2-benzyloxy-6-(6-trifluoroacetamidohexyl)aminopurine-3'-acetyl-5'-triphosphoryl-2'-deoxy-β-D-riboside | 376631-70-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物
• 英文名称: 2-benzyloxy-6-(6-trifluoroacetamidohexyl)aminopurine-3'-acetyl-5'-triphosphoryl-2'-deoxy-β-D-riboside
• CAS: 376631-70-8
• 化学式: C₂₇H₃₆F₃N₆O₁₅P₃
• 分子量: 834.531
• InChiKey: NBERIOFHHWXMGU-PWRODBHTSA-N

物化性质

• 密度：
  1.75±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.62
• 重原子数：
  54.0
• 可旋转键数：
  20.0
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.52
• 拓扑面积：
  289.31
• 氢给体数：
  6.0
• 氢受体数：
  16.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-benzyloxy-6-(6-trifluoroacetamidohexyl)aminopurine-3'-acetyl-5'-triphosphoryl-2'-deoxy-β-D-riboside 在 ammonium hydroxide 、 palladium on activated charcoal 、 ammonium formate 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 6-(6-aminohexyl)aminopurine-5'-triphosphoryl-2'-deoxyisoguanosine
  参考文献：
  名称：

  使用扩展遗传字母表淬灭荧光的核酸分析

  摘要：

  有机化学使合成扩展自然基因字母表的分子成为可能。使用先前描述的由异鸟嘌呤和 5-甲基异胞嘧啶构建的非标准 DNA 碱基对，我们报告了一种高度特异和灵敏的方法，该方法允许在封闭管格式中对基因序列进行快速和特异的定量。在 PCR 扩增过程中，与异鸟嘌呤共价连接的猝灭剂的酶促位点特异性掺入允许同时检测和识别多个目标。然后通过分析扩增子的热变性或熔解来确定方法的特异性。通过在反应混合物中加入一个独立的目标，进一步验证所有反应的适当功能。我们报告说该方法对单拷贝水平敏感，并且特异性通过使用四个单独的荧光报告基因同时对四个目标进行多重终点基因型分析来证明。该方法适用于使用先前开发的引物组对 RNA 和 DNA 进行定量和定性分析。尽管所描述的方法采用了常用的 PCR，但将报告基团酶促掺入 DNA 位点特异性应在整个分子生物学中找到广泛的用途。

  DOI：

  10.1021/ja0315558
• 作为产物：
  描述：

  1-triphenylmethyl-1,6-diaminohexane 在 吡啶 、 咪唑 、 碘 、 sodium hydride 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三氯氧磷 作用下， 以 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 36.66h， 生成 2-benzyloxy-6-(6-trifluoroacetamidohexyl)aminopurine-3'-acetyl-5'-triphosphoryl-2'-deoxy-β-D-riboside
  参考文献：
  名称：

  使用扩展遗传字母表淬灭荧光的核酸分析

  摘要：

  有机化学使合成扩展自然基因字母表的分子成为可能。使用先前描述的由异鸟嘌呤和 5-甲基异胞嘧啶构建的非标准 DNA 碱基对，我们报告了一种高度特异和灵敏的方法，该方法允许在封闭管格式中对基因序列进行快速和特异的定量。在 PCR 扩增过程中，与异鸟嘌呤共价连接的猝灭剂的酶促位点特异性掺入允许同时检测和识别多个目标。然后通过分析扩增子的热变性或熔解来确定方法的特异性。通过在反应混合物中加入一个独立的目标，进一步验证所有反应的适当功能。我们报告说该方法对单拷贝水平敏感，并且特异性通过使用四个单独的荧光报告基因同时对四个目标进行多重终点基因型分析来证明。该方法适用于使用先前开发的引物组对 RNA 和 DNA 进行定量和定性分析。尽管所描述的方法采用了常用的 PCR，但将报告基团酶促掺入 DNA 位点特异性应在整个分子生物学中找到广泛的用途。

  DOI：

  10.1021/ja0315558