N_α-Boc-β-(1-thyminyl)alanine | 74764-92-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: N_α-Boc-β-(1-thyminyl)alanine
• 英文别名: Nα-tert-butyloxycarbonyl-β-thymin-1-yl-alanine；Boc-AlaT-OH；Boc-beta-[thymine-1-yl]alanine；(2S)-3-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]propanoic acid
• CAS: 74764-92-4
• 化学式: C₁₃H₁₉N₃O₆
• 分子量: 313.31
• InChiKey: NBCKUNHFEZKDHF-QMMMGPOBSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.1
• 重原子数：
  22
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.54
• 拓扑面积：
  125
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N_α-Boc-β-(1-thyminyl)alanine 在 N-羟基丁二酰亚胺 、 硫化氢 、 三乙胺 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 34.05h， 生成 [(S)-2-tert-Butoxycarbonylamino-3-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-propionylamino]-thioacetic acid S-ethyl ester
  参考文献：
  名称：

  Lohse, Peter; Oberhauser, Berndt; Oberhauser-Hofbauer, Barbara, Croatica Chemica Acta, 1996, vol. 69, # 2, p. 535 - 562

  摘要：

  DOI：
• 作为产物：
  描述：

  BOC-L-丝氨酸 在 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 、 三苯基膦 、 偶氮二甲酸二乙酯 作用下， 以 二甲基亚砜 为溶剂， 生成 N_α-Boc-β-(1-thyminyl)alanine
  参考文献：
  名称：

  丙氨酰肽核酸的侧链同源性：配对选择性和堆积。

  摘要：

  丙氨酰肽核酸（丙氨酰-PNA）是基于规则的肽主链和氨基酸的交替构型的寡聚体。所有侧链均被共价连接的核碱基修饰。基于互补链的氢键键合，堆积和溶剂化，丙氨酰-PNAs形成非常刚性，定义明确且线性的双链。通过比较亚甲基接头（丙氨酰基-PNA）与乙烯接头（同丙氨酰基-PNA），三亚甲基接头（降冰片基-PNA）和PNA序列（核碱基和主链之间的接头长度混合）来检查侧链同源性。侧链同源性与线性双链拓扑结构相结合，对于选择性地选择配对选择性（配对模式）和碱基对堆积非常有价值。

  DOI：

  10.1039/b411545g

文献信息

• Discovery of Nucleic Acid Binding Molecules from Combinatorial Biohybrid Nucleobase Peptide Libraries
  作者：Sebastian Pomplun、Zachary P. Gates、Genwei Zhang、Anthony J. Quartararo、Bradley L. Pentelute

  DOI：10.1021/jacs.0c08964

  日期：2020.11.18

  has a higher bulk affinity to oligonucleotides than peptides composed exclusively of canonical amino acids. Using affinity selection mass spectrometry, we discovered variants with a high affinity for pre-microRNA hairpins. Our platform points toward the development of high throughput discovery of sequence defined polymers with designer properties, such as oligonucleotide binding.

  自然界有三种生物聚合物：寡核苷酸、多肽和寡糖。每种生物聚合物都具有独立的功能，但在需要时，它们会形成混合组件用于更高级别的目的，如核糖体蛋白质合成的情况。我们不是形成大型复合物来协调不同生物聚合物的作用，而是将蛋白质氨基酸和核碱基结合成单一的低分子量精密聚酰胺聚合物。我们建立了高效的化学合成和从头测序程序，并制备了多达 1 亿个生物杂交分子的组合文库。这种生物杂交材料与仅由规范氨基酸组成的肽相比，对寡核苷酸具有更高的整体亲和力。使用亲和力选择质谱法，我们发现了对 pre-microRNA 发夹具有高亲和力的变体。
• Design and synthesis of intrinsically cell-penetrating nucleopeptides
  作者：Piero Geotti-Bianchini、Julien Beyrath、Olivier Chaloin、Fernando Formaggio、Alberto Bianco

  DOI：10.1039/b811639c

  日期：——

  Nucleopeptides, which are constituted of α-amino acids bearing nucleobases at their side chains, are able to penetrate into cells and to reach the nucleus without cytotoxic effects.

