(4-氨基-2-氧代-2H-嘧啶-1-基)-乙酸 | 50615-65-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 中文名称: (4-氨基-2-氧代-2H-嘧啶-1-基)-乙酸
• 英文名称: 1-carboxymethylcytosine
• 英文别名: 2-(4-amino-2-oxopyrimidin-1(2H)-yl)acetic acid；Carboxymethyl-cytosin；(4-amino-2-oxo-2H-pyrimidin-1-yl)-acetic acid；(cytosin-1-yl)-acetic acid；(4-Amino-2-oxo-2H-pyrimidin-1-yl)-acetic acid；2-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)acetic acid
• CAS: 50615-65-1
• 化学式: C₆H₇N₃O₃
• mdl: MFCD09264227
• 分子量: 169.14
• InChiKey: KBCRUFBERFZWQS-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 沸点：
  411.0±47.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.61±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.5
• 重原子数：
  12
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.166
• 拓扑面积：
  96
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  3

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (4-氨基-2-氧代-2H-嘧啶-1-基)-乙酸 在 盐酸 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 1-tris(hydroxymethyl)methylaminocarbonylmethylcytosine
  参考文献：
  名称：

  Preparation and biological effects of N-tris(hydroxymethyl)methylaminocarbonylmethyl derivatives of heterocyclic bases

  摘要：

  这个标题化合物是通过TRIS与N-羧甲基尿嘧啶衍生物、5-氯、5-溴、5-碘尿嘧啶、胸腺嘧啶、胞嘧啶、6-氮杂尿嘧啶、2-吡啶酮、2-嘧啶酮、3-吡啶唑和乳酸反应合成的。此外，还描述了以下新的N-羧甲基衍生物：通过4-硫代-6-氮杂尿嘧啶与溴乙酸甲酯缩合后水解得到的6-氮杂尿嘧啶衍生物VIIa，通过氯化尿嘧啶化合物IIa得到的5-氯尿嘧啶衍生物IIIa，以及通过碱基的钠盐与氯乙酸钠反应得到的2-嘧啶酮（IXa）和3-吡啶唑衍生物（Xa）。在测试的所有酰胺中，只有3-吡啶唑衍生物Xd和乳酸衍生物XII d能够在体外抑制L-1210小鼠白血病细胞的生长，1D50约为10-4mol/L。

  DOI：

  10.1135/cccc19842541
• 作为产物：
  描述：

  methyl cytosin-1-ylacetate 在 sodium hydroxide 作用下， 反应 4.0h， 以4.5 g的产率得到(4-氨基-2-氧代-2H-嘧啶-1-基)-乙酸
  参考文献：
  名称：

  双链 DNA 和 RNA 中极简非规范位点的筛选揭示了荧光碱基探针的背景和基序选择性结合

  摘要：

  一种半理性方法可检测双链 DNA 和 RNA 中非规范对 (NCP) 位点的低亲和力结合。针对具有单脱碱基、单 NCP 和串联 NCP 位点的 dsDNA 和 dsRNA 筛选一组带有非生物（三嗪、嘧啶）和天然 RNA 碱基的荧光噻唑橙探针。荧光探针的结合揭示了与 NCP 的新颖且选择性的碱基相互作用，为靶向 RNA 中非规范基序的新策略奠定了基础。

  DOI：

  10.1002/chem.202103616

文献信息

• [EN] PNA MONOMER AND PRECURSOR<br/>[FR] MONOMERE ET PRECURSEUR PNA
  申请人：PANAGENE INC

  公开号：WO2003091231A1

  公开（公告）日：2003-11-06

  This application relates to monomers of the general formula (I) for the preparation PNA (peptide nucleic acid) oligomers and provides method for the synthesis of both predefined sequence PNA oligomers and random sequence PNA oligomers: (I) wherein E is nitrogen or C-R'; J is sulfur or oxygen; R', Rl, R2, R3, R4 is independently H, halogen, alkyl, nitro, nitrile, alkoxy, halogenated alkyl, halogenated alkoxy, phenyl or halogenated phenyl, RS is H or protected or unprotected side chain of natural or unnatural a-amino acid; and B is a natural or unnatural nucleobase, wherein when said nucleobase has an exocyclic amino function, said function is protected by protecting group which is labile to acids but stable to weak to medium bases in the presence of thiol.

