N-(9-((2r,3r,4r,5r)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-甲氧基四氢呋喃-2-基)-9h-嘌呤-6-基)苯甲酰胺 | 110764-72-2

• 物质功能分类: 生物化工 - 核苷类药物 - 核苷中间体
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 中文名称: N-(9-((2r,3r,4r,5r)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-甲氧基四氢呋喃-2-基)-9h-嘌呤-6-基)苯甲酰胺
• 中文别名: N-(9-(((2R，3R，4R，5R)-5-)((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-甲氧基四氢呋喃-2-基)-9H-嘌呤-6-基)苯甲酰胺
• 英文名称: N⁶-benzoyl-5'-(4,4'-dimethoxytrityl)-O^2'-methyladenosine
• 英文别名: N⁶-benzoyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-methyladenosine；5'-O-dimethoxytrityl-6-N-benzoyl-2'-O-methyladenosine；N-(9-((2R,3R,4R,5R)-5-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-hydroxy-3-methoxytetrahydrofuran-2-yl)-9H-purin-6-yl)benzamide；N-benzoyl-5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-2'-O-methyladenosine；5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-methyladenosine(n-Bz)；N-[9-[(2R,3R,4R,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxy-3-methoxyoxolan-2-yl]purin-6-yl]benzamide
• CAS: 110764-72-2
• 化学式: C₃₉H₃₇N₅O₇
• 分子量: 687.752
• InChiKey: SARHDAQOZNKZCC-CJEGOSRCSA-N

物化性质

• 密度：
  1.32±0.1 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  溶于氯仿，浓度为50mg/ml

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5
• 重原子数：
  51
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.23
• 拓扑面积：
  139
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  10

安全信息

• 危险性防范说明：
  P261,P305+P351+P338
• 危险性描述：
  H302,H315,H319,H335
• 储存条件：
  存储条件：2-8°C，干燥且密封。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-(9-((2r,3r,4r,5r)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-甲氧基四氢呋喃-2-基)-9h-嘌呤-6-基)苯甲酰胺 在 吡啶 、 四丁基碘化铵 作用下， 以 甲苯 为溶剂， 反应 3.75h， 生成 6-N-benzoyl-3'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytriphenylmethyl)-3'-iodo-2'-O-methyladenosine
  参考文献：
  名称：

  通过3'-碘代核苷和甲甲醛肟的立体选择性分子间自由基偶联合成新型核酸模拟物（1）。

  摘要：

  由双（三甲基锡烷基）苯并频哪酸酯（8）介导的烷基碘和肟的高度收敛性自由基偶联已被用于制备一系列二聚核苷，以模拟天然核酸。反应条件的系统优化允许将适当的碘化物和肟单步转化为中等至极好的收率的2'-脱氧二聚体9。例如，3'-脱氧-3'-碘-5'-（三苯基甲基）胸苷（6a）与3'-O-（叔丁基二苯基甲硅烷基）-5'-O-（亚甲基亚氨基）胸苷（7a）的反应在8存在下，在脱气的苯中得到81％的3'-脱（氧膦）-3'-（亚甲基亚氨基）-5'-O-（三苯甲基）胸苷基-（3'-> 5'）-3 -O-（叔丁基二苯基甲硅烷基）胸苷（9a）。同样制备的是含有嘧啶（胸腺嘧啶，5-甲基胞嘧啶）和嘌呤（腺嘌呤，鸟嘌呤）碱基的二聚体。该反应是高度立体选择性的，仅给出具有新引入的C-3'-支链亚甲基部分的核糖构型的单个二聚体物质。还制备了二聚体16，在二聚体的两半中都掺入了2'-O-甲基核糖核苷。这需要合成3'-脱氧-3

  DOI：

  10.1021/jo961549c
• 作为产物：
  描述：

  苯甲酰氯 在 吡啶 、 三甲基氯硅烷 作用下， 反应 13.5h， 生成 N-(9-((2r,3r,4r,5r)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-甲氧基四氢呋喃-2-基)-9h-嘌呤-6-基)苯甲酰胺
  参考文献：
  名称：

  [EN] S-ANTIGEN TRANSPORT INHIBITING OLIGONUCLEOTIDE POLYMERS AND METHODS
  [FR] POLYMÈRES OLIGONUCLÉOTIDIQUES INHIBANT LE TRANSPORT DE L'ANTIGÈNE S ET MÉTHODES

  摘要：

  各种实施方式提供了STOPS™聚合物，这些聚合物是S-抗原转运抑制寡核苷酸聚合物，提供了制备它们的方法以及使用它们治疗疾病和症状的方法。在某些实施方式中，STOPS™修饰的寡核苷酸包括至少部分磷硫酸酯化的交替A和C单元序列，具有如本文所述的修饰。通过HBsAg分泌测定确定的STOPS™修饰的寡核苷酸对乙型肝炎的序列无关抗病毒活性，其EC50小于100 nM。

  公开号：

  WO2021119325A1

文献信息

• PHOSPHORAMIDITE BUILDING BLOCKS FOR SUGAR-CONJUGATED OLIGONUCLEOTIDES
  申请人：AM CHEMICALS LLC

  公开号：US20160083414A1

  公开（公告）日：2016-03-24

  Novel nucleoside phosphoramidite building blocks for preparation of synthetic oligonucleotides containing at least one phosphotriester linkage conjugated to a monosaccharide and synthetic processes for making the same are disclosed. Furthermore, oligomeric compounds are prepared using said building blocks, preferably followed by removal of protecting groups to provide monosaccharide-conjugated oligonucleotides.