  核肽是由侧链上具有核苷酸的α-氨基酸组成的，能够穿透细胞，进入细胞核且没有细胞毒性效应。
• Erratum to: Synthesis of novel MMT/acyl-protected nucleo alanine monomers for the preparation of DNA/alanyl-PNA chimeras
  作者：G. N. Roviello、S. Gröschel、C. Pedone、U. Diederichsen

  DOI：10.1007/s00726-009-0455-0

  日期：2010.5

  phosphoramidites, whereas the nucleo amino acids make use of the acid labile monomethoxytrityl (MMT) group for temporary protection of the α-amino groups and acyl protecting groups for the exocyclic amino functions of the nucleobases. In this work, we realized for the first time the synthesis of all four MMT/acyl-protected nucleo alanines, achieved by deprotection/reprotection of the newly synthesized Boc/acyl intermediates

  丙氨酰肽核酸 (alanyl-PNA)/DNA 嵌合体是基于改进的分子信标概念被设想在有效 DNA 诊断中有益的寡聚体。丙氨酰-PNA/DNA嵌合体的合成可以基于在DNA合成条件下具有混合寡核苷酸/肽骨架的寡聚体的固相组装，其中核苷酸作为亚磷酰胺引入，而核氨基酸利用酸不稳定的单甲氧基三苯甲基 (MMT) 基团用于临时保护 α-氨基和酰基保护基团用于核碱基的环外氨基功能。在这项工作中，我们首次实现了所有四种 MMT/酰基保护的核丙氨酸的合成，这是通过对新合成的 Boc/酰基中间体进行去保护/再保护来实现的，
• Synthesis of alanyl nucleobase amino acids and their incorporation into proteins
  作者：Poulami Talukder、Larisa M. Dedkova、Andrew D. Ellington、Petro Yakovchuk、Jaebum Lim、Eric V. Anslyn、Sidney M. Hecht

  DOI：10.1016/j.bmc.2016.07.008

  日期：2016.9

  of proteins containing unnatural amino acids having nucleobase side chains. In principle, the introduction of multiple nucleobase amino acids into the nucleic acid binding domain of a protein should enable these modified proteins to interact with their nucleic acid substrates using Watson-Crick and other base pairing interactions. We describe the synthesis of five alanyl nucleobase amino acids protected

  结合核酸并调节其结构和功能的蛋白质众多且异常重要。这样的蛋白质采用多种策略来识别其核酸底物中的相关结构元件，其中一些已经显示出涉及相当微妙的相互作用，这可能很难根据第一原理进行设计。在本研究中，我们探索了包含具有核碱基侧链的非天然氨基酸的蛋白质的制备。原则上，将多个核碱基氨基酸引入蛋白质的核酸结合结构域应该使这些修饰的蛋白质能够利用沃森-克里克和其他碱基配对相互作用与它们的核酸底物相互作用。我们描述了以使其能够连接至抑制性tRNA的方式保护的五个丙氨酰核碱基氨基酸的合成，以及它们以可接受的效率掺入两种蛋白质中的每一种中的方式。研究的核碱基包括胞嘧啶，尿嘧啶，胸腺嘧啶，腺嘌呤和鸟嘌呤，即DNA和RNA的主要核碱基组成。选择二氢叶酸还原酶作为一种模型蛋白，可以直接比较核碱基氨基酸与先前研究的许多其他非天然氨基酸的掺入能力。选择DNA聚合酶I的Klenow片段作为代表性的DNA结合蛋白，其作用方
• Replacement of Ala by Aib improves structuration and biological stability in thymine-based α-nucleopeptides
  作者：Piero Geotti-Bianchini、Alessandro Moretto、Cristina Peggion、Julien Beyrath、Alberto Bianco、Fernando Formaggio

  DOI：10.1039/b920211k

  日期：——

  Three thymine-based nucleo-heptapeptides, each containing two nucleo-amino acids and zero, one or four Aib residues, respectively, have been synthesized. A single Aib residue is enough to promote the adoption of a helical structure in our nucleopeptides and to increase significantly their resistance towards enzymatic degradation. The insertion of four Aib residues, out of seven residues in the sequence, affords a rigid, 310-helical nucleopeptide that is substantially unaffected by serum enzymes and is not cytotoxic.

  我们合成了三种基于胸腺嘧啶的核七肽，每种核七肽都含有两个核氨基酸以及零、一或四个 Aib 残基。一个 Aib 残基就足以促使我们的核肽采用螺旋结构，并显著提高其抗酶降解的能力。在序列的 7 个残基中插入 4 个 Aib 残基，就能得到一种刚性的 310 螺旋核肽，这种核肽基本上不受血清酶的影响，也没有细胞毒性。