N⁴-benzoyl-3',5'-O-bis(tert-butyldiphenylsilyl)-2'-O-{2-[(N,N-dimethylamino)oxy]ethyl}-5-methylcytidine | 400821-06-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: N⁴-benzoyl-3',5'-O-bis(tert-butyldiphenylsilyl)-2'-O-{2-[(N,N-dimethylamino)oxy]ethyl}-5-methylcytidine
• 英文别名: N-[1-[(2R,3R,4R,5R)-4-[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]-3-[2-(dimethylaminooxy)ethoxy]oxolan-2-yl]-5-methyl-2-oxopyrimidin-4-yl]benzamide
• CAS: 400821-06-9
• 化学式: C₅₃H₆₄N₄O₇Si₂
• 分子量: 925.285
• InChiKey: CMNXGOYYUYDIHW-VEJGUHMJSA-N

物化性质

• 密度：
  1.12±0.1 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.1
• 重原子数：
  66
• 可旋转键数：
  19
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.34
• 拓扑面积：
  111
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N⁴-benzoyl-3',5'-O-bis(tert-butyldiphenylsilyl)-2'-O-{2-[(N,N-dimethylamino)oxy]ethyl}-5-methylcytidine 在 4-二甲氨基吡啶 、 triethylamine trihydrofluoride 、 二异丙基铵盐四氮唑 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 乙腈 为溶剂， 反应 8.0h， 生成 N⁴-benzoyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-{2-[(N,N-dimethylamino)oxy]ethyl}-5-methylcytidine-3'-[(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropyl]phosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  2'-O- [2-[（N，N-二甲基氨基）氧基]乙基]修饰的核苷和寡核苷酸的合成。

  摘要：

  已开发出一种通用的合成路线，用于合成2'-O- [2-[（N，N-二甲基氨基）氧基]乙基]（缩写为2'-O-DMAOE）修饰的嘌呤和嘧啶核苷及其相应的核苷亚磷酰胺和固体支持物。为了合成2'-O-DMAOE嘌呤核苷，通过将碳-碳键氧化裂解为相应的醛，从2'-O-烯丙基嘌呤核苷（13a和15）获得关键中间体B（方案1）通过减少。为了合成嘧啶核苷，用乙二醇的硼酸酯打开2,2'-脱水-5-甲基尿苷5，得到了关键的中间体B。将2'-O-（2-羟乙基）核苷进行了高产率的转化，通过区域选择性的Mitsunobu反应，形成相应的2'-O- [2-[（1,3-dihydro-1，3-二氧代-2H-异吲哚-2-基）氧基]乙基]核苷（18、19和20）。随后将这些化合物脱保护并转化为2'-O- [2-[（[亚甲基氨基）氧基]乙基]衍生物（22、23和24）。还原并用甲醛进行第二次还原胺化，得到相应的2'-O-

  DOI：

  10.1021/jo0103975
• 作为产物：
  描述：

  2,2'-O-脱水-5-甲基尿嘧啶核苷 在 咪唑 、 1H-1,2,4-三唑 、 4-二甲氨基吡啶 、 硼烷四氢呋喃络合物 、 4-甲基苯磺酸吡啶 、 sodium cyanoborohydride 、 碳酸氢钠 、 三乙胺 、 三苯基膦 、 甲基肼 、 偶氮二甲酸二乙酯 、 三氯氧磷 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 56.17h， 生成 N⁴-benzoyl-3',5'-O-bis(tert-butyldiphenylsilyl)-2'-O-{2-[(N,N-dimethylamino)oxy]ethyl}-5-methylcytidine
  参考文献：
  名称：

  2'-O- [2-[（N，N-二甲基氨基）氧基]乙基]修饰的核苷和寡核苷酸的合成。

  摘要：

  已开发出一种通用的合成路线，用于合成2'-O- [2-[（N，N-二甲基氨基）氧基]乙基]（缩写为2'-O-DMAOE）修饰的嘌呤和嘧啶核苷及其相应的核苷亚磷酰胺和固体支持物。为了合成2'-O-DMAOE嘌呤核苷，通过将碳-碳键氧化裂解为相应的醛，从2'-O-烯丙基嘌呤核苷（13a和15）获得关键中间体B（方案1）通过减少。为了合成嘧啶核苷，用乙二醇的硼酸酯打开2,2'-脱水-5-甲基尿苷5，得到了关键的中间体B。将2'-O-（2-羟乙基）核苷进行了高产率的转化，通过区域选择性的Mitsunobu反应，形成相应的2'-O- [2-[（1,3-dihydro-1，3-二氧代-2H-异吲哚-2-基）氧基]乙基]核苷（18、19和20）。随后将这些化合物脱保护并转化为2'-O- [2-[（[亚甲基氨基）氧基]乙基]衍生物（22、23和24）。还原并用甲醛进行第二次还原胺化，得到相应的2'-O-

  DOI：

  10.1021/jo0103975

文献信息

• Synthesis of 2‘-<i>O</i>-[2-[(<i>N,N</i>-Dimethylamino)oxy]ethyl] Modified Nucleosides and Oligonucleotides
  作者：Thazha P. Prakash、Andrew M. Kawasaki、Allister S. Fraser、Guillermo Vasquez、Muthiah Manoharan

  DOI：10.1021/jo0103975

  日期：2002.1.1

  route has been developed for the synthesis of 2'-O-[2-[(N,N-dimethylamino)oxy]ethyl] (abbreviated as 2'-O-DMAOE) modified purine and pyrimidine nucleosides and their corresponding nucleoside phosphoramidites and solid supports. To synthesize 2'-O-DMAOE purine nucleosides, the key intermediate B (Scheme 1) was obtained from the 2'-O-allyl purine nucleosides (13a and 15) via oxidative cleavage of the carbon-carbon

  已开发出一种通用的合成路线，用于合成2'-O- [2-[（N，N-二甲基氨基）氧基]乙基]（缩写为2'-O-DMAOE）修饰的嘌呤和嘧啶核苷及其相应的核苷亚磷酰胺和固体支持物。为了合成2'-O-DMAOE嘌呤核苷，通过将碳-碳键氧化裂解为相应的醛，从2'-O-烯丙基嘌呤核苷（13a和15）获得关键中间体B（方案1）通过减少。为了合成嘧啶核苷，用乙二醇的硼酸酯打开2,2'-脱水-5-甲基尿苷5，得到了关键的中间体B。将2'-O-（2-羟乙基）核苷进行了高产率的转化，通过区域选择性的Mitsunobu反应，形成相应的2'-O- [2-[（1,3-dihydro-1，3-二氧代-2H-异吲哚-2-基）氧基]乙基]核苷（18、19和20）。随后将这些化合物脱保护并转化为2'-O- [2-[（[亚甲基氨基）氧基]乙基]衍生物（22、23和24）。还原并用甲醛进行第二次还原胺化，得到相应的2'-O-