  揭示了用于制备含至少一种磷酸三酯键连接的寡核苷酸的合成寡核苷酸的新型核苷酸磷酰胺酯构建模块，其与单糖偶联，并公开了制备这些构建模块的合成过程。此外，使用这些构建模块制备寡聚合物化合物，最好是在去除保护基之后，以提供单糖偶联的寡核苷酸。
• Oligonucleotide transition state analogues of saporin L3
  作者：Jennifer M. Mason、Hongling Yuan、Gary B. Evans、Peter C. Tyler、Quan Du、Vern L. Schramm

  DOI：10.1016/j.ejmech.2016.10.059

  日期：2017.2

  impressive results. However, dose-limiting toxicity due to vascular leak syndrome limits success of the therapy. We have previously reported some tight-binding transition state analogues of Saporin L3 that mimic small oligonucleotide substrates in which the susceptible adenosine has been replaced by a 9-deazaadenyl hydroxypyrrolidinol derivative. They provide the first step in the development of rescue

  核糖体失活蛋白（RIP）是已知的最具毒性的物质。使用改良的RIP开展了十几项针对难治性癌症的临床试验，取得了令人瞩目的结果。然而，由于血管渗漏综合征引起的剂量限制性毒性限制了治疗的成功。我们以前已经报道了Saporin L3的一些紧密结合的过渡态类似物，它们模仿小的寡核苷酸底物，其中易感的腺苷已被9-脱氮腺苷基羟基吡咯烷醇衍生物取代。它们提供了开发救援剂的第一步，以防止Saporin L3对非靶向细胞产生毒性。在这里，我们报告了使用溶液相化学方法合成这些化合物和大量过渡态类似物的方法。测试了它们对抑制Saporin L3产生K的抑制作用i值低至3.3 nM，表明抑制的结构要求。
• Copper(II)nitrate catalyzed regioselective protection of primary alcohols with 4,4′-dimethoxytrityl and 2,7-dimethyl-9-phenyl xanthen-9-yl groups in nucleosides and carbohydrates
  作者：Srishylam Penjarla、S. Rajendra Prasad、Dhande Sudhakar Reddy、Shyamapada Banerjee、Santhosh Penta、Yogesh S. Sanghvi

  DOI：10.1080/15257770.2018.1460480

  日期：2018.4.3

  ABSTRACT Regioselective protection of primary hydroxyl group in nucleoside and carbohydrate analogs was accomplished using dimethoxytrityl alcohol (DMTr-OH) or dimethylpixyl alcohol (DMPx-OH) in presence of copper(II)nitrate as a Lewis acid catalyst. Excellent selectivity was observed for the protection of primary hydroxyl group over secondary while glycosidic bond remain unaffected. Utility of this

  摘要 在作为路易斯酸催化剂的硝酸铜 (II) 存在下，使用二甲氧基三苯甲醇 (DMTr-OH) 或二甲基苯甲醇 (DMPx-OH) 实现了核苷和碳水化合物类似物中伯羟基的区域选择性保护。观察到优异的选择性保护伯羟基而不是仲羟基，而糖苷键不受影响。通过脂肪族无环和环状二醇的 DMTr 和 DMPx 保护进一步举例说明了该方法的实用性。
• [EN] OLIGONUCLEOTIDE COMPOSITIONS AND METHODS THEREOF<br/>[FR] COMPOSITIONS D'OLIGONUCLÉOTIDES ET PROCÉDÉS ASSOCIÉS
  申请人：WAVE LIFE SCIENCES LTD

  公开号：WO2021237223A1

  公开（公告）日：2021-11-25

  The present disclosure provides modified oligonucleotides and compositions and methods thereof. In some embodiments, provided technologies comprise modified sugars and/or modified internucleotidic linkages. In some embodiments, the present disclosure provides technologies for preparing modified oligonucleotides. In some embodiments, the present disclosure provides chirally controlled oligonucleotide compositions and methods for their preparation and uses.

  本公开提供了经修改的寡核苷酸及其组合物和方法。在某些实施方式中，提供的技术包括修改的糖或修改的核苷酸间连接。在某些实施方式中，本公开提供了用于制备修改的寡核苷酸的技术。在某些实施方式中，本公开提供了对手性控制的寡核苷酸组合物及其制备和用途的方法。
• 5'-END DERIVATIVES
  申请人：Manoharan Muthiah

  公开号：US20130323836A1

  公开（公告）日：2013-12-05

  The present invention provides compounds of formula (1). Another aspect of the invention relates to a method of inhibiting the expression of a gene in call, the method comprising (a) contacting an oligonucleotide of the invention with the cell; and (b) maintaining the cell from step (a) for a time sufficient to obtain degradation of the mRNA of the target gene.

  本发明提供了式（1）的化合物。发明的另一个方面涉及抑制细胞中基因表达的方法，该方法包括（a）将本发明的寡核苷酸与细胞接触；以及（b）维持从步骤（a）中的细胞足够时间以获得目标基因mRNA的降解。