume、Jean-Louis Fourrey

  DOI：10.1081/ncn-100002460

  日期：2001.3.31

  A T-T dimer characterized by an amide linkage to replace the phosphodiester backbone has been synthesized using a modified radical strategy. The new synthetic approach makes use of a thymidin-3'-yl phosphorodithioate derivative as a precursor of 3'-allyl-3'-deoxythymidine. Standard chemical transformations of this derivative led to the desired T-T dimer incorporating an amide bond. The latter was irradiated

  已使用改良的自由基策略合成了以酰胺键取代磷酸二酯主链为特征的TT二聚体。新的合成方法利用胸苷3'-基二硫代磷酸酯衍生物作为3'-烯丙基-3'-脱氧胸苷的前体。该衍生物的标准化学转化导致所需的掺入酰胺键的TT二聚体。后者用254 nm波长的光照射，主要生成环丁烷和[6-4]光加合物。
• Design and synthesis of calix[4]arene–nucleoside hybrids
  作者：Su Jeong Kim、Byeang Hyean Kim

  DOI：10.1016/s0040-4039(02)01372-2

  日期：2002.9

  between calix[4]arenes and nucleosides) has been achieved by amide bond formation between amine functional groups of para-1,3-diaminocalix[4]arene and carboxylic acid groups of thymidine nucleosides. Three types of calixnucleosides were efficiently prepared and X-ray crystallography of a homocoupled calixnucleoside revealed an interesting hydrogen-bonding pattern between thymine bases and the amide linkages

  通过在对-1，3-二氨基杯[4]芳烃的胺官能团与胸苷核苷的羧酸基团之间形成酰胺键，实现了杯核苷（杯[4]芳烃与核苷之间的杂化分子）的合成。有效地制备了三种类型的杯状核苷，并且均相耦合的杯状核苷的X射线晶体学显示胸腺嘧啶碱和酰胺键之间的有趣的氢键模式。
• Amide-Modified Oligonucleotides with Preorganized Backbone and Furanose Rings: Highly Increased Thermodynamic Stability of the Duplexes Formed with their RNA and DNA Complements
  作者：Alain De Mesmaeker、Jacques Lebreton、Chantal Jouanno、Valérie Fritsch、Romain Wolf、Sebastian Wendeborn

  DOI：10.1055/s-1997-1003

  日期：1997.11

  in R or in S configuration. Only the S stereoisomer can adopt the required geometry to fit into a duplex with complementary RNA. Additional O-methyl groups at C2' of the furanose generate antisense oligonucleotides with considerably improved binding affinity to complementary RNA (ΔTm up to 4.4 °C per modification).

  酰胺骨架修饰 C3'-CH2-CONH-C5' 已通过在 R 或 S 构型的 C5' 处引入甲基而进一步修饰。只有 S 立体异构体可以采用所需的几何形状以适应具有互补 RNA 的双链体。呋喃糖 C2' 处的额外 O-甲基基团产生反义寡核苷酸，其对互补 RNA 的结合亲和力显着提高（每次修改的ΔTm 高达 4.4 °C）。