thymidine 3',5'-cyclic N,N-dimethylaminophosphoramidite | 66512-19-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: thymidine 3',5'-cyclic N,N-dimethylaminophosphoramidite
• 英文别名: O^3'_,O5'-dimethylaminophosphanediyl-thymidine；1-[(4aR,6R,7aS)-2-(dimethylamino)-4a,6,7,7a-tetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-6-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 66512-19-4
• 化学式: C₁₂H₁₈N₃O₅P
• 分子量: 315.266
• InChiKey: GYFQVSMWLJVJBQ-NZGHWVOESA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.3
• 重原子数：
  21
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  80.3
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  thymidine 3',5'-cyclic N,N-dimethylaminophosphoramidite 在 二氧化碳 、 二氧化氮 作用下， 以 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 27.0h， 生成 cis-phenyl ester of thymidine 3',5'-cyclic monophosphate
  参考文献：
  名称：

  The question of chair-twist equilibria for the phosphate rings of nucleoside cyclic 3',5'-monophosphates. Proton NMR and x-ray crystallographic study of the diastereomers of thymidine phenyl cyclic 3',5'-monophosphate

  摘要：

  DOI：

  10.1021/ja00247a036
• 作为产物：
  描述：

  beta-胸苷 、 三(二甲胺基)膦 以25%的产率得到thymidine 3',5'-cyclic N,N-dimethylaminophosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  O 2 AIBN，用于核苷亚磷酸三烷基酯立体定向氧化的自由基方法：单独制备的非对映体，18 O标记的胸苷3'，5'-环一磷酸酯。

  摘要：

  描述了一种通过实验简便的方法将同位素18 O或17 O）氧立体定向引入生物感兴趣的磷酸二酯和三酯的方法，并将其应用于cTMP的18 O-标记。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(01)82094-3

文献信息

• Synthesis of nucleoside 3′,5′-cyclic boranophosphorothioate, a new type of cyclic nucleotide
  作者：Ping Li、Barbara Ramsay Shaw

  DOI：10.1039/b207350a

  日期：——

  The first examples of a borane-containing doubly P-modified chiral cyclic nucleoside monophosphate (cNMP), e.g., thymidine and 5-fluoro-2'-deoxyuridine 3',5'-cyclic boranophosphorothioates, have been synthesized; these cNMP analogues with increased lipophilicity could be potential anticancer prodrugs and useful probes for mechanistic studies.

  已经合成了含硼烷的双P-修饰的手性环状核苷单磷酸酯（cNMP）的第一个实例，例如胸苷和5-氟-2'-脱氧尿苷3'，5'-环硼烷硫代磷酸酯。这些具有增加的亲脂性的cNMP类似物可能是潜在的抗癌前药和对机理研究有用的探针。
• Nucleoside cyclic 3′,5′-phosphates: chair-twist equilibria of the phosphate rings of methyl phosphate and phenylphosphonate derivatives of cTMP
  作者：Keith A. Nelson、Wesley G. Bentrude

  DOI：10.1016/0008-6215(92)85045-2

  日期：1992.10

  The cis and trans forms of thymidine methyl cyclic 3',5'-phosphate (9) and of the corresponding phenylphosphonate derivatives (10) were prepared in two steps from the corresponding cyclic amide. 1H NMR spectroscopy showed the phosphorus-containing six-membered rings of cis-9 (MeO and thymin-1-yl cis) to be in the chair conformation, but trans-9 to be approximately 40% in the twist conformation in pyridine-d6

  从相应的环状酰胺分两步制备胸苷甲基环状3'，5'-磷酸酯（9）和相应的苯基膦酸酯衍生物（10）的顺式和反式形式。1 H NMR光谱显示，顺式9的含磷六元环（MeO和胸腺嘧啶-1-基顺式）处于椅子构象，而在吡啶-d6中的反式构象中反式9约占40％。和33％的丙酮-d6。对于trans-9，存在椅子形式转化为扭曲形式的阻力，其中MeO基团为假轴，δG度（C-> T）值为3.0 kcal / mol。类似地，对于顺式10（CD3CN，丙酮-d6和CDCl3中23-39％的扭曲种群），用于放置磷酸化氧假核的δG度（C-> T）值为0.5-0.6 kcal / mol。获得了-轴。这两个值都是cTMP的G增量（C-> T）的近似值。对于反式10，扭曲构象的填充程度为6-13％，δG度（C-> T）值为1.3 kcal / mol。
• Six-membered ring phosphites in twist conformations. The methyl and phenyl trans-3',5'-cyclic phosphites of thymidine
  作者：Keith A. Nelson、Alan E. Sopchik、Wesley G. Bentrude

  DOI：10.1021/ja00364a052

  日期：1983.12

  On montre par spectrometrie RMN de 1 H que pour les methyl- et phenyl- trans-3',5' phosphites cycliques de thymidine, la conformation «twist» est plus stable que la conformation chaise

  在 montre par 光谱仪上 RMN de 1 H que pour lesmethyl-et phenyl-trans-3',5' 亚磷酸酯 cycliques de thymidine, la 构象 «twist» est 加上稳定的 que la 构象躺椅
• Pentacovalent phosphorus-containing models of P(V) H2O- or enzyme-cAMP adducts. Nonchair conformations of the phosphorus-containing rings as determined by 1H NMR spectroscopy and x-ray crystallography
  作者：Jaehoon H. Yu、Atta M. Arif、Wesley G. Bentrude

  DOI：10.1021/ja00177a002

  日期：1990.10
• Novel Unique Catalytic Activating Reagents in Synthesis of Biophosphates via the Phosphoramidite Route
  作者：Wojciech Dabkowski、Izabela Tworowska、Jan Michaiski、Friedrich Cramer

  DOI：10.1080/07328319808004696

  日期：1998.9

  Trimethylchlorosilane (TMSCl) and 2,4-dinitrophenol ore remarkably efficient activators in reaction of P(III) amides with nucleosides to give P(III) esters in excellent yield.