Discovery of small molecule protease inhibitors by investigating a widespread human gut bacterial biosynthetic pathway
作者:Benjamin A. Schneider、Emily P. Balskus
DOI:10.1016/j.tet.2018.03.043
日期:2018.6
clusters that generate these metabolites has far outpaced identification of the molecules themselves. Here, we used an isolation-independent approach to access the probable products of a nonribosomal peptide synthetase-encoding gene cluster from Ruminococcus bromii, an abundant gut commensal bacterium. By combining bioinformatics with in vitro biochemical characterization of biosynthetic enzymes, we predicted
来自人类微生物群的天然产物可能介导宿主的健康和疾病。但是,发现产生这些代谢产物的生物合成基因簇的发现远远超过了分子本身的鉴定。在这里,我们使用了一种独立于分离的方法来访问来自丰富的肠道共生细菌布鲁米球菌的非核糖体肽合成酶编码基因簇的可能产物。通过将生物信息学与生物合成酶的体外生化特征相结合,我们预测该途径可能会产生N-酰化的二肽醛(瘤胃肽素)。然后,我们使用化学合成方法来获得公认的反刍肽素支架。这些化合物中的几种抑制金黄色葡萄球菌内蛋白酶GluC(SspA / V8蛋白酶)。这种蛋白酶的同系物存在于肠道共生和机会病原体以及人类肠道的基因组中。总的来说,这项工作揭示了不依赖分离的方法可快速获取生物活性化合物的实用性,并突出了肠道微生物天然产物在靶向肠道微生物蛋白酶方面的潜在作用。