  该应用程序涉及通用式(I)的单体，用于制备PNA（肽核酸）寡聚体，并提供了合成预定义序列PNA寡聚体和随机序列PNA寡聚体的方法：(I)其中E为氮或C-R'; J为硫或氧; R'，Rl，R2，R3，R4独立地为H，卤素，烷基，硝基，腈基，烷氧基，卤代烷基，卤代烷氧基，苯基或卤代苯基，RS为H或天然或非天然α-氨基酸的保护或未保护侧链; B为天然或非天然核碱基，其中当所述核碱基具有外环氨基功能时，所述功能由对酸敏感但在巯基存在下对弱到中等碱稳定的保护基保护。
• PNA monomer and precursor
  申请人：——

  公开号：US20030225252A1

  公开（公告）日：2003-12-04

  This application relates to monomers of the general formula (I) for the preparation of PNA (peptide nucleic acid) oligomers and provides method for the synthesis of both predefined sequence PNA oligomers and random sequence PNA oligomers: 1 wherein E is nitrogen or C—R′; J is sulfur or oxygen; R′, R1, R2, R3, R4 is independently H, halogen, alkyl, nitro, nitrile, alkoxy, halogenated alkyl, halogenated alkoxy, phenyl or halogenated phenyl, R5 is H or protected or unprotected side chain of natural or unnatural &agr;-amino acid; and B is a natural or unnatural nucleobase, wherein when said nucleobase has an exocyclic amino function, said function is protected by protecting group which is labile to acids but stable to weak to medium bases in the presence of thiol.

  该应用程序涉及通式（I）的单体，用于制备PNA（肽核酸）寡聚体，并提供了合成预定义序列PNA寡聚体和随机序列PNA寡聚体的方法： 其中 E为氮或C—R′；J为硫或氧； R′、R1、R2、R3、R4独立地为H、卤素、烷基、硝基、腈基、烷氧基、卤代烷基、卤代烷氧基、苯基或卤代苯基， R5为H或天然或非天然α-氨基酸的保护或未保护侧链；以及 B为天然或非天然核碱基，其中当所述核碱基具有外环氨基功能时，所述功能由对酸敏感但在巯基存在下对弱到中等碱稳定的保护基保护。
• Preliminary SAR and biological evaluation of potent HIV-1 protease inhibitors with pyrimidine bases as novel P2 ligands to enhance activity against DRV-resistant HIV-1 variants
  作者：Mei Zhu、Ling Ma、Huiyu Zhou、Biao Dong、Yujia Wang、Zhen Wang、Jinming Zhou、Guoning Zhang、Juxian Wang、Chen Liang、Shan Cen、Yucheng Wang

  DOI：10.1016/j.ejmech.2019.111866

  日期：2020.1

  to P2 ligands might enhance the potency of Human Immunodeficiency Virus-1 (HIV-1) protease inhibitors because of the carbonyl and amino groups promoting the formation of extensive hydrogen bonding interactions. In this work, we provide evidence that inhibitor 10e, with N-2-(2,4-Dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl) acetamide as the P2 ligand and a 4-methoxylphenylsulfonamide as the P2' ligand, displayed

  将嘧啶碱基（核酸的基本成分）引入P2配体可能会增强人类免疫缺陷病毒1（HIV-1）蛋白酶抑制剂的效力，因为羰基和氨基会促进广泛的氢键相互作用的形成。在这项工作中，我们提供的证据是抑制剂10e，以N-2-（2,4-二氧代-3,4-二氢嘧啶-1（2H）-基）乙酰胺为P2配体，以4-甲氧基苯基磺酰胺为P2'配体具有显着的酶抑制和抗病毒活性，体外IC50为2.53 nM，体内对野生型HIV-1的抑制率为68％，细胞毒性低。该抑制剂还对DRV耐药的HIV-1变体表现出明显的抗病毒活性，这对进一步研究具有重要的价值。
• Effects of the Backbone and Chemical Linker on the Molecular Conductance of Nucleic Acid Duplexes
  作者：Edward Beall、Selma Ulku、Chaoren Liu、Emil Wierzbinski、Yuqi Zhang、Yookyung Bae、Peng Zhang、Catalina Achim、David N. Beratan、David H. Waldeck

