N-[5-Formylamino-4-((4S,5R)-4-hydroxy-5-hydroxymethyl-tetrahydro-furan-2-ylmethyl)-6-oxo-1,6-dihydro-pyrimidin-2-yl]-2-(4-isopropyl-phenoxy)-acetamide | 478165-04-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: N-[5-Formylamino-4-((4S,5R)-4-hydroxy-5-hydroxymethyl-tetrahydro-furan-2-ylmethyl)-6-oxo-1,6-dihydro-pyrimidin-2-yl]-2-(4-isopropyl-phenoxy)-acetamide
• CAS: 478165-04-7
• 化学式: C₂₂H₂₈N₄O₇
• 分子量: 460.487
• InChiKey: MEPGYCYEPSEPBM-XSRYCBBQSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.53
• 重原子数：
  33.0
• 可旋转键数：
  10.0
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.45
• 拓扑面积：
  162.87
• 氢给体数：
  5.0
• 氢受体数：
  8.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-[5-Formylamino-4-((4S,5R)-4-hydroxy-5-hydroxymethyl-tetrahydro-furan-2-ylmethyl)-6-oxo-1,6-dihydro-pyrimidin-2-yl]-2-(4-isopropyl-phenoxy)-acetamide 在 四氮唑 、 4-二甲氨基吡啶 、 二异丙胺 作用下， 以 吡啶 、 二氯甲烷 为溶剂， 生成 Diisopropyl-phosphoramidous acid (2R,3S,5S)-2-[bis-(4-methoxy-phenyl)-phenyl-methoxymethyl]-5-{5-formylamino-2-[2-(4-isopropyl-phenoxy)-acetylamino]-6-oxo-1,6-dihydro-pyrimidin-4-ylmethyl}-tetrahydro-furan-3-yl ester 2-cyano-ethyl ester
  参考文献：
  名称：

  寡核苷酸的合成和含有Fapy * dG的β-C-核苷类似物的双链体的热稳定性。

  摘要：

  当DNA暴露于氧化应激时，会形成大量的甲酰嘧啶病灶（Fapy.dA，Fapy.dG）。这些损伤是不常见的，因为它们易于在溶液中发生差向异构。DNA中构型异构体的分布是未知的。不可融合，不可水解的类似物是用于研究DNA中Fapy损伤的构型的有用探针，并可用作潜在的酶抑制剂。已经制备了Fapy.dG的β-C-核苷，并通过其各自的β-氰乙基亚磷酰胺将其视觉特异性地引入了寡核苷酸。通过保护形式的脱氧核糖和适当官能化的嘧啶之间的Wittig反应制备亚磷酰胺。嘧啶在O4和O2位置分别含有甲基和2-丙基，在C-核苷形成后区分它们。甲酰胺衍生自C5处的硝基。通过使用四唑作为活化剂的单次15分钟偶联，以80％的产率偶联亚磷酰胺。制备了多达36个核苷酸的寡核苷酸，并通过ESI-MS进行了表征。

  DOI：

  10.1021/tx025588x
• 作为产物：
  描述：

  2,4-二甲氧基-6-甲基-5-硝基嘧啶 在 palladium on activated charcoal 吡啶 、 咪唑 、 氟化铵 、 sodium hydroxide 、 benzotriazol-1-yloxyl-tris-(pyrrolidino)-phosphonium hexafluorophosphate 、 氨 、 氢气 、 溴 、 sodium acetate 、 叔丁基二甲基氯硅烷 、 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 N,N-二异丙基乙胺 、 sodium iodide 、 silver(l) oxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 氯仿 、 水 、 溶剂黄146 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 甲苯 、 乙腈 、 苯 为溶剂， 反应 307.25h， 生成 N-[5-Formylamino-4-((4S,5R)-4-hydroxy-5-hydroxymethyl-tetrahydro-furan-2-ylmethyl)-6-oxo-1,6-dihydro-pyrimidin-2-yl]-2-(4-isopropyl-phenoxy)-acetamide
  参考文献：
  名称：

  寡核苷酸的合成和含有Fapy * dG的β-C-核苷类似物的双链体的热稳定性。

  摘要：

  当DNA暴露于氧化应激时，会形成大量的甲酰嘧啶病灶（Fapy.dA，Fapy.dG）。这些损伤是不常见的，因为它们易于在溶液中发生差向异构。DNA中构型异构体的分布是未知的。不可融合，不可水解的类似物是用于研究DNA中Fapy损伤的构型的有用探针，并可用作潜在的酶抑制剂。已经制备了Fapy.dG的β-C-核苷，并通过其各自的β-氰乙基亚磷酰胺将其视觉特异性地引入了寡核苷酸。通过保护形式的脱氧核糖和适当官能化的嘧啶之间的Wittig反应制备亚磷酰胺。嘧啶在O4和O2位置分别含有甲基和2-丙基，在C-核苷形成后区分它们。甲酰胺衍生自C5处的硝基。通过使用四唑作为活化剂的单次15分钟偶联，以80％的产率偶联亚磷酰胺。制备了多达36个核苷酸的寡核苷酸，并通过ESI-MS进行了表征。

  DOI：

  10.1021/tx025588x

文献信息

• Synthesis, DNA Polymerase Incorporation, and Enzymatic Phosphate Hydrolysis of Formamidopyrimidine Nucleoside Triphosphates
  作者：Shuhei Imoto、Jennifer N. Patro、Yu Lin Jiang、Natsuhisa Oka、Marc M. Greenberg

  DOI：10.1021/ja065525r

  日期：2006.11.1

  The nucleoside triphosphates of N6-(2-deoxy-alpha,beta-d-erythro-pentofuranosyl)-2,6-diamino-4-hydroxy-5-formamidopyrimidine (Fapy.dGTP) and its C-nucleoside analogue (beta-C-Fapy.dGTP) were synthesized. The lability of the formamide group required that nucleoside triphosphate formation be carried out using an umpolung strategy in which pyrophosphate was activated toward nucleophilic attack. The Klenow

  N6-(2-deoxy-alpha,beta-d-erythro-pentofuranosyl)-2,6-diamino-4-hydroxy-5-formamidopyrimidine (Fapy.dGTP) 及其 C-核苷类似物 (beta-C -Fapy.dGTP)被合成。甲酰胺基团的不稳定性要求使用 umpolung 策略进行三磷酸核苷的形成，其中焦磷酸被激活以进行亲核攻击。来自大肠杆菌的 DNA 聚合酶 I 的 Klenow 片段接受 Fapy.dGTP 和 beta-C-Fapy.dGTP 作为底物的效率远低于 dGTP。与天然核苷酸存在于 3'-末端时相比，含有任一修饰核苷酸的引物的后续延伸受到的影响较小。特异性常数足够大以至于核苷三磷酸掺入可以解释 Fapy 的水平。如果 dGTP 池的 1% 转化为 Fapy.dGTP，则在细胞中观察到 dG。类似地，聚合酶介导的β-C-Fapy