N-benzyl-5-bromopentanamide | 126963-65-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 脂质和类脂质分子 - 脂肪酰基
• 英文名称: N-benzyl-5-bromopentanamide
• CAS: 126963-65-3
• 化学式: C₁₂H₁₆BrNO
• mdl: MFCD16339408
• 分子量: 270.169
• InChiKey: QIORADFJAPVJPJ-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.6
• 重原子数：
  15
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.416
• 拓扑面积：
  29.1
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  1

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-benzyl-5-bromopentanamide 在 potassium carbonate 、 红铝 、 sodium iodide 作用下， 以 四氢呋喃 、 正己烷 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 1-Benzyl-1-[5-(4,5-diphenyl-1H-imidazol-2-ylsulfanyl)-pentyl]-3-octyl-urea
  参考文献：
  名称：

  酰基辅酶A：胆固醇酰基转移酶（ACAT）抑制剂：一系列新的三取代咪唑的合成及结构活性关系研究。

  摘要：

  已经合成了一系列的4,5-二芳基-2-（取代硫代）-1H-咪唑，并被证明是酰基辅酶A：胆固醇酰基转移酶（ACAT）的有效抑制剂。本文报道了该系列的设计，合成和结构活性关系。该系列的化合物之一，N'-（2,4-二氟苯基）-N- [5-[（4,5-二芳基-1H-咪唑-2-基）硫代]戊基] -N-庚基脲（DuP 128）被选作肠道活性ACAT抑制剂进行开发。DuP 128是一种有效的体外和体内ACAT抑制剂，可抑制大鼠肝微粒体中的ACAT，IC50 = 10 nM，并且在体内具有有效的抗高胆固醇血症活性。

  DOI：

  10.1021/jm00047a009
• 作为产物：
  描述：

  5-溴戊酸 、 苄胺 在 1-羟基苯并三唑 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 以90%的产率得到N-benzyl-5-bromopentanamide
  参考文献：
  名称：

  Galantamine Derivatives as Acetylcholinesterase Inhibitors: Docking, Design, Synthesis, and Inhibitory Activity

  摘要：

  加兰他敏 (GAL) 是一种众所周知的乙酰胆碱酯酶 (AChE) 抑制剂，广泛用于治疗阿尔茨海默病。GAL 在 AChE 的催化位点中契合良好，但它的长度不足以阻断酶的周边阴离子位点 (PAS)，而该位点是淀粉样β (Aβ) 肽结合并启动 Aβ 聚集的地方。在这里，我们描述了一种基于对接的技术，用于设计具有双重位点结合片段的 GAL 衍生物——一个阻断催化位点，另一个阻断 PAS。我们合成并测试了评分高的化合物。本文提供了对接、设计、合成和 AChE 抑制测试的协议。

  DOI：

  10.1007/978-1-4939-7404-7_6

文献信息

• Salicylic Acid Based Small Molecule Inhibitor for the Oncogenic Src Homology-2 Domain Containing Protein Tyrosine Phosphatase-2 (SHP2)
  作者：Xian Zhang、Yantao He、Sijiu Liu、Zhihong Yu、Zhong-Xing Jiang、Zhenyun Yang、Yuanshu Dong、Sarah C. Nabinger、Li Wu、Andrea M. Gunawan、Lina Wang、Rebecca J. Chan、Zhong-Yin Zhang

  DOI：10.1021/jm901645u

  日期：2010.3.25

  homology-2 domain containing protein tyrosine phosphatase-2 (SHP2) plays a pivotal role in growth factor and cytokine signaling. Gain-of-function SHP2 mutations are associated with Noonan syndrome, various kinds of leukemias, and solid tumors. Thus, there is considerable interest in SHP2 as a potential target for anticancer and antileukemia therapy. We report a salicylic acid based combinatorial library approach