  DOI：10.1021/jacs.7b02260

  日期：2017.5.17

  break junction measurements are used to examine how the molecular conductance of nucleic acids depends on the composition of their backbone and the linker group to the electrodes. Molecular conductances of 10 base pair long homoduplexes of DNA, aeg-PNA, γ-PNA, and a heteroduplex of DNA/aeg-PNA with identical nucleobase sequence were measured. The molecular conductance was found to vary by 12 to 13 times

  扫描隧道显微镜断裂连接测量用于检查核酸的分子电导如何取决于其骨架和电极连接基团的组成。测量了10个碱基对长的DNA，aeg-PNA，γ-PNA和具有相同核碱基序列的DNA / aeg-PNA的异源双链的分子电导。发现分子电导随主链的变化而变化12至13倍。计算研究表明，不同骨架的核酸之间的分子电导差异与骨架结构柔性的差异相关。还测量了通过两个不同的连接子连接到电极的双链体的分子电导，一个直接连接到主链，另一个直接连接到核碱基堆栈。尽管该连接器使特定双工体的总电导增加了一个数量级，但电导率随骨架组成的差异得以保留。最高分子电导值，0.06使用基本堆栈连接子测量aeg-PNA双链体的G 0。这些发现揭示了一种重要的新策略，可用于创建更长，更复杂的电活性核酸组装体。
• [EN] PNA MONOMER AND PRECURSOR<br/>[FR] MONOMÈRE DE PROTÉINE PNA ET PRÉCURSEUR
  申请人：PANAGENE INC

  公开号：WO2005009998A1

  公开（公告）日：2005-02-03

  This application relates to monomers of the general formula (I) for the preparation of PNA (peptide nucleic acid) oligomers and provides method for the synthesis of both predefined sequence PNA oligomers and random sequence PNA oligomers,wherein E is sulfur or oxygen; J is nitrogen or C-R'; R1, R' is independently H, halogen, alkyl, nitro, nitrile, alkoxy, halogenated alkyl, halogenated alkoxy or a functional group having one of following general formulae (A, B) wherein A1, A2, A3, A4, A5, is independently selected from H, halogen such as F, Cl, Br or I, CF3, alkyl, preferably C1,-C4 alkyl, nitro, nitrile, alkoxy, preferably C1,-C4 alkoxy, halogenated (such as F, Cl, Br and I) alkyl, preferably halogenated C1-C4 alkyl, halogenated (such as F, Cl, Br and I) alkoxy, preferably halogenated Ci-C4 alkoxy, phenyl, and halogenated (such as F, Cl, Br and I) phenyl; R2 is H or protected or unprotected side chain of natural or unnatural α-amino acid; and B is a natural or unnatural nucleobase, wherein when said nucleobase has an exocyclic amino function, said function is protected by protecting group which is labile to acids but stable to weak to medium bases in the presence of thiol.

  该应用涉及通用式(I)的单体，用于制备PNA（肽核酸）寡聚体，并提供了合成预定义序列PNA寡聚体和随机序列PNA寡聚体的方法，其中E为硫或氧；J为氮或C-R'；R1、R'独立取H、卤素、烷基、硝基、腈基、烷氧基、卤代烷基、卤代烷氧基或具有以下通用式(A、B)之一的功能基团，其中A1、A2、A3、A4、A5独立选择自H、氟、氯、溴或碘等卤素、三氟甲基、烷基，优选C1-C4烷基、硝基、腈基、烷氧基，优选C1-C4烷氧基、卤代（如氟、氯、溴和碘）烷基，优选卤代C1-C4烷基、卤代（如氟、氯、溴和碘）烷氧基，优选卤代C1-C4烷氧基，苯基和卤代（如氟、氯、溴和碘）苯基；R2为H或天然或非天然α-氨基酸的保护或未保护侧链；B为天然或非天然核碱基，其中当所述核碱基具有外环氨基功能时，所述功能由对酸敏感但在巯基存在的弱到中等碱存在下稳定的保护基团保护。