2'-O-[(2-formadoxyiminooxy)ethyl]-5'-O-tert-butyldiphenylsilyl-5-methyluridine | 212061-26-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 2'-O-[(2-formadoxyiminooxy)ethyl]-5'-O-tert-butyldiphenylsilyl-5-methyluridine
• 英文别名: 5'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-2'-O-[2-(methyleneaminooxy)ethyl]-5-methyluridine；5'-O-tert-butyldiphenylsilyl-2'-O-[(2-formamidoiminooxy)ethyl]-5-methyluridine；1-[(2R,3R,4R,5R)-5-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]-4-hydroxy-3-[2-(methylideneamino)oxyethoxy]oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 212061-26-2
• 化学式: C₂₉H₃₇N₃O₇Si
• 分子量: 567.714
• InChiKey: GWZNBCNHXSZQJK-DLGLWYJGSA-N

物化性质

• 密度：
  1.22±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.7
• 重原子数：
  40
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.41
• 拓扑面积：
  119
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-O-[(2-formadoxyiminooxy)ethyl]-5'-O-tert-butyldiphenylsilyl-5-methyluridine 在 4-甲基苯磺酸吡啶 、 sodium cyanoborohydride 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 2.2h， 以80%的产率得到5'-O-tert-butyldiphenylsilyl-2'-O-[N,N dimethylaminooxyethyl]-5-methyluridine
  参考文献：
  名称：

  Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type II beta inhibitors for inhibiting angiogenesis

  摘要：

  提供了用于调节磷脂酰肌醇-4-磷酸5-激酶IIβ表达的化合物、组合物和方法。这些组合物包括寡核苷酸，针对编码磷脂酰肌醇-4-磷酸5-激酶IIβ的核酸。提供了利用这些化合物调节磷脂酰肌醇-4-磷酸5-激酶IIβ表达以及用于诊断和治疗与磷脂酰肌醇-4-磷酸5-激酶IIβ表达相关的疾病的方法。

  公开号：

  US20030232777A1
• 作为产物：
  描述：

  2,2'-O-脱水-5-甲基尿嘧啶核苷 在 4-二甲氨基吡啶 、 硼烷四氢呋喃络合物 、 碳酸氢钠 、 三苯基膦 、 甲基肼 、 偶氮二甲酸二乙酯 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 为溶剂， 反应 42.0h， 生成 2'-O-[(2-formadoxyiminooxy)ethyl]-5'-O-tert-butyldiphenylsilyl-5-methyluridine
  参考文献：
  名称：

  2'-O- [2-[（N，N-二甲基氨基）氧基]乙基]修饰的核苷和寡核苷酸的合成。

  摘要：

  已开发出一种通用的合成路线，用于合成2'-O- [2-[（N，N-二甲基氨基）氧基]乙基]（缩写为2'-O-DMAOE）修饰的嘌呤和嘧啶核苷及其相应的核苷亚磷酰胺和固体支持物。为了合成2'-O-DMAOE嘌呤核苷，通过将碳-碳键氧化裂解为相应的醛，从2'-O-烯丙基嘌呤核苷（13a和15）获得关键中间体B（方案1）通过减少。为了合成嘧啶核苷，用乙二醇的硼酸酯打开2,2'-脱水-5-甲基尿苷5，得到了关键的中间体B。将2'-O-（2-羟乙基）核苷进行了高产率的转化，通过区域选择性的Mitsunobu反应，形成相应的2'-O- [2-[（1,3-dihydro-1，3-二氧代-2H-异吲哚-2-基）氧基]乙基]核苷（18、19和20）。随后将这些化合物脱保护并转化为2'-O- [2-[（[亚甲基氨基）氧基]乙基]衍生物（22、23和24）。还原并用甲醛进行第二次还原胺化，得到相应的2'-O-

  DOI：

  10.1021/jo0103975

文献信息

• 2‘-<i>O</i>-{2-[<i>N</i>,<i>N</i>-(Dialkyl)aminooxy]ethyl}- Modified Antisense Oligonucleotides
  作者：Thazha P. Prakash、Muthiah Manoharan、Andrew M. Kawasaki、Elena A. Lesnik、Stephen R. Owens、Guillermo Vasquez

  DOI：10.1021/ol006555g

  日期：2000.12.1

  [structure] Oligonucleotides with two novel modifications, 2'-O-¿2-[N, N-(dimethyl)aminooxy]ethyl¿ (2'-O-DMAOE) and 2'-O-¿2-[N, N-(diethyl)aminooxy]ethyl¿ (2'-O-DEAOE), have been synthesized. These modifications exhibit high binding affinity to target RNA (and not to DNA) and enhance the nuclease stability of oligonucleotides considerably with t(1/2) > 24 h as a phosphodiester.