  Src homology-2 域包含蛋白酪氨酸磷酸酶-2 (SHP2) 在生长因子和细胞因子信号传导中起关键作用。功能获得性 SHP2 突变与 Noonan 综合征、各种白血病和实体瘤有关。因此，人们对 SHP2 作为抗癌和抗白血病治疗的潜在靶点有相当大的兴趣。我们报告了一种基于水杨酸的组合文库方法，旨在结合活性位点和附近独特的亚袋，以提高亲和力和选择性。文库的筛选导致鉴定出具有高效细胞活性的 SHP2 抑制剂 II-B08（化合物9）。化合物9阻断生长因子刺激的 ERK1/2 激活和造血祖细胞增殖，提供支持证据表明 SHP2 的化学抑制可能对抗癌和抗白血病治疗有治疗作用。与9复合的 SHP2 结构的 X 射线晶体学分析揭示了可用于获得更有效和选择性 SHP2 抑制剂的分子决定因素。
• Targeting mycobacterium protein tyrosine phosphatase B for antituberculosis agents
  作者：Bo Zhou、Yantao He、Xian Zhang、Jie Xu、Yong Luo、Yuehong Wang、Scott G. Franzblau、Zhenyun Yang、Rebecca J. Chan、Yan Liu、Jianyu Zheng、Zhong-Yin Zhang

  DOI：10.1073/pnas.0909133107

  日期：2010.3.9

  We uncovered that mPTPB subverts the innate immune responses by blocking the ERK1/2 and p38 mediated IL-6 production and promoting host cell survival by activating the Akt pathway. We identified a potent and selective mPTPB inhibitor I-A09 with highly efficacious cellular activity, from a combinatorial library of bidentate benzofuran salicylic acid derivatives assembled by click chemistry. We demonstrated

  蛋白质酪氨酸磷酸酶常被病原菌利用和破坏，引起人类疾病。来自结核分枝杆菌的酪氨酸磷酸酶 mPTPB 是一种必需的毒力因子，由细菌分泌到巨噬细胞的细胞质中，在那里它介导分枝杆菌在宿主中的存活。因此，人们对了解 mPTPB 逃避宿主免疫反应的机制以及开发作为独特抗结核 (antiTB) 药物的强效和选择性 mPTPB 抑制剂具有相当大的兴趣。我们发现 mPTPB 通过阻断 ERK1/2 和 p38 介导的 IL-6 产生并通过激活 Akt 通路促进宿主细胞存活来破坏先天免疫反应。我们鉴定了一种具有高效细胞活性的强效选择性 mPTPB 抑制剂 I-A09，来自通过点击化学组装的双齿苯并呋喃水杨酸衍生物的组合文库。我们证明了在巨噬细胞中用 I-A09 抑制 mPTPB 可以逆转细菌磷酸酶诱导的宿主免疫反应的改变，并防止宿主细胞中的结核病生长。结果提供了必要的原理验证数据，以支持 mPTPB 的特定抑制剂可作为有效的抗结核治疗剂的观点。
• Derivatives of Salicylic Acid as Inhibitors of YopH in Yersinia pestis
  作者：Zunnan Huang、Yantao He、Xian Zhang、Andrea Gunawan、Li Wu、Zhong-Yin Zhang、Chung F. Wong

  DOI：10.1111/j.1747-0285.2010.00996.x

  日期：——

  Yersinia pestis causes diseases ranging from gastrointestinal syndromes to bubonic plague and could be misused as a biological weapon. As its protein tyrosine phosphatase YopH has already been demonstrated as a potential drug target, we have developed two series of forty salicylic acid derivatives and found sixteen to have micromolar inhibitory activity. We designed these ligands to have two chemical moieties connected by a flexible hydrocarbon linker to target two pockets in the active site of the protein to achieve binding affinity and selectivity. One moiety possessed the salicylic acid core intending to target the phosphotyrosine‐binding pocket. The other moiety contained different chemical fragments meant to target a nearby secondary pocket. The two series of compounds differed by having hydrocarbon linkers with different lengths. Before experimental co‐crystal structures are available, we have performed molecular docking to predict how these compounds might bind to the protein and to generate structural models for performing binding affinity calculation to aid future optimization of these series of compounds.

