A DNA-Encoded Library of Chemical Compounds Based on Common Scaffolding Structures Reveals the Impact of Ligand Geometry on Protein Recognition
作者:Nicholas Favalli、Stefan Biendl、Marco Hartmann、Jacopo Piazzi、Filippo Sladojevich、Susanne Gräslund、Peter J. Brown、Katja Näreoja、Herwig Schüler、Jörg Scheuermann、Raphael Franzini、Dario Neri
DOI:10.1002/cmdc.201800193
日期:2018.7.6
A DNA‐encoded chemical library (DECL) with 1.2 million compounds was synthesized by combinatorial reaction of seven central scaffolds with two sets of 343×492 building blocks. Library screening by affinity capture revealed that for some target proteins, the chemical nature of building blocks dominated the selection results, whereas for other proteins, the central scaffold also crucially contributed
通过七个中央支架与两组 343×492 构建块的组合反应,合成了一个包含 120 万种化合物的 DNA 编码化学文库 (DECL)。通过亲和力捕获进行的文库筛选表明,对于某些靶蛋白,构建块的化学性质主导了选择结果,而对于其他蛋白质,中心支架也对配体亲和力至关重要。发现基于 3,5-双(氨基甲基)苯甲酸核心结构的分子与人血清白蛋白结合的K d值为 6 nm ,而在等距但灵活的 L-赖氨酸支架上具有相同取代基的化合物显示140 - 降低亲和力。18 nm tankyrase-1 粘合剂具有特色l赖氨酸作为连接部分,而基于d-赖氨酸或 (2 S ,4 S )-氨基- l-脯氨酸的分子与靶标没有可检测到的结合。这项工作表明,使化学结构单元朝向蛋白质靶标的方向易于定位的中央支架可以提高编码文库的筛选效率。