  [结构]具有两个新颖修饰的寡核苷酸，2'-O-¿2-[N，N-（二甲基）氨基氧基]乙基（2'-O-DMAOE）和2'-O-¿2-[N，N -（二乙基）氨基氧基]乙基（2'-O-DEAOE）已经合成。这些修饰表现出对靶RNA（而不是DNA）的高结合亲和力，并以t（1/2）> 24 h作为磷酸二酯显着增强了寡核苷酸的核酸酶稳定性。
• Antisense modulation of cyclin-dependent kinase 6 expression
  申请人：Isis Pharmaceuticals Inc.

  公开号：US20040087523A1

  公开（公告）日：2004-05-06

  Antisense compounds, compositions and methods are provided for modulating the expression of cyclin-dependent kinase 6. The compositions comprise antisense compounds, particularly antisense oligonucleotides, targeted to nucleic acids encoding cyclin-dependent kinase 6. Methods of using these compounds for modulation of cyclin-dependent kinase 6 expression and for treatment of diseases associated with expression of cyclin-dependent kinase 6 are provided.

  提供了用于调节细胞周期依赖性激酶6表达的反义化合物、组合物和方法。这些组合物包括针对编码细胞周期依赖性激酶6的核酸的反义化合物，特别是反义寡核苷酸。提供了利用这些化合物调节细胞周期依赖性激酶6表达以及治疗与细胞周期依赖性激酶6表达相关的疾病的方法。
• Antisense modulation of PTPN12 expression
  申请人：Isis Pharmaceuticals Inc.

  公开号：US20030232434A1

  公开（公告）日：2003-12-18

  Antisense compounds, compositions and methods are provided for modulating the expression of PTPN12. The compositions comprise antisense compounds, particularly antisense oligonucleotides, targeted to nucleic acids encoding PTPN12. Methods of using these compounds for modulation of PTPN12 expression and for treatment of diseases associated with expression of PTPN12 are provided.

  提供了用于调节PTPN12表达的反义化合物、组合物和方法。这些组合物包括针对编码PTPN12的核酸的反义化合物，特别是反义寡核苷酸。提供了使用这些化合物调节PTPN12表达和治疗与PTPN12表达相关疾病的方法。
• Antisense modulation of selenophosphate synthetase 2 expression
  申请人：Isis Pharmaceuticals Inc.

  公开号：US20040002151A1

  公开（公告）日：2004-01-01

  Antisense compounds, compositions and methods are provided for modulating the expression of selenophosphate synthetase 2. The compositions comprise antisense compounds, particularly antisense oligonucleotides, targeted to nucleic acids encoding selenophosphate synthetase 2. Methods of using these compounds for modulation of selenophosphate synthetase 2 expression and for treatment of diseases associated with expression of selenophosphate synthetase 2 are provided.

  提供了用于调节硒磷酸合成酶2表达的反义物化合物、组合物和方法。这些组合物包括针对编码硒磷酸合成酶2的核酸的反义物化合物，特别是反义寡核苷酸。提供了利用这些化合物调节硒磷酸合成酶2表达并治疗与硒磷酸合成酶2表达相关疾病的方法。
• Antisense modulation of SMRT expression
  申请人：Isis Pharmaceuticals Inc.

  公开号：US20040005292A1

  公开（公告）日：2004-01-08

  Antisense compounds, compositions and methods are provided for modulating the expression of SMRT. The compositions comprise antisense compounds, particularly antisense oligonucleotides, targeted to nucleic acids encoding SMRT. Methods of using these compounds for modulation of SMRT expression and for treatment of diseases associated with expression of SMRT are provided.

  提供了用于调节SMRT表达的反义物质、组合物和方法。这些组合物包括针对编码SMRT的核酸的反义物质，特别是反义寡核苷酸。提供了利用这些化合物调节SMRT表达和治疗与SMRT表达相关疾病的方法。