  鼠疫杆菌 可引起从胃肠综合征到腺鼠疫等多种疾病，并可能被滥用为生物武器。由于其蛋白酪氨酸磷酸酶 YopH 已被证明是一个潜在的药物靶点，我们研发了两个系列总共 40 种水杨酸衍生物，并发现其中有 16 种具有微摩尔抑制活性。我们设计这些配体，使其通过一个灵活的烃类连接链连接两种不同的化学基团，以作用于蛋白活性位点的两个口袋，从而实现对结合亲和力和选择性的控制。其中一个基团以水杨酸为核心，旨在针对磷酸酪氨酸结合口袋；另一个基团则包含不同的化学片段，用于靶向邻近的次要口袋。这两个系列的化合物区别于它们的烃类连接链长度不同。在实验共晶结构可获得之前，我们进行了分子对接，以预测这些化合物如何与蛋白结合，并建立结构模型，计算结合亲和力，以辅助未来对这一系列化合物的优化工作。
• Novel Multitarget-Directed Ligands Aiming at Symptoms and Causes of Alzheimer’s Disease
  作者：Anna Więckowska、Tomasz Wichur、Justyna Godyń、Adam Bucki、Monika Marcinkowska、Agata Siwek、Krzysztof Więckowski、Paula Zaręba、Damijan Knez、Monika Głuch-Lutwin、Grzegorz Kazek、Gniewomir Latacz、Kamil Mika、Marcin Kołaczkowski、Jan Korabecny、Ondrej Soukup、Marketa Benkova、Katarzyna Kieć-Kononowicz、Stanislav Gobec、Barbara Malawska

  DOI：10.1021/acschemneuro.8b00024

  日期：2018.5.16

  g. multifunctional ligands targeting both the causes and symptoms of the disease. Here, we present new multitarget-directed ligands combining pharmacophore fragments that provide a blockade of serotonin 5-HT6 receptors, acetyl/butyrylcholinesterase inhibition, and amyloid β antiaggregation activity. Compound 12 has displayed balanced activity as an antagonist of 5-HT6 receptors (Ki = 18 nM) and noncompetitive

  阿尔茨海默氏病（AD）是主要的公共卫生问题，这是由于其患病率不断提高以及缺乏有效的治疗或诊断方法所致。AD病理机制的复杂性需要复杂的治疗，例如针对疾病的原因和症状的多功能配体。在这里，我们提出了结合药效基团片段的新的多靶点定向配体，该药效团片段提供了5-羟色胺5-HT 6受体的阻断，乙酰基/丁酰胆碱酯酶的抑制和淀粉样β的抗聚集活性。化合物12作为5-HT 6受体拮抗剂（K i = 18 nM）和胆碱酯酶的非竞争性抑制剂（IC 50 h AChE）具有平衡的活性。= 14 nM，IC 50 eq BuChE = 22 nM）。在进一步的体外研究中，化合物12显示出淀粉样蛋白β的抗聚集活性（IC 50 = 1.27μM ），并具有透过血脑屏障的能力。提出的发现可能为进一步的研究提供一个很好的起点，并有助于开发新的有效抗AD治疗的努力。
• Docking-based Design of Galantamine Derivatives with Dual-site Binding to Acetylcholinesterase
  作者：Georgi Stavrakov、Irena Philipova、Dimitrina Zheleva、Mariyana Atanasova、Spiro Konstantinov、Irini Doytchinova

  DOI：10.1002/minf.201600041

  日期：2016.7

  aggregation of amyloid‐β peptide via the peripheral anionic site (PAS). Using docking‐based predictions, in the present study we design 20 novel galantamine derivatives with alkylamide spacers of different length ending with aromatic fragments. The galantamine moiety blocks the catalytic site, while the terminal aromatic fragments bind in PAS. The best predicted compounds are synthesized and tested for

  乙酰胆碱酯酶是阿尔茨海默氏病治疗的关键靶标，因为它具有通过催化结合位点水解乙酰胆碱和通过外围阴离子位点（PAS）加速淀粉样β肽聚集的能力。使用基于对接的预测，在本研究中，我们设计了20种新颖的加兰他敏衍生物，它们具有不同长度的烷基酰胺间隔基，并以芳香族片段结尾。加兰他敏部分阻止了催化位点，而末端芳族片段在PAS中结合。合成预测最准确的化合物，并测试其对乙酰胆碱酯酶的抑制活性。实验结果证实了这些预测，并表明，庚酰胺间隔基具有最佳的长度，可以桥接结合在催化位点中的加兰他敏部分以及与PAS相互作用的芳族片段。