N-(pentafluorobenzyl)cyclopentanamine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: N-(pentafluorobenzyl)cyclopentanamine
• 英文别名: N-[(2,3,4,5,6-pentafluorophenyl)methyl]cyclopentanamine
• 化学式: C₁₂H₁₂F₅N
• mdl: MFCD13237293
• 分子量: 265.226
• InChiKey: OOBNZJDKTUEJNG-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.1
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  12
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-(pentafluorobenzyl)cyclopentanamine 在 三乙烯二胺 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 水 、 二甲基亚砜 为溶剂， 生成 4-[cyclopentyl(2,3,4,5,6-pentafluorobenzyl)amino]-6-(morpholin-4-yl)-1,3,5-triazine-2-carbonitrile
  参考文献：
  名称：

  半胱氨酸蛋白酶人类组织蛋白酶L抑制剂的氟扫描：氟化酰胺环在肽酰胺键上的π堆积中的偶极和四极效应。

  摘要：

  使用包括酶-配体结合研究和高级量子化学计算在内的双重方法，研究了蛋白质主链酰胺基上的氟化苯环的π-堆积。在实验研究中，系统组织地氟化了人类组织蛋白酶L（hCatL）的三嗪腈抑制剂的苯基取代基，该苯基堆叠在S3口袋入口处的肽酰胺键Gly67-Gly68上，并测定了抑制力的差异。荧光测定。亲和力受亲脂性的影响（c log  P），氟化环的偶极矩和四极矩，而且还可以通过引入的氟原子与腔的局部环境的其他相互作用来实现。通常，氟化度越高，结合亲和力越好。气相计算强有力地支持了氟化苯环的分子四极矩对与肽键的π堆积相互作用的贡献。这些发现为增强蛋白酰胺片段上的π堆积提供了有用的指导。

  DOI：

  10.1002/cmdc.201600132
• 作为产物：
  描述：

  五氟苯甲醛 、 环戊胺 在 sodium triacetylborohydride 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 以59%的产率得到N-(pentafluorobenzyl)cyclopentanamine
  参考文献：
  名称：

  半胱氨酸蛋白酶人类组织蛋白酶L抑制剂的氟扫描：氟化酰胺环在肽酰胺键上的π堆积中的偶极和四极效应。

  摘要：

  使用包括酶-配体结合研究和高级量子化学计算在内的双重方法，研究了蛋白质主链酰胺基上的氟化苯环的π-堆积。在实验研究中，系统组织地氟化了人类组织蛋白酶L（hCatL）的三嗪腈抑制剂的苯基取代基，该苯基堆叠在S3口袋入口处的肽酰胺键Gly67-Gly68上，并测定了抑制力的差异。荧光测定。亲和力受亲脂性的影响（c log  P），氟化环的偶极矩和四极矩，而且还可以通过引入的氟原子与腔的局部环境的其他相互作用来实现。通常，氟化度越高，结合亲和力越好。气相计算强有力地支持了氟化苯环的分子四极矩对与肽键的π堆积相互作用的贡献。这些发现为增强蛋白酰胺片段上的π堆积提供了有用的指导。

  DOI：

  10.1002/cmdc.201600132

文献信息

• Fluorine Scan of Inhibitors of the Cysteine Protease Human Cathepsin L: Dipolar and Quadrupolar Effects in the π-Stacking of Fluorinated Phenyl Rings on Peptide Amide Bonds
  作者：Maude Giroud、Michael Harder、Bernd Kuhn、Wolfgang Haap、Nils Trapp、W. Bernd Schweizer、Tanja Schirmeister、François Diederich

  DOI：10.1002/cmdc.201600132

  日期：2016.5.19

  the S3 pocket, was systematically fluorinated, and differences in inhibitory potency were measured in a fluorimetric assay. Binding affinity is influenced by lipophilicity (clog P), the dipole and quadrupole moments of the fluorinated rings, but also by additional interactions of the introduced fluorine atoms with the local environment of the pocket. Generally, the higher the degree of fluorination

  使用包括酶-配体结合研究和高级量子化学计算在内的双重方法，研究了蛋白质主链酰胺基上的氟化苯环的π-堆积。在实验研究中，系统组织地氟化了人类组织蛋白酶L（hCatL）的三嗪腈抑制剂的苯基取代基，该苯基堆叠在S3口袋入口处的肽酰胺键Gly67-Gly68上，并测定了抑制力的差异。荧光测定。亲和力受亲脂性的影响（c log  P），氟化环的偶极矩和四极矩，而且还可以通过引入的氟原子与腔的局部环境的其他相互作用来实现。通常，氟化度越高，结合亲和力越好。气相计算强有力地支持了氟化苯环的分子四极矩对与肽键的π堆积相互作用的贡献。这些发现为增强蛋白酰胺片段上的π堆积提供了有用的指导。